Ignore:
Timestamp:
Sep 30, 2010 12:01:08 PM (12 years ago)
Author:
srkline
Message:

Put I(0) errors in most of the places that I could make sense to put them. #215

Also removed FIT_Ops entirely by copying FITRPA functions to LinearizedFIts, and simply pointing FIT_Ops to include LinearizedFits? (this was done for backwards compatibility). part of ticket #275

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Common/Packages/LinearizedFits/LinearizedFits_v40.ipf

    r746 r749  
    2020// - DID NOT prepend "A_" to the loader/unloader which is unique to this package 
    2121// 
     22// SEP 2010 - absorbed the duplicate procedure file FIT_Ops. 
     23// - removed "A_" prefix 
     24// - need to keep A_OpenFitPanel() in case old experiments are looking for this 
     25// - added the (completely unused) FITRPA procedures to this file 
    2226// 
    2327/////////////////////////////// 
    … …  
    3337// of the FIT/RPA panel) 
    3438// 
    35 Proc A_OpenFitPanel() 
    36         If(WinType("A_FitPanel") == 0) 
     39Proc OpenFitPanel() 
     40        If(WinType("FitPanel") == 0) 
    3741                //create the necessary data folder 
    3842                NewDataFolder/O root:Packages 
    … …  
    4751                Variable/G root:Packages:NIST:FIT:gBack = 0 
    4852                String/G root:Packages:NIST:FIT:gDataPopList = "none" 
    49                 A_FitPanel() 
     53                FitPanel() 
    5054        else 
    5155                //window already exists, just bring to front for update 
    52                 DoWindow/F A_FitPanel 
     56                DoWindow/F FitPanel 
    5357                CheckBox check0,value=0         //deselect the checkbox to use cursors 
    5458        endif 
    5559        //pop the file menu 
    56         A_FIT_FilePopMenuProc("",1,"") 
     60        FIT_FilePopMenuProc("",1,"") 
     61End 
     62 
     63Proc A_OpenFitPanel() 
     64        OpenFitPanel() 
    5765End 
    5866 
    5967//the actual window recreation macro to draw the fit panel. Globals and data folder must  
    6068// already be initialized 
    61 Window A_FitPanel() 
    62         //String angst = root:Packages:NIST:gAngstStr 
    63         String angst = "A" 
     69Window FitPanel() 
     70        String angst = root:Packages:NIST:gAngstStr 
     71//      String angst = "A" 
    6472        PauseUpdate; Silent 1           // building window... 
    6573        NewPanel /W=(461,46,735,455)/K=1 
    … …  
    7482        PopupMenu ywave,pos={13,60},size={154,19},title="Data File" 
    7583        PopupMenu ywave,help={"Select the experimental intensity values"} 
    76         PopupMenu ywave,mode=1,value=root:Packages:NIST:FIT:gDataPopList,proc=A_FIT_FilePopMenuProc 
    77         Button loadButton,pos={13,92},size={130,20},proc=A_FIT_Load_Proc,title="Load and Plot File" 
     84        PopupMenu ywave,mode=1,value=root:Packages:NIST:FIT:gDataPopList,proc=FIT_FilePopMenuProc 
     85        Button loadButton,pos={13,92},size={130,20},proc=FIT_Load_Proc,title="Load and Plot File" 
    7886        Button loadButton,help={"After choosing a file, load it into memory and plot it with this button."} 
    79         Button helpButton,pos={237,28},size={25,20},proc=A_showFITHelp,title="?" 
     87        Button helpButton,pos={237,28},size={25,20},proc=showFITHelp,title="?" 
    8088        Button helpButton,help={"Show help file for linearized fitting"} 
    8189        PopupMenu ymodel,pos={20,281},size={76,19},title="y-axis" 
    8290        PopupMenu ymodel,help={"This popup selects how the y-axis will be linearized based on the chosen data"} 
    8391        PopupMenu ymodel,mode=1,value= #"\"I;log(I);ln(I);1/I;I^a;Iq^a;I^a q^b;1/sqrt(I);ln(Iq);ln(Iq^2)\"" 
    84         Button GoFit,pos={60,367},size={70,20},proc=A_DispatchModel,title="Do the Fit" 
     92        Button GoFit,pos={60,367},size={70,20},proc=DispatchModel,title="Do the Fit" 
    8593        Button GoFit,help={"This button will do the specified fit using the selections in this panel"} 
    86         Button DoneButton,pos={180,367},size={50,20},proc=A_FITDoneButton,title="Done" 
     94        Button DoneButton,pos={180,367},size={50,20},proc=FITDoneButton,title="Done" 
    8795        Button DoneButton,help={"This button will close the panel and the associated graph"} 
    8896        SetVariable lolim,pos={64,147},size={134,17},title="Lower Limit" 
    … …  
    109117        SetVariable expc,help={"This sets the exponent \"c\" for some x-axis formats. The value is ignored if the model does not use \"c\" as an adjustable exponent"} 
    110118        SetVariable expc,limits={-10,10,0},value= root:Packages:NIST:FIT:gExpC 
    111         Button sh_all,pos={65,193},size={130,20},proc=A_ShowAllButtonProc,title="Show Full q-range" 
     119        Button sh_all,pos={65,193},size={130,20},proc=ShowAllButtonProc,title="Show Full q-range" 
    112120        Button sh_all,help={"Use this to show the entire q-range of the data rather than just the fitted range."} 
    113121         
    114         Button FIT_PathButton,pos={10,28},size={80,20},proc=A_FIT_PickPathButtonProc,title="Pick Path" 
     122        Button FIT_PathButton,pos={10,28},size={80,20},proc=FIT_PickPathButtonProc,title="Pick Path" 
    115123 
    116124EndMacro 
    117125 
    118126 
    119 Proc A_FITDoneButton(ctrlName): ButtonControl 
     127Proc FITDoneButton(ctrlName): ButtonControl 
    120128        String ctrlName 
    121         DoWindow/K A_FitWindow 
    122         DoWindow/K A_FitPanel 
     129        DoWindow/K FitWindow 
     130        DoWindow/K FitPanel 
    123131end 
    124132 
