Ignore:
Timestamp:
Jan 11, 2008 5:07:24 PM (15 years ago)
Author:
srkline
Message:

Changes to Igor functions to convert models to take individual SLD's rather than contrast.

Individual SLD's are easier to work with - since they are experimental values, contrast is not.

Concurrent changes have been made to the XOPs (the library) so that all calculations are the same.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • sans/Analysis/branches/ajj_23APR07/IGOR_Package_Files/Put in User Procedures/SANS_Models_v3.00/Sphere_and_Struct.ipf

    r166 r236  
    2020        Make/O/D/n=(num) xwave_S_HS,ywave_S_HS                                   
    2121        xwave_S_HS =  alog(log(qmin) + x*((log(qmax)-log(qmin))/num))                                    
    22         Make/O/D coef_S_HS = {0.1,60,1e-6,0.01}                                          
    23         make/o/t parameters_S_HS = {"volume fraction","Radius (A)","contrast (-2)","bkgd (cm-1)"}               
     22        Make/O/D coef_S_HS = {0.1,60,1e-6,6.3e-6,0.01}                                           
     23        make/o/t parameters_S_HS = {"volume fraction","Radius (A)","SLD sphere (A-2)","SLD solvent (A-2)","bkgd (cm-1)"}                 
    2424        Edit/K=1 parameters_S_HS,coef_S_HS 
    2525        Variable/G root:g_S_HS                                           
     
    4949         
    5050        // Setup parameter table for model function 
    51         Make/O/D smear_coef_S_HS = {0.1,60,1e-6,0.01}                                            
    52         make/o/t smear_parameters_S_HS = {"volume fraction","Radius (A)","contrast (-2)","bkgd (cm-1)"}                 
     51        Make/O/D smear_coef_S_HS = {0.1,60,1e-6,6.3e-6,0.01}                                             
     52        make/o/t smear_parameters_S_HS = {"volume fraction","Radius (A)","SLD sphere (A-2)","SLD solvent (A-2)","bkgd (cm-1)"}           
    5353        Edit smear_parameters_S_HS,smear_coef_S_HS                                       
    5454         
     
    7878                 
    7979        //setup form factor coefficient wave 
    80         Make/O/D/N=4 form_S_HS 
     80        Make/O/D/N=5 form_S_HS 
    8181        form_S_HS[0] = 1 
    8282        form_S_HS[1] = w[1] 
    8383        form_S_HS[2] = w[2] 
    84         form_S_HS[3] = 0 
     84        form_S_HS[3] = w[3] 
     85        form_S_HS[4] = 0 
    8586         
    8687        //setup structure factor coefficient wave 
     
    9596        yw = temp_S_HS_PQ * temp_S_HS_SQ 
    9697        yw *= w[0] 
    97         yw += w[3] 
     98        yw += w[4] 
    9899         
    99100        //cleanup waves 
     
    116117        Make/O/D/n=(num) xwave_S_SW,ywave_S_SW                                   
    117118        xwave_S_SW =  alog(log(qmin) + x*((log(qmax)-log(qmin))/num))                                    
    118         Make/O/D coef_S_SW = {0.1,60,1e-6,1.0,1.2,0.01}                                          
    119         make/o/t parameters_S_SW = {"volume fraction","Radius (A)","contrast (-2)","well depth (kT)","well width (diam.)","bkgd (cm-1)"}                
     119        Make/O/D coef_S_SW = {0.1,60,1e-6,6.3e-6,1.0,1.2,0.01}                                           
     120        make/o/t parameters_S_SW = {"volume fraction","Radius (A)","SLD sphere (A-2)","SLD solvent (A-2)","well depth (kT)","well width (diam.)","bkgd (cm-1)"}          
    120121        Edit/K=1 parameters_S_SW,coef_S_SW       
    121122        Variable/G root:g_S_SW                                                   
     
