Changeset 1117 for sans/Dev


Ignore:
Timestamp:
Oct 18, 2018 12:09:16 PM (4 years ago)
Author:
srkline
Message:

extensive changes to accomodate 1x1 binning of the HighRes? detector. It is implemented as a global flag. Currently only 4x4 and 1x1 are allowed. 1x1 has never been tested in reality, only simulated data - so my assumed dimensions may not be correct. look for TODOHIGHRES in the file for places that may need to be updated for different file dimensions. Testing of the simulated data is proving to be excruciatingly slow, but passable for a test. Speed optimization will be needed if this is the final solution. Memory management will also be an issue since every "copy" of the highRes matrix is enormous. Carry as few of these around as possible in the future to keep the experiment size to something reasonable.

Location:
sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS
Files:
13 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/VC_DetectorBinning_Utils.ipf

    r1108 r1117  
    5454        Variable addEmpBgd=0 
    5555         
    56                  
     56// TODOHIGHRES 
     57// this is a slow step - try to figure out how to multithread this efficiently. simply adding the  
     58//  keyword has little effect. maybe only do this for "B", maybe rewrite the calculation to not use pq indexing 
     59//               
    5760        String funcStr = VCALC_getModelFunctionStr() 
    5861        strswitch(funcStr) 
    … …  
    6467                        break 
    6568                case "Debye": 
    66                         tmpInten = VC_Debye(10,300,0.0001,qTot[p][q]) 
     69                        MultiThread tmpInten = VC_Debye(10,300,0.0001,qTot[p][q]) 
    6770                        break 
    6871                case "Sphere": 
    … …  
    278281                V_NonLinearCorrection_B("VCALC",data,tmpCalibX,tmpCalibY,detStr,destPath) 
    279282                // beam center is in pixels, so use the old routine 
    280                 V_ConvertBeamCtr_to_mmB("VCALC","B",destPath) 
     283                V_ConvertBeamCtrPix_to_mmB("VCALC","B",destPath) 
    281284        else 
    282285                V_NonLinearCorrection("VCALC",data,tmpCalib,tube_width,detStr,destPath) 
    … …  
    565568End 
    566569 
    567 Function VC_Debye(scale,rg,bkg,x) 
     570ThreadSafe Function VC_Debye(scale,rg,bkg,x) 
    568571        Variable scale,rg,bkg 
    569572        Variable x 
    … …  
    701704        else 
    702705                delQ = abs(qy[0][1] - qy[0][0])/2 
     706        endif 
     707 
     708// TODOHIGHRES 
     709// -- is this how I want to handle the too-fine resolution of 1x1 binning? 
     710        NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
     711 
     712        if(cmpstr(detStr,"B") == 0 && gHighResBinning == 1) 
     713                delQ = 4*delQ 
     714                Print "Reset delta Q for binning the back detector to 4x pix = ",delQ 
    703715        endif 
    704716         

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/VC_VCALCPanel_MockUp.ipf

    r1109 r1117  
    10141014        Variable/G gBack_h = 50.4 
    10151015         
    1016         Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:x_pixel_size = 0.034          // 340 micron resolution (units of [cm] here) 
    1017         Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:y_pixel_size = 0.034           
    1018  
    1019  
    1020         Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:pixel_num_x = 680             // detector pixels in x-direction 
    1021         Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:pixel_num_y = 1656 
    1022          
    1023  
    1024 // pixel beam center - HDF style 
    1025         Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:beam_center_x = 340.1 // == x beam center, in pixels +0.1 so I know it's from here 
    1026         Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:beam_center_y = 828.1         // == y beam center, in pixels 
     1016         
     1017        // TODOHIRES -- be sure that all of this is correct, since it is hard-wired values 
     1018        // -- can't use a switch so I'm using an if(), where the default is 4x4 binning 
     1019        if(root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning == 1) 
     1020                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:x_pixel_size = 0.00845                // 340 micron resolution (units of [cm] here) 
     1021                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:y_pixel_size = 0.00845                 
     1022         
     1023                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:pixel_num_x = 2720            // detector pixels in x-direction 
     1024                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:pixel_num_y = 6624 
     1025                 
     1026        // pixel beam center - HDF style 
     1027                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:beam_center_x = 1360.1        // == x beam center, in pixels +0.1 so I know it's from here 
     1028                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:beam_center_y = 3312.1                // == y beam center, in pixels 
     1029        else 
     1030                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:x_pixel_size = 0.034          // 340 micron resolution (units of [cm] here) 
     1031                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:y_pixel_size = 0.034           
     1032         
     1033                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:pixel_num_x = 680             // detector pixels in x-direction 
     1034                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:pixel_num_y = 1656 
     1035                 
     1036        // pixel beam center - HDF style 
     1037                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:beam_center_x = 340.1 // == x beam center, in pixels +0.1 so I know it's from here 
     1038                Make/O/D/N=1 :entry:instrument:detector_B:beam_center_y = 828.1         // == y beam center, in pixels 
     1039        endif 
    10271040 
    10281041 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_BeamCenter.ipf