    125 Proc A_showFITHelp(ctrlName): ButtonControl 
     133Proc showFITHelp(ctrlName): ButtonControl 
    126134        String ctrlName 
    127135        DisplayHelpTopic/Z/K=1 "Linearized Fits" 
    … …  
    133141//Loads the selected file for fitting 
    134142//graphs the data as needed 
    135 Proc A_FIT_Load_Proc(ctrlName): ButtonControl 
     143Proc FIT_Load_Proc(ctrlName): ButtonControl 
    136144        String ctrlName 
    137145         
    … …  
    149157        Endif 
    150158        //get a valid file based on this partialName and catPathName 
    151         tempName = A_FindValidFilename(partialName) 
     159        tempName = FindValidFilename(partialName) 
    152160 
    153161        //prepend path to tempName for read routine  
    … …  
    157165         
    158166        //load in the data (into the root directory) 
    159         A_LoadOneDDataWithName(tempName,0)              //let A_Rescale_Data() do the plotting 
     167        A_LoadOneDDataWithName(tempName,0)              //let Rescale_Data() do the plotting 
    160168        //Print S_fileName 
    161169        //Print tempName 
    … …  
    171179 
    172180        //Plot, and adjust the scaling to match the axis scaling set by the popups 
    173         A_Rescale_Data(dataStr) 
     181        Rescale_Data(dataStr) 
    174182         
    175183End 
    … …  
    177185//gets a valid file list (simply not the files with ".SAn" in the name) 
    178186// 
    179 Function A_FIT_FilePopMenuProc(ctrlName,popNum,popStr) : PopupMenuControl 
     187Function FIT_FilePopMenuProc(ctrlName,popNum,popStr) : PopupMenuControl 
    180188        String ctrlName 
    181189        Variable popNum 
    182190        String popStr 
    183191         
    184         String tempStr=A_filterButtonProc(ctrlName) 
     192        String tempStr=filterButtonProc(ctrlName) 
    185193        if(strlen(tempStr)==0) 
    186194                tempStr = "Pick the data path" 
    … …  
    200208//the fitted range, which is the default display after a fit is performed 
    201209// 
    202 Function A_ShowAllButtonProc(ctrlName) : ButtonControl 
     210Function ShowAllButtonProc(ctrlName) : ButtonControl 
    203211        String ctrlName 
    204212 
    205213        //bring the FitWindow to the front and Autoscale the axes 
    206         DoWindow/F A_FitWindow 
     214        DoWindow/F FitWindow 
    207215        SetAxis/A 
    208216End 
    … …  
    213221// 
    214222// dataStr is the root:folder: of the data that was loaded 
    215 Function A_Rescale_Data(dataStr) 
     223Function Rescale_Data(dataStr) 
    216224        String dataStr 
    217225         
    218226        //Scaling exponents and background value 
    219227        Variable pow_a,pow_b,pow_c,bkg 
    220         ControlInfo/W=A_FitPanel expa 
     228        ControlInfo/W=FitPanel expa 
    221229        pow_a = V_value 
    222         ControlInfo/W=A_FitPanel expb 
     230        ControlInfo/W=FitPanel expb 
    223231        pow_b = V_value 
    224         ControlInfo/W=A_FitPanel expc 
     232        ControlInfo/W=FitPanel expc 
    225233        pow_c = V_value 
    226         ControlInfo/W=A_FitPanel back 
     234        ControlInfo/W=FitPanel back 
    227235        bkg = V_value 
    228236         
    … …  
    241249        endif 
    242250        //if q^c is the x-scaling, c must be be within limits and also non-zero 
    243         ControlInfo/W=A_FitPanel xModel 
     251        ControlInfo/W=FitPanel xModel 
    244252        If (cmpstr("q^c",S_Value) == 0) 
    245253                if(pow_c == 0)  
    … …  
    265273        String xlabel,ylabel,xstr,ystr 
    266274        //check for proper y-scaling selection, make the necessary waves 
    267         ControlInfo/W=A_FitPanel yModel 
     275        ControlInfo/W=FitPanel yModel 
    268276        ystr = S_Value 
    269277//      print "ystr = ",ystr 
    … …  
    365373        Variable low,high 
    366374         
    367         ControlInfo/W=A_FitPanel lolim 
     375        ControlInfo/W=FitPanel lolim 
    368376        low = V_value 
    369         ControlInfo/W=A_FitPanel uplim 
     377        ControlInfo/W=FitPanel uplim 
    370378        high = V_value 
    371379        if ((high<low) || (high==low)) 
    … …  
    374382        endif 
    375383         
    376         ControlInfo/W=A_FitPanel xModel 
     384        ControlInfo/W=FitPanel xModel 
    377385        xstr = S_Value 
    378386        do 
    … …  
    422430         
    423431//      String cleanLastFileName = "root:"+CleanupName(gLastFileName,0) 
    424         If(WinType("A_FitWindow") == 0) 
     432        If(WinType("FitWindow") == 0) 
    425433                Display /W=(5,42,480,400)/K=1 yAxisWave vs xAxisWave 
    426434                ModifyGraph mode=3,standoff=0,marker=8,opaque=1 
    427435                ErrorBars/T=0 yAxisWave Y,wave=(yErrWave,yErrWave) 
    428                 DoWindow/C A_FitWindow 
     436                DoWindow/C FitWindow 
    429437        else 
    430438                //window already exists, just bring to front for update 
    431                 DoWindow/F A_FitWindow 
     439                DoWindow/F FitWindow 
    432440                // remove old text boxes 
    433441                TextBox/K/N=text_1 
    … …  
    439447        TextBox/C/N=textLabel/A=RB "File = "+baseStr 
    440448        //clear the old fit from the window, if it exists 
    441         RemoveFromGraph/W=A_FitWindow/Z fit_yAxisWave 
     449        RemoveFromGraph/W=FitWindow/Z fit_yAxisWave 
    442450         
    443451        // add the cursors if desired...         