    144145         
    145146        // Setup parameter table for model function 
    146         Make/O/D smear_coef_S_SW = {0.1,60,1e-6,1.0,1.2,0.01}                                            
    147         make/o/t smear_parameters_S_SW = {"volume fraction","Radius (A)","contrast (-2)","well depth (kT)","well width (diam.)","bkgd (cm-1)"}          
     147        Make/O/D smear_coef_S_SW = {0.1,60,1e-6,6.3e-6,1.0,1.2,0.01}                                             
     148        make/o/t smear_parameters_S_SW = {"volume fraction","Radius (A)","SLD sphere (A-2)","SLD solvent (A-2)","well depth (kT)","well width (diam.)","bkgd (cm-1)"}            
    148149        Edit smear_parameters_S_SW,smear_coef_S_SW                                       
    149150         
     
    173174                 
    174175        //setup form factor coefficient wave 
    175         Make/O/D/N=4 form_S_SW 
     176        Make/O/D/N=5 form_S_SW 
    176177        form_S_SW[0] = 1 
    177178        form_S_SW[1] = w[1] 
    178179        form_S_SW[2] = w[2] 
    179         form_S_SW[3] = 0 
     180        form_S_SW[3] = w[3] 
     181        form_S_SW[4] = 0 
    180182         
    181183        //setup structure factor coefficient wave 
     
    183185        struct_S_SW[0] = w[1] 
    184186        struct_S_SW[1] = w[0] 
    185         struct_S_SW[2] = w[3] 
    186         struct_S_SW[3] = w[4] 
     187        struct_S_SW[2] = w[4] 
     188        struct_S_SW[3] = w[5] 
    187189         
    188190        //calculate each and combine 
     
    192194        yw = temp_S_SW_PQ * temp_S_SW_SQ 
    193195        yw *= w[0] 
    194         yw += w[5] 
     196        yw += w[6] 
    195197         
    196198        //cleanup waves 
     
    215217        Make/O/D/n=(num) xwave_S_SC,ywave_S_SC                                   
    216218        xwave_S_SC =  alog(log(qmin) + x*((log(qmax)-log(qmin))/num))                            
    217         Make/O/D coef_S_SC = {0.2,50,3e-6,20,0,298,78,0.0001}                                            
    218         make/o/t parameters_S_SC = {"volume fraction","Radius (A)","contrast (-2)","charge","movalent salt(M)","Temperature (K)","dielectric const","bkgd (cm-1)"}              
     219        Make/O/D coef_S_SC = {0.2,50,1e-6,6.3e-6,20,0,298,78,0.0001}                                             
     220        make/o/t parameters_S_SC = {"volume fraction","Radius (A)","SLD sphere (A-2)","SLD solvent (A-2)","charge","movalent salt(M)","Temperature (K)","dielectric const","bkgd (cm-1)"}                
    219221        Edit/K=1 parameters_S_SC,coef_S_SC 
    220222        Variable/G root:g_S_SC                                                   
     
    249251         
    250252        // Setup parameter table for model function 
    251         Make/O/D smear_coef_S_SC = {0.2,50,3e-6,20,0,298,78,0.0001}                                              
    252         make/o/t smear_parameters_S_SC = {"volume fraction","Radius (A)","contrast (-2)","charge","movalent salt(M)","Temperature (K)","dielectric const","bkgd (cm-1)"}                
     253        Make/O/D smear_coef_S_SC = {0.2,50,1e-6,6.3e-6,20,0,298,78,0.0001}                                               
     254        make/o/t smear_parameters_S_SC = {"volume fraction","Radius (A)","SLD sphere (A-2)","SLD solvent (A-2)","charge","movalent salt(M)","Temperature (K)","dielectric const","bkgd (cm-1)"}          
    253255        Edit smear_parameters_S_SC,smear_coef_S_SC                                       
    254256         
     