    r1103 r1117  
    5454        Button button_1,pos={615,20},size={80,20},proc=V_DetFitButtonProc,title="Do Fit" 
    5555        Button button_2,pos={744,20},size={80,20},proc=V_DetFitHelpButtonProc,title="Help" 
    56         Button button_3,pos={730,400},size={110,20},proc=V_CopyCtrButtonProc,title="Copy Centers" 
     56        Button button_3,pos={730,400},size={110,20},proc=V_CopyCtrButtonProc,title="Copy Centers",disable=2 
    5757        Button button_4,pos={615,400},size={110,20},proc=V_CtrTableButtonProc,title="Ctr table" 
    58         Button button_5,pos={730,440},size={110,20},proc=V_WriteCtrTableButtonProc,title="Write table" 
     58        Button button_5,pos={730,440},size={110,20},proc=V_WriteCtrTableButtonProc,title="Write table",disable=2 
    5959 
    6060 
    … …  
    211211                Variable VC_pixSize_X = VCALC_getPixSizeX(str) 
    212212                Variable VC_pixSize_Y = VCALC_getPixSizeY(str) 
    213 //              strswitch(str) 
    214 //                      case "FL": 
    215 //                              NVAR VC_nPix_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_L_nPix_X 
    216 //                              NVAR VC_nPix_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_L_nPix_Y 
    217 //                              NVAR VC_pixSize_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_L_pixelX 
    218 //                              NVAR VC_pixSize_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_L_pixelY 
    219 //      //                      wave newW = $("root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:entry:instrument:detector_"+str+":det_"+str) 
    220 //                              break 
    221 //                      case "FR": 
    222 //                              NVAR VC_nPix_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_R_nPix_X 
    223 //                              NVAR VC_nPix_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_R_nPix_Y 
    224 //                              NVAR VC_pixSize_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_R_pixelX 
    225 //                              NVAR VC_pixSize_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_R_pixelY 
    226 //      //                      wave newW = $("root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:Front:det_"+str) 
    227 //                              break 
    228 //                      case "ML": 
    229 //                              NVAR VC_nPix_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_L_nPix_X 
    230 //                              NVAR VC_nPix_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_L_nPix_Y 
    231 //                              NVAR VC_pixSize_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_L_pixelX 
    232 //                              NVAR VC_pixSize_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_L_pixelY 
    233 //      //                      wave newW = $("root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:Middle:det_"+str) 
    234 //                              break 
    235 //                      case "MR": 
    236 //                              NVAR VC_nPix_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_R_nPix_X 
    237 //                              NVAR VC_nPix_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_R_nPix_Y 
    238 //                              NVAR VC_pixSize_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_R_pixelX 
    239 //                              NVAR VC_pixSize_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_R_pixelY 
    240 //      //                      wave newW = $("root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:Middle:det_"+str) 
    241 //                              break    
    242 //       
    243 //                      case "FT": 
    244 //                              NVAR VC_nPix_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_T_nPix_X 
    245 //                              NVAR VC_nPix_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_T_nPix_Y 
    246 //                              NVAR VC_pixSize_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_T_pixelX 
    247 //                              NVAR VC_pixSize_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_T_pixelY 
    248 //      //                      wave newW = $("root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:Front:det_"+str) 
    249 //                              break 
    250 //                      case "FB": 
    251 //                              NVAR VC_nPix_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_B_nPix_X 
    252 //                              NVAR VC_nPix_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_B_nPix_Y 
    253 //                              NVAR VC_pixSize_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_B_pixelX 
    254 //                              NVAR VC_pixSize_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gFront_B_pixelY 
    255 //      //                      wave newW = $("root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:Front:det_"+str) 
    256 //                              break 
    257 //                      case "MT": 
    258 //                              NVAR VC_nPix_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_T_nPix_X 
    259 //                              NVAR VC_nPix_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_T_nPix_Y 
    260 //                              NVAR VC_pixSize_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_T_pixelX 
    261 //                              NVAR VC_pixSize_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_T_pixelY 
    262 //      //                      wave newW = $("root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:Middle:det_"+str) 
    263 //                              break 
    264 //                      case "MB": 
    265 //                              NVAR VC_nPix_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_B_nPix_X 
    266 //                              NVAR VC_nPix_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_B_nPix_Y 
    267 //                              NVAR VC_pixSize_X = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_B_pixelX 
    268 //                              NVAR VC_pixSize_Y = root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:gMiddle_B_pixelY 
    269 //      //                      wave newW = $("root:Packages:NIST:VSANS:VCALC:Middle:det_"+str) 
    270 //                              break    
    271 //                               
    272 //                      case "B": 
    273 //                              return(0)               //just exit 
    274 //                              break                                            
    275 //                      default: 
    276 //                              return(0)               //just exit 
    277 //              endswitch 
     213 
    278214         
    279215        // if VCALC declare this way     
    … …  
    427363                         
    428364                        WaveStats/Q dispW 
    429                         coefW[2] = V_max 
    430                         coefW[0] = 1                     
     365                        coefW[2] = V_max                //approx peak height 
     366                        coefW[6] = V_avg                //approx background 
     367                        coefW[0] = 0                    // remove the porod scale 
     368                        coefW[3] = 0.9          //peak width, first guess 
    431369                         
    432370                        break 
    … …  
    773711        //FT;FB;FL;FR;MT;MB;ML;MR;B; 
    774712        Make/O/T/N=9 panelW 
    775         Make/O/D/N=9 xCtr_pix,yCtr_pix,xCtr_mm,yCtr_mm 
     713        Make/O/D/N=9 xCtr_pix,yCtr_pix,xCtr_cm,yCtr_cm 
    776714        DoWindow/F BCtrTable 
    777715        if(V_flag == 0) 
    778                 Edit/W=(547,621,1076,943)/N=BCtrTable panelW,xCtr_pix,yCtr_pix,xCtr_mm,yCtr_mm 
     716                Edit/W=(547,621,1076,943)/N=BCtrTable panelW,xCtr_pix,yCtr_pix,xCtr_cm,yCtr_cm 
    779717        endif 
    780718         
    … …  
    786724                detStr = StringFromList(ii, ksDetectorListAll, ";") 
    787725                panelW[ii] = detStr 
    788                 xCtr_pix[ii] = V_getDet_beam_center_x_pix(fname,detStr) 
    789                 yCtr_pix[ii] = V_getDet_beam_center_y_pix(fname,detStr) 
    790                 // TODO 
    791                 // and now the mm values 
    792                 xCtr_mm[ii] = V_getDet_beam_center_x_mm(fname,detStr) 
    793                 yCtr_mm[ii] = V_getDet_beam_center_y_mm(fname,detStr) 
    794                  
     726 
    795727        endfor 
     728         
     729//              xCtr_pix[ii] = V_getDet_beam_center_x_pix(fname,detStr) 
     730//              yCtr_pix[ii] = V_getDet_beam_center_y_pix(fname,detStr) 
     731//              // TODO 
     732//              // and now the mm values 
     733//              xCtr_mm[ii] = V_getDet_beam_center_x_mm(fname,detStr) 
     734//              yCtr_mm[ii] = V_getDet_beam_center_y_mm(fname,detStr) 
    796735        return(0) 
    797736End 
    … …  
    868807End 
    869808 
    870  
     809// TODO: 
     810// if I change any of these values, I need to also change them in the V_FindCentroid function  
     811// in V_Marquee_Operation.ipf 
    871812Proc V_fDeriveBeamCenters(x_FrontReference,y_FrontReference,x_MiddleReference,y_MiddleReference) 
    872813        Variable x_FrontReference,y_FrontReference,x_MiddleReference,y_MiddleReference 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_DetectorCorrections.ipf