    444452        //see if the user wants to use the data specified by the cursors - else use numerical values 
    445453         
    446         ControlInfo/W=A_FitPanel check0         //V_value = 1 if it is checked, meaning yes, use cursors 
     454        ControlInfo/W=FitPanel check0           //V_value = 1 if it is checked, meaning yes, use cursors 
    447455        yes_cursors = V_value 
    448456 
    449         DoWindow/F A_FitWindow 
     457        DoWindow/F FitWindow 
    450458        ShowInfo 
    451459        if(yes_cursors) 
    … …  
    461469                if(V_flag == 1)                 //level NOT found 
    462470                        DoAlert 0,"Lower q-limit not in experimental q-range. Re-enter a better value" 
    463                         //DoWindow/K A_FitWindow 
     471                        //DoWindow/K FitWindow 
    464472                        //Abort 
    465473                endif 
    … …  
    469477                if(V_flag == 1) 
    470478                        DoAlert 0,"Upper q-limit not in experimental q-range. Re-enter a better value" 
    471                         //DoWindow/K A_FitWindow 
     479                        //DoWindow/K FitWindow 
    472480                        //Abort 
    473481                endif 
    … …  
    489497//and the results are plotted 
    490498// function works in root level data folder (where the loaded 1-d data will be) 
    491 Function A_DispatchModel(GoFit) : ButtonControl 
     499Function DispatchModel(GoFit) : ButtonControl 
    492500        String GoFit 
    493501 
    494502        //check for the FitWindow - to make sure that there is data to fit 
    495         If(WinType("A_FitWindow") == 0)         //if the window doesn't exist 
     503        If(WinType("FitWindow") == 0)           //if the window doesn't exist 
    496504                Abort "You must Load and Plot a File before fitting the data" 
    497505        endif 
    498506         
    499507        // rescale the data, to make sure it's as selected on the panel 
    500         ControlInfo/W=A_FitPanel $"ywave" 
     508        ControlInfo/W=FitPanel $"ywave" 
    501509        String partialName = CleanupName(S_value,0) 
    502         A_Rescale_Data("root:"+partialName+":") 
     510        Rescale_Data("root:"+partialName+":") 
    503511         
    504512        // now go do the fit 
    … …  
    507515        Variable low,high 
    508516         
    509         ControlInfo/W=A_FitPanel lolim 
     517        ControlInfo/W=FitPanel lolim 
    510518        low = V_value 
    511         ControlInfo/W=A_FitPanel uplim 
     519        ControlInfo/W=FitPanel uplim 
    512520        high = V_value 
    513521        if ((high<low) || (high==low)) 
    … …  
    518526        //try including residuals on the graph /R=residWave, explicitly place on new axis 
    519527        //if only /R used, residuals are automatically placed on graph 
    520         // -- NOTE that A_Rescale_Data() calculates the weighting wave as 1/err (like the old days) so the flag is correctly 
     528        // -- NOTE that Rescale_Data() calculates the weighting wave as 1/err (like the old days) so the flag is correctly 
    521529        // /I=0, not /I=1 
    522530         
    … …  
    530538        //ystr and xstr are the axis strings - filter with a do-loop 
    531539        String ystr="",xstr="" 
    532         //ControlInfo/W=A_FitPanel ywave 
     540        //ControlInfo/W=FitPanel ywave 
    533541        Wave xw = $("root:"+partialName+":"+partialName + "_q") 
    534         ControlInfo/W=A_FitPanel yModel 
     542        ControlInfo/W=FitPanel yModel 
    535543        ystr = S_Value 
    536         ControlInfo/W=A_FitPanel xModel 
     544        ControlInfo/W=FitPanel xModel 
    537545        xstr = S_Value 
    538546         
    … …  
    555563        do 
    556564                If (cmpstr("I",ystr) == 0) 
    557                         textstr_3 = "I(q=0) =  "  + num2str(W_coef[0]) 
     565                        textstr_3 = "I(q=0) =  "  + num2str(W_coef[0]) +" ± "+num2str(W_sigma[0]) 
    558566                        break    
    559567                endif 
    560568                If (cmpstr("ln(I)",ystr) == 0) 
    561                         textstr_3 = "I(q=0) =  "  + num2str(exp(W_coef[0])) 
     569                        izerr = abs(exp(W_coef[0]) - exp(W_coef[0]+W_sigma[0])) 
     570                        textstr_3 = "I(q=0) =  "  + num2str(exp(W_coef[0]))+" ± " + num2str(izerr) 
    562571                        if(cmpstr("q^2",xstr) == 0)     //then a Guinier plot for a sphere (3-d) 
    563572                                rg = sqrt(-3*W_coef[1]) 
    … …  
    593602                endif 
    594603                If (cmpstr("1/sqrt(I)",ystr) == 0) 
    595                         textstr_3 = "I(q=0) =  "  + num2str((W_coef[0])^2) 
     604                        izerr = abs( (W_coef[0])^-2 - (W_coef[0]+W_sigma[0])^-2 ) 
     605                        textstr_3 = "I(q=0) =  "  + num2str((W_coef[0])^-2)+" ± " + num2str(izerr) 
    596606                        break 
    597607                endif 
    … …  
    623633        while(0) 
    624634        //kill the old textboxes, if they exist 
    625         TextBox/W=A_FitWindow/K/N=text_1 
    626         TextBox/W=A_FitWindow/K/N=text_2 
    627         TextBox/W=A_FitWindow/K/N=text_3 
     635        TextBox/W=FitWindow/K/N=text_1 
     636        TextBox/W=FitWindow/K/N=text_2 
     637        TextBox/W=FitWindow/K/N=text_3 