    278280 
    279281        //setup form factor coefficient wave 
    280         Make/O/D/N=4 form_S_SC 
     282        Make/O/D/N=5 form_S_SC 
    281283        form_S_SC[0] = 1 
    282284        form_S_SC[1] = w[1] 
    283285        form_S_SC[2] = w[2] 
    284         form_S_SC[3] = 0 
     286        form_S_SC[3] = w[3] 
     287        form_S_SC[4] = 0 
    285288         
    286289        //setup structure factor coefficient wave 
    287290        Make/O/D/N=6 struct_S_SC 
    288291        struct_S_SC[0] = 2*w[1]         //diameter 
    289         struct_S_SC[1] = w[3] 
     292        struct_S_SC[1] = w[4] 
    290293        struct_S_SC[2] = w[0] 
    291         struct_S_SC[3] = w[5] 
    292         struct_S_SC[4] = w[4] 
    293         struct_S_SC[5] = w[6] 
     294        struct_S_SC[3] = w[6] 
     295        struct_S_SC[4] = w[5] 
     296        struct_S_SC[5] = w[7] 
    294297         
    295298        //calculate each and combine 
     
    299302        yw = temp_S_SC_PQ * temp_S_SC_SQ 
    300303        yw *= w[0] 
    301         yw += w[7] 
     304        yw += w[8] 
    302305         
    303306        //cleanup waves 
     
    319322        Make/O/D/n=(num) xwave_S_SHS,ywave_S_SHS                                         
    320323        xwave_S_SHS =  alog(log(qmin) + x*((log(qmax)-log(qmin))/num))                                   
    321         Make/O/D coef_S_SHS = {0.1,60,1e-6,0.05,0.2,0.01}                                                
    322         make/o/t parameters_S_SHS = {"volume fraction","Radius (A)","contrast (-2)","perturbation parameter (0.1)","stickiness, tau","bkgd (cm-1)"}             
     324        Make/O/D coef_S_SHS = {0.1,60,1e-6,6.3e-6,0.05,0.2,0.01}                                                 
     325        make/o/t parameters_S_SHS = {"volume fraction","Radius (A)","SLD sphere (A-2)","SLD solvent (A-2)","perturbation parameter (0.1)","stickiness, tau","bkgd (cm-1)"}               
    323326        Edit/K=1 parameters_S_SHS,coef_S_SHS 
    324327        Variable/G root:g_S_SHS                                          
     
    348351         
    349352        // Setup parameter table for model function 
    350         Make/O/D smear_coef_S_SHS = {0.1,60,1e-6,0.05,0.2,0.01}                                          
    351         make/o/t smear_parameters_S_SHS = {"volume fraction","Radius (A)","contrast (-2)","perturbation parameter (0.1)","stickiness, tau","bkgd (cm-1)"}               
     353        Make/O/D smear_coef_S_SHS = {0.1,60,1e-6,6.3e-6,0.05,0.2,0.01}                                           
     354        make/o/t smear_parameters_S_SHS = {"volume fraction","Radius (A)","SLD sphere (A-2)","SLD solvent (A-2)","perturbation parameter (0.1)","stickiness, tau","bkgd (cm-1)"}                 
    352355        Edit smear_parameters_S_SHS,smear_coef_S_SHS                                     
    353356         
     
    377380         
    378381        //setup form factor coefficient wave 
    379         Make/O/D/N=4 form_S_SHS 
     382        Make/O/D/N=5 form_S_SHS 
    380383        form_S_SHS[0] = 1 
    381384        form_S_SHS[1] = w[1] 
    382385        form_S_SHS[2] = w[2] 
    383         form_S_SHS[3] = 0 
     386        form_S_SHS[3] = w[3] 
     387        form_S_SHS[4] = 0 
    384388         
    385389        //setup structure factor coefficient wave 
     
    387391        struct_S_SHS[0] = w[1] 
    388392        struct_S_SHS[1] = w[0] 
    389         struct_S_SHS[2] = w[3] 
    390         struct_S_SHS[3] = w[4] 
     393        struct_S_SHS[2] = w[4] 
     394        struct_S_SHS[3] = w[5] 
    391395         
    392396        //calculate each and combine 
     
    396400        yw = temp_S_SHS_PQ * temp_S_SHS_SQ 
    397401        yw *= w[0] 
    398         yw += w[5] 
     402        yw += w[6] 
    399403         
    400404        //cleanup waves 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.