    r1116 r1117  
    321321// 
    322322// 
    323 Function V_ConvertBeamCtr_to_mm(folder,detStr,destPath) 
     323Function V_ConvertBeamCtrPix_to_mm(folder,detStr,destPath) 
    324324        String folder,detStr,destPath 
    325325         
    … …  
    413413// these hard-wired values were determined from 6A and WB beam centers. LR values were exactly the same for 
    414414// both beam considitions (+/- 0.0 mm). FTB was +/- 0.8 mm, MTB +/- 2 mm 
    415         if(cmpstr(detStr,"FL") == 0 || cmpstr(detStr,"FR") == 0) 
    416                 gap = 3.8               //mm 
    417         endif 
    418         if(cmpstr(detStr,"FT") == 0 || cmpstr(detStr,"FB") == 0) 
    419                 gap = 5         //mm 
    420         endif 
    421         if(cmpstr(detStr,"ML") == 0 || cmpstr(detStr,"MR") == 0) 
    422                 gap = 5.9               //mm 
    423         endif 
    424         if(cmpstr(detStr,"MT") == 0 || cmpstr(detStr,"MB") == 0) 
    425                 gap = 5         //mm 
    426         endif 
    427 // TODO: this is the line to keep, to replace the hard-wired values 
    428 //      gap = V_getDet_panel_gap(fname,detStr) 
    429          
     415 
     416        gap = V_getDet_panel_gap(folder,detStr) 
     417 
     418// TODO: 
     419// -- once the gap fields have been verified, this check can be removed 
     420// -- it should only apply to data pre-2018 when the field did not exist in the file 
     421// -- any VSANS data from 2018+ should read gap from the file. 
     422 
     423        if(gap < -100)          //-999999 returned if field is missing from file 
     424                if(cmpstr(detStr,"FL") == 0 || cmpstr(detStr,"FR") == 0) 
     425                        gap = 3.5               //mm (measured, JB 1/4/18) 
     426                endif 
     427                if(cmpstr(detStr,"FT") == 0 || cmpstr(detStr,"FB") == 0) 
     428                        gap = 3.3               //mm (measured, JB 2/1/18) 
     429                endif 
     430                if(cmpstr(detStr,"ML") == 0 || cmpstr(detStr,"MR") == 0) 
     431                        gap = 5.9               //mm (measured, JB 1/4/18) 
     432                endif 
     433                if(cmpstr(detStr,"MT") == 0 || cmpstr(detStr,"MB") == 0) 
     434                        gap = 18.3              //mm (measured, JB 2/1/18) 
     435                endif 
     436        endif 
     437 
    430438// 
    431439        if(cmpstr(orientation,"vertical")==0) 
    … …  
    547555// 
    548556// 
    549 Function V_ConvertBeamCtr_to_mmB(folder,detStr,destPath) 
     557Function V_ConvertBeamCtrPix_to_mmB(folder,detStr,destPath) 
    550558        String folder,detStr,destPath 
    551559         
    552560         
    553 //      DoAlert 0,"Error - Beam center is being interpreted as pixels, but needs to be in cm. V_ConvertBeamCtr_to_mmB()" 
     561//      DoAlert 0,"Error - Beam center is being interpreted as pixels, but needs to be in cm. V_ConvertBeamCtrPix_to_mmB()" 
    554562         
    555563        Wave data_realDistX = $(destPath + ":entry:instrument:detector_"+detStr+":data_realDistX") 
    … …  
    13911399        Wave w,adjW 
    13921400 
     1401        NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
     1402 
    13931403// this is necessary for some old data with the 150x150 back (dummy) panel 
    13941404        NVAR gIgnoreDetB = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gIgnoreDetB 
    … …  
    13991409         
    14001410        adjW=0 
    1401          
    1402 //      Variable topX,bottomX 
    1403 //      Variable topY,bottomY 
     1411                 
     1412        Variable topX,bottomX 
     1413        Variable topY,bottomY 
     1414        Variable totalY,ccdX,ccdY 
    14041415         
    14051416//      topX = 7 
    … …  
    14081419//      bottomX = 5 
    14091420//      bottomY = 35 
    1410          
    1411         // middle 
    1412         adjW[][552,552+552] = w[p][q] 
    1413  
    1414         //top 
    1415         adjW[0+kShift_topX,679][552+552,1655-kShift_topY] = w[p-kShift_topX][q+kShift_topY] 
    1416          
    1417         //bottom 
    1418         adjW[0+kShift_bottomX,679][0+kShift_bottomY,551] = w[p-kShift_bottomX][q-kShift_bottomY] 
     1421 
     1422// TODOHIGHRES 
     1423// the detector pix dimensions are hard-wired, be sure the are correct 
     1424        switch(gHighResBinning) 
     1425                case 1: 
     1426                        topX = kShift_topX_bin1 
     1427                        topY = kShift_topY_bin1 