    628638        // write the new text boxes 
    629         TextBox/W=A_FitWindow/N=text_1/A=LT textstr_1 
    630         TextBox/W=A_FitWindow/N=text_2/A=LC textstr_2 
     639        TextBox/W=FitWindow/N=text_1/A=LT textstr_1 
     640        TextBox/W=FitWindow/N=text_2/A=LC textstr_2 
    631641        If (cmpstr("",textstr_3) != 0)          //only display textstr_3 if it isn't null 
    632                 TextBox/W=A_FitWindow/N=text_3/A=LB textstr_3 
     642                TextBox/W=FitWindow/N=text_3/A=LB textstr_3 
    633643        endif 
    634644         
    635645        //adjust the plot range to reflect the actual fitted range 
    636646        //cursors are already on the graph, done by Rescale_Data() 
    637         A_AdjustAxisToCursors() 
     647        AdjustAxisToCursors() 
    638648         
    639649End 
    … …  
    643653// 
    644654// will expand the scale to show an extra 5 points in each direction (if available) 
    645 Function A_AdjustAxisToCursors() 
    646  
    647         DoWindow/F A_FitWindow 
     655Function AdjustAxisToCursors() 
     656 
     657        DoWindow/F FitWindow 
    648658        WAVE xAxisWave = root:xAxisWave 
    649659        WAVE yAxisWave = root:yAxisWave 
    … …  
    651661        Variable extraPts = 5, num=numpnts(xAxisWave) 
    652662         
    653         String csrA = CsrInfo(A ,"A_FitWindow") 
    654         String csrB = CsrInfo(B ,"A_FitWindow") 
     663        String csrA = CsrInfo(A ,"FitWindow") 
     664        String csrB = CsrInfo(B ,"FitWindow") 
    655665         
    656666        //x-levels, these are monotonic 
    … …  
    720730// Windows, where the data file must be .txt (and possibly OSX) 
    721731// 
    722 Function/S A_filterButtonProc(ctrlName) 
     732Function/S filterButtonProc(ctrlName) 
    723733        String ctrlName 
    724734 
    … …  
    746756        endfor 
    747757        //remove VAX version numbers 
    748         newList = A_RemoveVersNumsFromList(newList) 
     758        newList = RemoveVersNumsFromList(newList) 
    749759        //sort 
    750760        newList = SortList(newList,";",0) 
    … …  
    755765 
    756766 
     767//////////////////////////////////////// FIT RPA /////////////////////////////////////////// 
     768//**************************************** 
     769//procedures for creating and initializing the FITRPA panel 
     770//global variables (numerical only) are kept in root:myGlobals:FITRPA folder, 
     771//created as needed 
     772// 
     773// very similar in function to the FIT panel 
     774// 
     775Proc OpenFitRPAPanel() 
     776        If(WinType("FitRPAPanel") == 0) 
     777                //create the necessary data folder 
     778                NewDataFolder/O root:myGlobals:FITRPA 
     779                //initialize the values 
     780                Variable/G root:myGlobals:FITRPA:gLolim = 0.02 
     781                Variable/G root:myGlobals:FITRPA:gUplim = 0.04 
     782                Variable/G root:myGlobals:FITRPA:gBack = 0 
     783                Variable/G root:myGlobals:FITRPA:gLambda = 6.0 
     784                PathInfo/S catPathName 
     785                String localpath = S_path 
     786                if (V_flag == 0) 
     787                //path does not exist - no folder selected 
     788                        String/G root:myGlobals:FITRPA:gPathStr = "no folder selected" 
     789                else 
     790                        String/G root:myGlobals:FITRPA:gPathStr = localpath 
     791                endif 
     792                String/G    root:myGlobals:FITRPA:gDataPopList = "none" 
     793                FitRPAPanel() 
     794        else 
     795                //window already exists, just bring to front for update 
     796                DoWindow/F FitRPAPanel 
     797        endif 
     798        //pop the menu 
     799        FilePopMenuProc("",1,"") 
     800End 
     801 
     802//used on the fit/rpa panel to select the path for the data  
     803// - automatically pops the file list after the new  path selection 
     804Function FITRPAPickPathButton(ctrlName) : ButtonControl 
     805        String ctrlName 
     806 
     807        Variable err = A_PickPath()             //sets global path value 
     808        SVAR pathStr = root:myGlobals:gCatPathStr 
     809         
     810        //set the global string for NSORT to the selected pathname 
     811        String/G root:myGlobals:FITRPA:gPathStr = pathStr 
     812         
     813        //call the popup menu proc's to re-set the menu choices 
     814        FilePopMenuProc("filePopup",1,"") 
     815         
     816End 
     817 
     818//gets a valid file list (simply not the files with ".SAn" in the name) 
     819// 
     820Function FilePopMenuProc(ctrlName,popNum,popStr) : PopupMenuControl 
     821        String ctrlName 
     822        Variable popNum 
     823        String popStr 
     824 
     825        String tempStr=ReducedDataFileList(ctrlName) 
     826        if(strlen(tempStr)==0) 
     827                tempStr = "Pick the data path" 
     828        Endif 
     829        String/G root:myGlobals:FITRPA:gDataPopList =   tempStr //function is in NSORT.ipf 
     830        ControlUpdate filePopup 
     831         
     832End 
     833 
     834 
     835 
     836// window recreation macro to draw the fit/rpa panel 
     837//globals and data folders must be present before drawing panel 
     838// 
     839Window FitRPAPanel()  
     840 
     841        String angst = root:myGlobals:gAngstStr 
     842        PauseUpdate; Silent 1           // building window... 
     843        NewPanel /W=(250,266,591,579)/K=1 
     844        ModifyPanel cbRGB=(32768,54528,65280) 
     845        ModifyPanel fixedSize=1 
     846        SetDrawLayer UserBack 
     847        SetDrawEnv fstyle= 1 
     848        DrawText 81,19,"Select Experimental Data" 
     849        SetDrawEnv fstyle= 1 
     850        DrawText 97,102,"q-range to fit ("+angst+"^-1)" 
     851        SetDrawEnv fstyle= 1 
     852        DrawText 87,239,"Select the fit parameters" 
     853        SetDrawEnv fillpat= 0 
     854        DrawRect 1,103,338,224 
     855        SetDrawEnv fillpat= 0 
     856        DrawRect 1,20,337,83 
     857        SetDrawEnv fillpat= 0 
     858        DrawRect 2,241,337,275 
     859//      Button PathButton,pos={6,26},size={80,20},proc=FitRPAPickPathButton,title="Pick Path" 
     860//      Button PathButton,help={"Select the local path to the folder containing your SANS data"} 
     861//      SetVariable setPath,pos={95,29},size={240,17},title="Path:" 
     862//      SetVariable setPath,help={"The current path to the local folder with SANS data"} 
     863//      SetVariable setPath,fSize=10 
     864//      SetVariable setPath,limits={0,0,0},value= root:myGlobals:FITRPA:gPathStr 
     865        PopupMenu filePopup,pos={8,30},size={96,21},proc=FilePopMenuProc,title="Files" 
     866        PopupMenu filePopup,help={"Select the data file to load."} 
     867        PopupMenu filePopup,mode=5,popvalue="none",value= #"root:myGlobals:FITRPA:gDataPopList" 
     868        SetVariable lambda,pos={111,250},size={120,18},title="Lambda ("+angst+")" 
     869        SetVariable lambda,help={"This sets the wavelength for the multiple scattering corrections."} 
     870        SetVariable lambda,limits={0,10,0},value= root:myGlobals:FITRPA:gLambda 
     871        Button GoFit,pos={60,286},size={80,20},proc=DoFITRPA,title="Do the Fit" 
     872        Button GoFit,help={"This button will do the specified fit using the selections in this panel"} 
     873        SetVariable lolim,pos={82,113},size={134,28},title="Lower Limit" 
     874        SetVariable lolim,help={"Enter the lower q-limit to perform the fit ("+angst+"^-1)"} 
     875        SetVariable lolim,limits={0,5,0},value= root:myGlobals:FITRPA:gLolim 
     876        SetVariable uplim,pos={80,140},size={134,28},title="Upper Limit" 
     877        SetVariable uplim,help={"Enter the upper q-limit to perform the fit ("+angst+"^-1)"} 
     878        SetVariable uplim,limits={0,5,0},value= root:myGlobals:FITRPA:gUplim 
     879        CheckBox RPA_check0,pos={64,198},size={190,20},title="Use cursor range from FitWindow" 
     880        CheckBox RPA_check0,help={"Checking this will perform a fit between the cursors on the graph in FitWindow and ignore the numerical limits typed above"},value=0 