     1428                        bottomX = kShift_bottomX_bin1 
     1429                        bottomY = kShift_bottomY_bin1 
     1430                         
     1431                        totalY = 6624   // total YDim 
     1432                        ccdY = 2208             // = YDim/3 
     1433                        ccdX = 2720             // = xDim 
     1434                        break 
     1435                case 4: 
     1436                        topX = kShift_topX_bin4 
     1437                        topY = kShift_topY_bin4 
     1438                        bottomX = kShift_bottomX_bin4 
     1439                        bottomY = kShift_bottomY_bin4 
     1440                         
     1441                        totalY = 1656   // total YDim 
     1442                        ccdY = 552              // = YDim/3 
     1443                        ccdX = 680              // = xDim 
     1444 
     1445                         
     1446                        break 
     1447                default:                 
     1448                        Abort "No binning case matches in V_ShiftBackDetImage" 
     1449                         
     1450        endswitch 
     1451 
     1452                // middle 
     1453                adjW[][ccdY,ccdY+ccdY] = w[p][q] 
     1454         
     1455                //top 
     1456                adjW[0+topX,ccdX-1][ccdY+ccdY,totalY-1-topY] = w[p-topX][q+topY] 
     1457                 
     1458                //bottom 
     1459                adjW[0+bottomX,ccdX-1][0+bottomY,ccdY-1] = w[p-bottomX][q-bottomY] 
     1460 
    14191461         
    14201462        return(0) 
    … …  
    14321474 
    14331475        Wave w = V_getDetectorDataW(folder,"B") 
    1434          
    1435         MatrixFilter /N=3 median w 
    1436         Print "*** median noise filter (ONE pass) applied to the back detector***" 
    1437          
     1476 
     1477        NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
     1478        switch(gHighResBinning) 
     1479                case 1: 
     1480                        MatrixFilter /N=11 /P=1 median w                        //              /P=n flag sets the number of passes (default is 1 pass) 
     1481                         
     1482                        Print "*** median noise filter 11x11 applied to the back detector (1 pass) ***" 
     1483                        break 
     1484                case 4: 
     1485                        MatrixFilter /N=3 /P=1 median w                 //              /P=n flag sets the number of passes (default is 1 pass) 
     1486                         
     1487                        Print "*** median noise filter 3x3 applied to the back detector (1 pass) ***" 
     1488                        break 
     1489                default: 
     1490                        Abort "No binning case matches in V_MedianFilterBack" 
     1491        endswitch 
     1492 
    14381493        return(0) 
    14391494End 
    … …  
    14741529                Wave w = V_getDetectorDataW(folder,"B") 
    14751530                w -= readNoise          // a constant value 
    1476                  
    1477                 MatrixFilter /N=3 median w 
    1478                 Print "*** median noise filter applied to the back detector***" 
    1479          
     1531 
     1532                NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
     1533                switch(gHighResBinning) 
     1534                        case 1: 
     1535                                MatrixFilter /N=11 /P=1 median w                        //              /P=n flag sets the number of passes (default is 1 pass) 
     1536                                 
     1537                                Print "*** median noise filter 11x11 applied to the back detector (1 pass) ***" 
     1538                                break 
     1539                        case 4: 
     1540                                MatrixFilter /N=3 /P=1 median w                 //              /P=n flag sets the number of passes (default is 1 pass) 
     1541                                 
     1542                                Print "*** median noise filter 3x3 applied to the back detector (1 pass) ***" 
     1543                                break 
     1544                        default: 
     1545                                Abort "No binning case matches in V_MedianAndReadNoiseBack" 
     1546                endswitch 
     1547                 
    14801548        return(0) 
    14811549End 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_HDF5_RW_Utils.ipf

    r1114 r1117  
    148148                                // -- the pixel value is needed for display of the panels 
    149149                                if(kBCTR_CM) 
    150                                         //V_ConvertBeamCtr_to_mm(folder,detStr,destPath) 
     150                                        //V_ConvertBeamCtrPix_to_mm(folder,detStr,destPath) 
    151151                                        // 
    152152         
    … …  
    164164                                else 
    165165                                        // beam center is in pixels, so use the old routine 
    166                                         V_ConvertBeamCtr_to_mm(folder,detStr,destPath) 
     166                                        V_ConvertBeamCtrPix_to_mm(folder,detStr,destPath) 
    167167                                endif                            
    168168                                 
    … …  
    211211 
    212212                                // beam center is in pixels, so use the old routine 
    213                                 V_ConvertBeamCtr_to_mmB(folder,detStr,destPath) 
     213                                V_ConvertBeamCtrPix_to_mmB(folder,detStr,destPath) 
    214214 
    215215//                      endif 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_Initialize.ipf

    r1114 r1117  
    3030// for the change in July 2017 where the beam center is now defined in cm, rather than pixels. 
    3131// this need not ever change from 1 
     32// the back detector is always treated as a beam center in pixels, since it is the natural definition 
    3233Constant kBCTR_CM = 1                   //set to 1 to use beam center in cm. O to use pixels 
    3334 
    … …  
    8485// 
    8586// 200 appears to be a better value - (empirical, based on teflon/converging pinhole data) 
    86 Constant kReadNoiseLevel = 200 
    87 //Constant kReadNoiseLevel = 208 
    88 Constant kReadNoiseLevel_Err = 14 
     87Constant kReadNoiseLevel_bin4 = 200 
     88//Constant kReadNoiseLevel_bin4 = 208 
     89Constant kReadNoiseLevel_Err_bin4 = 14 
     90 
     91 
     92// TODOHIGHRES: these values are complete fiction 
     93Constant kReadNoiseLevel_bin1 = 20 
     94Constant kReadNoiseLevel_Err_bin1 = 1 
    8995 
    9096 
    … …  
    96102// middle CCD is not moved 
    97103// See V_ShiftBackDetImage() for implementation 
    98 Constant        kShift_TopX = 7 
    99 Constant                kShift_TopY = 105 
    100 Constant                kShift_BottomX = 5 
    101 Constant                kShift_BottomY = 35 
    102  
    103  
     104Constant        kShift_TopX_bin4 = 7 
     105Constant                kShift_TopY_bin4 = 105 
     106Constant                kShift_BottomX_bin4 = 5 
     107Constant                kShift_BottomY_bin4 = 35 
     108 
     109// TODOHIGHRES -- these values need to be verified. they are currently simply 4x the bin4 values 
     110Constant        kShift_TopX_bin1 = 28 
     111Constant                kShift_TopY_bin1 = 420 
     112Constant                kShift_BottomX_bin1 = 20 
     113Constant                kShift_BottomY_bin1 = 130 
    104114 
    105115 
    … …  
    110120End 
    111121 
    112 //this is the main initualization procedure that must be the first thing 
     122//this is the main initialization procedure that must be the first thing 
    113123//done when opening a new Data reduction experiment 
    114124// 
    … …  
    131141        V_InitFolders() 
    132142         
    133         VC_Initialize_Space()           //initialize folders for VCALC 
    134143         
    135144        V_InitFakeProtocols() 
    … …  
    142151        Endif 
    143152//      V_ResizeCmdWindow() 
     153 
     154        VC_Initialize_Space()           //initialize folders for VCALC 
    144155 
    145156// TODO - be sure that NCNR is defined correctly         
    … …  
    246257        //set flag if Demo Version is detected 
    247258        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:isDemoVersion = V_isDemo() 
     259 
    248260         
    249261        //set XML globals 
    … …  
    452464        Printf "Hook cleaned out RawVSANS, experiment saved\r" 
    453465 
    454  
     466        NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
     467        if(gHighResBinning == 1) 
    455468// these KillDF are a bad idea - it wipes out all of the current work 
    456469// whenever a save is done - which is the opposite of what you want 
    457470// to happen when you save! 
    458  
    459 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:RAW 
    460 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:SAM 
    461 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:EMP 
    462 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:BGD 
    463 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:COR 
    464 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:DIV 
    465 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:MSK 
    466 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:ABS 
    467 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:CAL 
    468 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:STO 
    469 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:SUB 
    470 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:DRK 
    471 //      KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:ADJ 
    472  
     471         
     472                Printf "Hook cleaned out WORK folders, experiment saved\r" 
     473 
     474                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:RAW 
     475                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:SAM 
     476                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:EMP 
     477                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:BGD 
     478                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:COR 
     479                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:DIV 
     480                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:MSK 
     481                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:ABS 
     482                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:CAL 
     483                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:STO 
     484                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:SUB 
     485                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:DRK 
     486                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:ADJ 
     487                KillDataFolder/Z root:Packages:NIST:VSANS:VCALC 
     488 
     489        endif 
    473490// re-create anthing that was killed 
    474491        V_initFolders() 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_MaskUtils.ipf