     881        PopupMenu model,pos={3,249},size={101,21},title="Standard" 
     882        PopupMenu model,help={"This popup selects which standard should be used to fit this data"} 
     883        PopupMenu model,mode=1,popvalue="B",value= #"\"B;C;AS\"" 
     884        Button sh_all,pos={82,168},size={130,20},proc=ShowAllButtonProc,title="Show Full q-range" 
     885        Button sh_all,help={"Use this to show the entire q-range of the data rather than just the fitted range."} 
     886        Button loadButton,pos={20,55},size={70,20},proc=FITRPA_Load_Proc,title="Load File" 
     887        Button loadButton,help={"After choosing a file, load it into memory and plot it with this button."} 
     888        Button helpButton,pos={270,55},size={25,20},proc=showFITHelp,title="?" 
     889        Button helpButton,help={"Show help file for RPA fitting"} 
     890        Button DoneButton,pos={200,286},size={50,20},proc=FITRPADoneButton,title="Done" 
     891        Button DoneButton,help={"This button will close the panel and the associated graph"} 
     892EndMacro 
     893 
     894 
     895Proc FITRPADoneButton(ctrlName) : ButtonControl 
     896        String ctrlName 
     897        DoWindow/K FitWindow 
     898        DoWindow/K FitRPAPanel 
     899end 
     900 
     901//dispatches the fit to the appropriate model 
     902//and the appropriate range, based on selections in the panel 
     903// 
     904Proc DoFITRPA(ctrlName) : ButtonControl 
     905        String ctrlName 
     906        // 
     907        String cleanLastFileName = CleanupName(root:Packages:NIST:gLastFileName,0) 
     908        String tmpStr = "root:"+cleanLastFileName+":"+cleanLastFileName 
     909 
     910        Duplicate/O $(tmpStr+"_q") xAxisWave 
     911        Duplicate/O $(tmpStr+"_i") yAxisWave 
     912        Duplicate/O $(tmpStr+"_s") yErrWave,yWtWave,residWave 
     913 
     914        yWtWave = 1/yErrWave 
     915         
     916        String xlabel = "q (A^-1)" 
     917        String ylabel = "Intensity" 
     918        //Check to see if the FitWindow exists 
     919        //Plot the data in a FitWindow 
     920        If(WinType("FitWindow") == 0) 
     921                Display /W=(5,42,480,400)/K=1  yAxisWave vs xAxisWave 
     922                ModifyGraph mode=3,standoff=0,marker=8 
     923                ErrorBars/T=0 yAxisWave Y,wave=(yErrWave,yErrWave) 
     924                DoWindow/C FitWindow 
     925                ShowInfo 
     926        else 
     927                //window already exists, just bring to front for update 
     928                DoWindow/F FitWindow 
     929                // remove old text boxes 
     930                TextBox/K/N=text_1 
     931                TextBox/K/N=text_2 
     932                TextBox/K/N=text_3 
     933        endif 
     934         
     935        //see if the user wants to use the data specified by the cursors - else use numerical values 
     936        Variable xlow,xhigh,ylow,yhigh,yes_cursors 
     937        ControlInfo/W=FitRPAPanel RPA_check0            //V_value = 1 if it is checked, meaning yes, use cursors 
     938        yes_cursors = V_value 
     939 
     940        ControlInfo/W=FitRPAPanel lolim 
     941        xlow = V_value 
     942        ControlInfo/W=FitRPAPanel uplim 
     943        xhigh = V_value 
     944        if(yes_cursors) 
     945                xlow = xAxisWave[xcsr(A)] 
     946                xhigh = xAxisWave[xcsr(B)] 
     947                if(xlow > xhigh) 
     948                        xhigh = xlow 
     949                        xlow = xAxisWave[xcsr(B)] 
     950                endif 
     951//              Print "xlow,xhigh = ",xlow,xhigh 
     952                ylow = yAxisWave[xcsr(A)] 
     953                yhigh = yAxisWave[xcsr(B)] 
     954                if(ylow > yhigh) 
     955                        ylow=yhigh 
     956                        yhigh = yAxisWave[xcsr(A)] 
     957                endif 
     958        else 
     959                FindLevel/P/Q xAxisWave, xlow 
     960                if(V_flag == 1)                 //level NOT found 
     961                        DoAlert 0,"Lower q-limit not in experimental q-range. Re-enter a better value" 
     962                        DoWindow/K FitWindow 
     963                        Abort 
     964                endif 
     965                Cursor/P A, yAxisWave,trunc(V_LevelX)+1 
     966                ylow = yAxisWave[V_LevelX] 
     967                FindLevel/P/Q xAxisWave, xhigh 
     968                if(V_flag == 1) 
     969                        DoAlert 0,"Upper q-limit not in experimental q-range. Re-enter a better value" 
     970                        DoWindow/K FitWindow 
     971                        Abort 
     972                endif 
     973                Cursor/P B, yAxisWave,trunc(V_LevelX) 
     974                yhigh = yAxisWave[V_LevelX] 
     975                if(ylow > yhigh) 
     976                        yhigh=ylow 
     977                        ylow = yAxisWave[V_levelX] 
     978                endif 
     979        endif   //if(V_value) 
     980        SetAxis bottom,xlow,xhigh 
     981         
     982//      print "ylow,yhigh",ylow,yhigh 
     983         
     984        //Get the rest of the data from the panel 
     985        //such as which standard, the wavelength 
     986        ControlInfo/W=FitRPAPanel model 
     987 
     988        //find the model name 
     989        String modelName = S_value 
     990         
     991        Variable first_guess, seglength,iabs,iarb,thick 
     992        Make/D/O/N=2 fitParams 
     993         
     994        seglength = 6.8 
     995         
     996        first_guess = 1.0 
     997        fitParams[0] = first_guess 
     998        fitParams[1] = seglength 
     999 
     1000        If (cmpstr(modelName,"B")==0) 
     1001                iabs = BStandardFunction(fitParams,xlow) 
     1002                fitParams[0] = yhigh/iabs 
     1003//              Print fitParams[0],fitParams[1]  