    r1110 r1117  
    644644                        bottom = top+height 
    645645                         
    646                         Print left,top,right,bottom 
     646//                      Print left,top,right,bottom 
    647647 
    648648                        break                                            
    … …  
    836836                NewDataFolder/O/S root:VSANS_MASK_file:entry:instrument          
    837837                        Make/O/T/N=1    name    = "NG3_VSANS" 
     838                         
     839                         
     840//      NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
    838841                NewDataFolder/O/S root:VSANS_MASK_file:entry:instrument:detector_B       
    839                         Make/O/I/N=(680,1656)   data    = 0 
    840                         data[][0,5] = 1 
    841                         data[][1650,1655] = 1 
    842                         data[0,5][] = 1 
    843                         data[675,679][] = 1 
     842                if(root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning == 1) 
     843                                // TODOHIGHRES - the pixel values are hard-wired 
     844                                Make/O/I/N=(2720,6624)  data    = 0              
     845 
     846                        // TODOHIGHRES -- these values are simply the 4x4 values x4 
     847                        // these will need to be updated 
     848                                data[][0,20] = 1 
     849                                data[][6603,6623] = 1           //  
     850                                data[0,20][] = 1 
     851                                data[2599,2719][] = 1           //  
     852                                 
     853                        else 
     854                                Make/O/I/N=(680,1656)   data    = 0              
     855 
     856                                data[][0,5] = 1 
     857                                data[][1650,1655] = 1 
     858                                data[0,5][] = 1 
     859                                data[675,679][] = 1 
     860 
     861                endif 
     862                                 
     863                         
    844864                NewDataFolder/O/S root:VSANS_MASK_file:entry:instrument:detector_MR              
    845865                        Make/O/I/N=(48,128)     data    = 0 
    … …  
    908928                NewDataFolder/O/S root:Packages:NIST:VSANS:MSK:entry:instrument          
    909929                        Make/O/T/N=1    name    = "NG3_VSANS" 
     930                         
     931         
     932        NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
    910933                NewDataFolder/O/S root:Packages:NIST:VSANS:MSK:entry:instrument:detector_B       
    911                         Make/O/I/N=(680,1656)   data    = 0 
    912                         data[][0,38] = 1 
    913                         data[][1548,1655] = 1 
    914                         data[0,10][] = 1 
    915                         data[669,679][] = 1 
     934                switch(gHighResBinning) 
     935                        case 1: 
     936                        // TODOHIGHRES - the pix values are hard-wired 
     937                                Make/O/I/N=(2720,6624)  data    = 0              
     938 
     939                        // TODOHIGHRES -- these values are simply the 4x4 values x4 
     940                        // these will need to be updated 
     941                                data[][0,152] = 1 
     942                                data[][6195,6623] = 1           // 107 pix *4 =428 
     943                                data[0,40][] = 1 
     944                                data[2679,2719][] = 1           // 10 pix (*4) 
     945                                 
     946                                break 
     947                        case 4: 
     948                                Make/O/I/N=(680,1656)   data    = 0              
     949 
     950                                data[][0,38] = 1 
     951                                data[][1548,1655] = 1 
     952                                data[0,10][] = 1 
     953                                data[669,679][] = 1 
     954                                break 
     955                        default: 
     956                                Abort "No binning case matches in V_GenerateDefaultMask" 
     957                endswitch 
     958         
     959                         
    916960                NewDataFolder/O/S root:Packages:NIST:VSANS:MSK:entry:instrument:detector_MR              
    917961                        Make/O/I/N=(48,128)     data    = 0 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_PatchFiles.ipf

    r1106 r1117  
    28492849        return(0) 
    28502850End 
     2851 
     2852// 
     2853// simple utility to patch all of the pixel sizes 
     2854// - in the header, the Y size for LR panels was grossly wrong (4 mm) 
     2855// and all of the values are slightly off from the true values 
     2856// 
     2857// data collected after 10/3/18 should not need this patch since the 
     2858// config.js file was updated 
     2859// 
     2860// 
     2861// 
     2862// lo is the first file number 
     2863// hi is the last file number (inclusive) 
     2864// 
     2865Function V_fPatch_XYPixelSize(lo,hi) 
     2866        Variable lo,hi 
     2867 
     2868         
     2869        Variable ii,jj 
     2870        String fname,detStr 
     2871         
     2872         
     2873        //loop over all files 
     2874        for(jj=lo;jj<=hi;jj+=1) 
     2875                fname = V_FindFileFromRunNumber(jj) 
     2876                if(strlen(fname) != 0) 
     2877                         
     2878                // patch pixel size x and y [cm] L/R panels 
     2879                        V_writeDet_x_pixel_size(fname,"FL",8.4) 
     2880                        V_writeDet_y_pixel_size(fname,"FL",8.14) 
     2881 
     2882                        V_writeDet_x_pixel_size(fname,"FR",8.4) 
     2883                        V_writeDet_y_pixel_size(fname,"FR",8.14)                         
     2884 
     2885                        V_writeDet_x_pixel_size(fname,"ML",8.4) 
     2886                        V_writeDet_y_pixel_size(fname,"ML",8.14) 
     2887 
     2888                        V_writeDet_x_pixel_size(fname,"MR",8.4) 
     2889                        V_writeDet_y_pixel_size(fname,"MR",8.14) 
     2890                         
     2891                // patch pixel size x and y [cm] T/B panels 
     2892                        V_writeDet_x_pixel_size(fname,"FT",4.16) 
     2893                        V_writeDet_y_pixel_size(fname,"FT",8.4) 
     2894 
     2895                        V_writeDet_x_pixel_size(fname,"FB",4.16) 
     2896                        V_writeDet_y_pixel_size(fname,"FB",8.4)                  
     2897 
     2898                        V_writeDet_x_pixel_size(fname,"MT",4.16) 
     2899                        V_writeDet_y_pixel_size(fname,"MT",8.4) 
     2900 
     2901                        V_writeDet_x_pixel_size(fname,"MB",4.16) 
     2902                        V_writeDet_y_pixel_size(fname,"MB",8.4)                  
     2903                         
     2904                else 
     2905                        printf "run number %d not found\r",jj 
     2906                endif 
     2907        endfor 
     2908         
     2909        return(0) 
     2910End 
     2911 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_Protocol_Reduction.ipf

    r1116 r1117  
    25262526                // and determine box sum and error 
    25272527                // store these locally 
    2528                  
    2529  
    2530                 if(cmpstr(detStr,"B") == 0 ) 
    2531                         Print "Median Filtering RAW data (3 passes)" 
    2532                         Wave w = V_getDetectorDataW("RAW",detStr) 
    2533                         MatrixFilter /N=3 /P=3 median w 
     2528                Variable tmpReadNoiseLevel,tmpReadNoiseLevel_Err 
     2529 
     2530        // TODO: change the math to do the filtering and subtraction both here in this step, 
     2531        // then determine the patch sum and proper error propogation. 
     2532        // 
     2533        // just do the median filter now, do the background subtraction later on the patch 
     2534                if(isBack) 
     2535                        Wave w = V_getDetectorDataW("RAW","B") 
     2536                        NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
     2537                        switch(gHighResBinning) 
     2538                                case 1: 
     2539                                        tmpReadNoiseLevel = kReadNoiseLevel_bin1                // a constant value 
     2540                                        tmpReadNoiseLevel_Err = kReadNoiseLevel_Err_bin1                // a constant value 
     2541                                         
     2542                                        MatrixFilter /N=11 /P=1 median w                        //              /P=n flag sets the number of passes (default is 1 pass) 
     2543                                         
     2544                                        Print "*** median noise filter 11x11 applied to the back detector (1 pass) ***" 
     2545                                        break 
     2546                                case 4: 
     2547                                        tmpReadNoiseLevel = kReadNoiseLevel_bin4                // a constant value 
     2548                                        tmpReadNoiseLevel_Err = kReadNoiseLevel_Err_bin4                // a constant value 
     2549                                                                         
     2550                                        MatrixFilter /N=3 /P=3 median w                 //              /P=n flag sets the number of passes (default is 1 pass) 
     2551                                         
     2552                                        Print "*** median noise filter 3x3 applied to the back detector (3 passes) ***" 
     2553                                        break 
     2554                                default: 
     2555                                        Abort "No binning case matches in V_AskForAbsoluteParams_Quest" 
     2556                        endswitch 
     2557                         
    25342558                endif 
    25352559 
    … …  
    25612585// 
    25622586                        nPixInBox = (xyBoxW[1] - xyBoxW[0])*(xyBoxW[3]-xyBoxW[2]) 
    2563                         emptyCts -= kReadNoiseLevel*nPixInBox 
    2564                         empty_ct_err = sqrt(empty_ct_err^2 + (kReadNoiseLevel_Err*nPixInBox)^2) 
     2587                        emptyCts -= tmpReadNoiseLevel*nPixInBox 
     2588                        empty_ct_err = sqrt(empty_ct_err^2 + (tmpReadNoiseLevel_Err*nPixInBox)^2) 
    25652589                                                 
    25662590                        Print "adjusted empty counts = ",emptyCts 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_Testing_Data_Procs.ipf

    r1106 r1117  
    8686                if(cmpstr(detStr,"B") == 0) 
    8787                        //always write out the center of the detector since this is dummy data 
    88                         V_writeDet_beam_center_x(fileName,detStr,V_getDet_beam_center_x("VCALC",detStr)/10)             //write out [cm] 
    89                         V_writeDet_beam_center_y(fileName,detStr,V_getDet_beam_center_y("VCALC",detStr)/10)      
     88                        // the back detector always has its beam center in pixels 
     89                        V_writeDet_beam_center_x(fileName,detStr,V_getDet_beam_center_x("VCALC",detStr)) 
     90                        V_writeDet_beam_center_y(fileName,detStr,V_getDet_beam_center_y("VCALC",detStr))         
    9091                         
    9192                        // write out the number of pixels x and y 
    … …  
    115116 
    116117         
    117 // writes out "perfect" detector calibration constants for all 8 tube banks 
     118// writes out "perfect" detector calibration constants for all 8 tube banks + back detector 
    118119        V_WritePerfectSpatialCalib(filename) 
    119120// writes out "perfect" dead time constants for all 8 tube banks + back detector 
    … …  
    195196         
    196197        // and for the back detector "B" 
     198        NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
     199        Variable tmpPix 
     200        if(gHighResBinning == 1) 
     201                tmpPix = 0.00845                //[cm] 
     202        else 
     203                //binning 4x4 assumed 
     204                tmpPix = 0.034 
     205        endif 
     206         
    197207        Make/O/D/N=3 tmpCalib 
    198         tmpCalib[0] = 1 
     208        tmpCalib[0] = tmpPix 
    199209        tmpCalib[1] = 1 
    200210        tmpcalib[2] = 10000 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_Utilities_Comparisons.ipf