     1004                FuncFit BStandardFunction fitParams yAxisWave(xcsr(A),xcsr(B)) /X=xAxisWave /W=yWtWave /D 
     1005                iarb = BStandardFunction(fitParams, 0.0) 
     1006                iabs = iarb/fitParams[0] 
     1007                thick = 0.153 
     1008        endif 
     1009        If (cmpstr(modelName,"C")==0) 
     1010                iabs = CStandardFunction(fitParams,xlow) 
     1011                fitParams[0] = yhigh/iabs 
     1012                FuncFit CStandardFunction fitParams yAxisWave(xcsr(A),xcsr(B)) /X=xAxisWave /W=yWtWave /D 
     1013                iarb = CStandardFunction(fitParams, 0.0) 
     1014                iabs = iarb/fitParams[0] 
     1015                thick= 0.153 
     1016        endif 
     1017        If (cmpstr(modelName,"AS")==0) 
     1018                iabs = ASStandardFunction(fitParams,xlow) 
     1019                fitParams[0] = yhigh/iabs 
     1020                FuncFit ASStandardFunction fitParams yAxisWave(xcsr(A),xcsr(B)) /X=xAxisWave /W=yWtWave /D 
     1021                iarb = ASStandardFunction(fitParams, 0.0) 
     1022                iabs = iarb/fitParams[0] 
     1023                thick = 0.1 
     1024        endif 
     1025        ModifyGraph rgb(fit_yAxisWave)=(0,0,0) 
     1026        Label left ylabel 
     1027        Label bottom xlabel     //E denotes "scaling"  - may want to use "units" instead         
     1028 
     1029        ControlInfo/W=FitRPAPanel lambda 
     1030         
     1031        Variable cor_mult = 1.0 + 2.2e-4*V_Value^2 
     1032         
     1033        //WAVE W_coef=W_coef 
     1034        //WAVE W_sigma=W_sigma 
     1035        String textstr_1,textstr_2,textstr_3 = "" 
     1036        textstr_1 = "Scaling Parameter: "+num2str(fitParams[0])+" ± "+num2str(W_sigma[0]) 
     1037        textstr_1 += "\rSegment Length: "+num2str(fitParams[1])+" ± "+num2str(W_sigma[1]) 
     1038        textstr_1 += "\rChi-Squared =  " + num2str(V_chisq/(V_npnts - 3)) 
     1039         
     1040        textstr_2 = "Cross section at q=0:  Iabs(0) = "+num2str(iabs)+"cm\S-1\M" 
     1041        textstr_2 += "\rData extrapolated to q=0: Im(0) = "+num2str(iarb)+" Counts/(10\S8\M  Mon cts)" 
     1042        textstr_2 += "\rData corrected for multiple scattering: I(0) = "+num2str(iarb/cor_mult)+" Counts/(10\S8\M  Mon cnts)" 
     1043         
     1044        textstr_3 = "In the ABS protocol, " 
     1045        textstr_3 += "\rStandard Thickness, d = "+num2str(thick)+"cm" 
     1046        textstr_3 += "\rI(0), Iarb(0) = "+num2str(iarb/cor_mult)+"Counts/(10\S8\M Mon cts)" 
     1047        textstr_3 += "\rStandard Cross Section, Iabs(0) = "+num2str(iabs)+"cm\S-1\M" 
     1048        TextBox/K/N=text_1 
     1049        TextBox/K/N=text_2 
     1050        TextBox/K/N=text_3 
     1051        TextBox/N=text_2/A=RT textstr_2 
     1052        TextBox/N=text_3/A=RC textstr_3 
     1053        TextBox/N=text_1/A=RB textstr_1 
     1054         
     1055End 
     1056 
     1057//loads the file selected in the popup for fitting with POL 
     1058//standard functions. Reads the wavelength from the header, using 
     1059//6 A as the default 
     1060//plots the data in FitWindow after reading the file 
     1061//updates lambda and full q-range  on the Panel 
     1062// 
     1063Proc FITRPA_Load_Proc(ctrlName): ButtonControl 
     1064        String ctrlName 
     1065        //Load the data 
     1066        String tempName="",partialName="" 
     1067        Variable err 
     1068        ControlInfo $"filePopup" 
     1069        //find the file from the partial filename 
     1070        If( (cmpstr(S_value,"")==0) || (cmpstr(S_value,"none")==0) ) 
     1071                //null selection, or "none" from any popup 
     1072                Abort "no file selected in popup menu" 
     1073        else 
     1074                //selection not null 
     1075                partialName = S_value 
     1076                //Print partialName 
     1077        Endif 
     1078        //get a valid file based on this partialName and catPathName 
     1079        tempName = FindValidFilename(partialName) 
     1080 
     1081        Variable lambdaFromFile=GetLambdaFromReducedData(tempName) 
     1082        Variable/G root:myGlobals:FITRPA:gLambda = lambdaFromFile 
     1083        Print "Lambda in file read as:", lambdaFromFile 
     1084         
     1085        //prepend path to tempName for read routine  
     1086        PathInfo catPathName 
     1087        tempName = S_path + tempName 
     1088         
     1089        //load in the data (into the root directory) 
     1090        LoadOneDDataWithName(tempName,0) 
     1091        //Print S_fileName 
     1092        //Print tempName 
     1093         
     1094        String cleanLastFileName = CleanupName(root:Packages:NIST:gLastFileName,0) 
     1095        String tmpStr = "root:"+cleanLastFileName+":"+cleanLastFileName 
     1096 
     1097        Duplicate/o $(tmpStr+"_q") xAxisWave 
     1098        Duplicate/o $(tmpStr+"_i") yAxisWave 
     1099        Duplicate/o $(tmpStr+"_s") yErrWave 
     1100         
     1101        Variable xmin, xmax 
     1102        WaveStats/Q xAxisWave 
     1103        root:myGlobals:FITRPA:gLolim=V_min 
     1104        root:myGlobals:FITRPA:gUplim=V_max 
     1105        ControlUpdate/W=FITRPAPanel/A 
     1106         
     1107        //Check to see if the FitWindow exists 
     1108        //Plot the data in a FitWindow 
     1109        If(WinType("FitWindow") == 0) 
     1110                Display /W=(5,42,480,400)/K=1  yAxisWave vs xAxisWave 
     1111                ModifyGraph mode=3,standoff=0,marker=8 
     1112                ErrorBars/T=0 yAxisWave Y,wave=(yErrWave,yErrWave) 
     1113                TextBox/C/N=textLabel/A=RB "File = "+cleanLastFileName 
     1114                DoWindow/C FitWindow 
     1115                ShowInfo 
     1116        else 
     1117                //window already exists, just bring to front for update 
     1118                DoWindow/F FitWindow 
     1119                TextBox/C/N=textLabel/A=RB "File = "+cleanLastFileName 