    r1105 r1117  
    1515// so passing 0.01*val_1 = 1% tolerance, as long as val_1 can't be zero 
    1616// 
     17// SEP 2018 -- increased the tolerance to 2%, since I was getting false differences 
     18// especially for the lateral offset after switching from trans->scatter configs. Panel 
     19// was returning to postion, but within 2% (since the value was near zero) 
    1720// 
    1821 
    … …  
    302305 
    303306        if(val1 != 0) 
    304                 tol = abs(0.01 * val1) 
     307                tol = abs(0.02 * val1) 
    305308        else 
    306                 tol = abs(0.01 * val2) 
     309                tol = abs(0.02 * val2) 
    307310        endif 
    308311         
    … …  
    328331         
    329332        if(val1 != 0) 
    330                 tol = abs(0.01 * val1) 
     333                tol = abs(0.02 * val1) 
    331334        else 
    332                 tol = abs(0.01 * val2) 
     335                tol = abs(0.02 * val2) 
    333336        endif 
    334337         

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_VSANS_Preferences.ipf

    r1109 r1117  
    9494        val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gIgnoreDetB", 1 ) 
    9595        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gIgnoreDetB = 1 
    96                  
     96 
     97// TODOHIGHRES 
     98// OCT 2018 
     99// new global to flag the highRes detector binning to accomodate the change in binning 
     100//  that was set 10/16/18 (changed from 4x4 bin to 1x1= no binning) 
     101// set this flag == 1 for 1x1 
     102// set flag 4 == 4x4 
     103        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning = 4 
     104                         
    97105        DoAlert 1,"Are you using the back detector? (This can be changed later in the Preferences Panel)" 
    98106        if(V_flag == 1) 
    99107                // yes 
    100108                Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gIgnoreDetB = 0 
     109                DoAlert 1,"Are you using 1x1 binning?" 
     110                if(V_flag == 1) 
     111                        // yes 
     112                        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning = 1 
     113                endif 
    101114        endif 
    102115         

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_WorkFolderUtils.ipf

    r1115 r1117  
    511511        if(gIgnoreDetB == 0) 
    512512                Wave w = V_getDetectorDataW(fname,"B") 
    513                 w -= kReadNoiseLevel            // a constant value 
    514                  
    515                 MatrixFilter /N=3 /P=3 median w                 //              /P=n flag sets the number of passes (default is 1 pass) 
    516                 Print "*** median noise filter applied to the back detector (3 passes) ***" 
     513                 
     514                NVAR gHighResBinning = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gHighResBinning 
     515                 
     516                switch(gHighResBinning) 
     517                        case 1: 
     518                                w -= kReadNoiseLevel_bin1               // a constant value 
     519                                 
     520                                MatrixFilter /N=11 /P=1 median w                        //              /P=n flag sets the number of passes (default is 1 pass) 
     521                                 
     522                                Print "*** median noise filter 11x11 applied to the back detector (1 pass) ***" 
     523                                break 
     524                        case 4: 
     525                                w -= kReadNoiseLevel_bin4               // a constant value 
     526                                 
     527                                MatrixFilter /N=3 /P=3 median w                 //              /P=n flag sets the number of passes (default is 1 pass) 
     528                                 
     529                                Print "*** median noise filter 3x3 applied to the back detector (3 passes) ***" 
     530                                break 
     531                        default: 
     532                                Abort "No binning case matches in V_Raw_to_Work" 
     533                endswitch        
     534 
    517535        endif 
    518536         
    … …  
    582600                                // -- the pixel value is needed for display of the panels 
    583601                                if(kBCTR_CM) 
    584                                         //V_ConvertBeamCtr_to_mm(folder,detStr,destPath) 
     602                                        //V_ConvertBeamCtrPix_to_mm(folder,detStr,destPath) 
    585603                                        // 
    586604         
    … …  
    598616                                else 
    599617                                        // beam center is in pixels, so use the old routine 
    600                                         V_ConvertBeamCtr_to_mm(fname,detStr,destPath) 
     618                                        V_ConvertBeamCtrPix_to_mm(fname,detStr,destPath) 
    601619                                endif            
    602620                                                         
    … …  
    640658//              else 
    641659                        // beam center is in pixels, so use the old routine 
    642                         V_ConvertBeamCtr_to_mmB(fname,detStr,destPath) 
     660                        V_ConvertBeamCtrPix_to_mmB(fname,detStr,destPath) 
    643661 
    644662//              endif 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.