     1120        endif 
     1121        // remove old text boxes 
     1122        TextBox/K/N=text_1 
     1123        TextBox/K/N=text_2 
     1124        TextBox/K/N=text_3 
     1125        RemoveFromGraph/W=fitWindow /Z fit_yAxisWave 
     1126        SetAxis/A 
     1127         
     1128        //put cursors on the graph at first and last points 
     1129        Cursor/P A  yAxisWave  0 
     1130        Cursor/P B yAxisWave (numpnts(yAxisWave) - 1) 
     1131End 
     1132 
     1133//Fitting function for the POL-B standards 
     1134// 
     1135Function BStandardFunction(parameterWave, x) 
     1136        Wave parameterWave; Variable x 
     1137         
     1138        //Model parameters 
     1139        Variable KN=4.114E-3,CH=9.613E4, CD=7.558E4, NH=1872, ND=1556 
     1140        Variable INC=0.32, CHIV=2.2E-6 
     1141        //Correction based on absolute flux measured 5/93 
     1142        Variable CORR = 1.1445 
     1143         
     1144        //Local variables 
     1145        Variable AP2,QRGH,QRGD,IABS_RPA,IABS 
     1146         
     1147        //Calculate the function here 
     1148        ap2=parameterWave[1]^2 
     1149        qrgh = x*sqrt(nh*ap2/6) 
     1150        qrgd = x*sqrt(nd*ap2/6) 
     1151        iabs_rpa = kn/(1/(ch*FIT_dbf(qrgh)) + 1/(cd*FIT_dbf(qrgd)) - chiv) 
     1152        iabs = corr*iabs_rpa + inc 
     1153         
     1154        //return the result 
     1155        return parameterWave[0]*iabs 
     1156         
     1157End 
     1158 
     1159//Fitting function for the POL-C standards 
     1160// 
     1161Function CStandardFunction(parameterWave, x) 
     1162        Wave parameterWave; Variable x 
     1163         
     1164        //Model parameters 
     1165        Variable KN=4.114E-3,CH=2.564E5, CD=1.912E5, NH=4993, ND=3937 
     1166        Variable INC=0.32, CHIV=2.2E-6 
     1167        //Correction based on absolute flux measured 5/93 
     1168        Variable CORR = 1.0944 
     1169         
     1170        //Local variables 
     1171        Variable AP2,QRGH,QRGD,IABS_RPA,IABS 
     1172         
     1173        //Calculate the function here 
     1174        ap2=parameterWave[1]^2 
     1175        qrgh = x*sqrt(nh*ap2/6) 
     1176        qrgd = x*sqrt(nd*ap2/6) 
     1177        iabs_rpa = kn/(1/(ch*FIT_dbf(qrgh)) + 1/(cd*FIT_dbf(qrgd)) - chiv) 
     1178        iabs = corr*iabs_rpa + inc 
     1179         
     1180        //return the result 
     1181        return parameterWave[0]*iabs 
     1182         
     1183End 
     1184 
     1185//fitting function for the POL-AS standards 
     1186// 
     1187Function ASStandardFunction(parameterWave, x) 
     1188        Wave parameterWave; Variable x 
     1189         
     1190        //Model parameters 
     1191        Variable KN=64.5,CH=1.0, CD=1.0, NH=766, ND=766 
     1192        Variable INC=0.32, CHIV=0.0 
     1193         
     1194        //Local variables 
     1195        Variable AP2,QRGH,QRGD,IABS_RPA,IABS 
     1196         
     1197        //Calculate the function here 
     1198        ap2=parameterWave[1]^2 
     1199        qrgh = x*sqrt(nh*ap2/6) 
     1200 
     1201//The following lines were commented out in the fortran function 
     1202        //qrgd = x*sqrt(nd*ap2/6) 
     1203        //iabs_rpa = kn/(1/(ch*FIT_dbf(qrgh)) + 1/(cd*FIT_dbf(qrgd)) - chiv) 
     1204 
     1205        iabs_rpa = kn*FIT_dbf(qrgh) 
     1206        iabs = iabs_rpa + inc 
     1207         
     1208        //return the result 
     1209        return parameterWave[0]*iabs 
     1210         
     1211End 
     1212 
     1213//Debye Function used for polymer standards 
     1214Function FIT_dbf(rgq) 
     1215        Variable rgq 
     1216        Variable x 
     1217         
     1218        x=rgq*rgq 
     1219        if (x < 5.0E-3) 
     1220                return 1.0 - x/3 + x^2/12 
     1221        else 
     1222                return 2*(exp(-x) + x - 1)/x^2 
     1223        endif 
     1224End 
     1225 
     1226 
     1227//////////////////////////////// EMD FIT RPA ////////////////////////////////////// 
     1228 
     1229 
     1230 
     1231 
     1232 
    7571233 
    7581234 
    7591235 
    7601236//procedures to clean up after itself 
     1237// 
     1238// -- note that it's never going to unload if the SANS Reduction is open too - since 
     1239// the old FIT_Ops was always loaded, and now points to this file. 
     1240// 
    7611241Function UnloadLinFit() 
    7621242 
    763         if (WinType("A_FitPanel") == 7) 
    764                 DoWindow/K A_FitPanel 
    765         endif 
    766         if (WinType("A_FitWindow") != 0) 
    767                 DoWindow/K $"A_FitWindow" 
     1243        if (WinType("FitPanel") == 7) 
     1244                DoWindow/K FitPanel 
     1245        endif 
     1246        if (WinType("FitWindow") != 0) 
     1247                DoWindow/K $"FitWindow" 
    7681248        endif 
    7691249        SetDataFolder root: 
    7701250        Killwaves/Z xAxisWave,yAxisWave,yErrWave,residWave,yWtWave,fit_yAxisWave 
    7711251         
    772         SVAR fileVerExt=root:Packages:NIST:SANS_ANA_EXTENSION 
     1252        SVAR/Z fileVerExt=root:Packages:NIST:SANS_ANA_EXTENSION 
     1253        if(SVAR_Exists(fileVerExt) == 0) 
     1254                return 0 
     1255        endif 
     1256         
    7731257        String fname="LinearizedFits" 
    7741258        Execute/P "DELETEINCLUDE \""+fname+fileVerExt+"\"" 
    … …  
    7761260end 
    7771261 
     1262#if(exists("root:Packages:NIST:SANS_ANA_EXTENSION") != 0) 
     1263//this keeps the SANS Models menu from appearing in the SANS Reduction package 
    7781264Menu "SANS Models" 
    7791265        Submenu "Packages" 
    … …  
    7821268end 
    7831269 
    784 Function A_FIT_PickPathButtonProc(ctrlName) : ButtonControl 
     1270#endif 
     1271 
     1272Function FIT_PickPathButtonProc(ctrlName) : ButtonControl 
    7851273        String ctrlName 
    7861274 
    7871275        A_PickPath() 
    7881276        //pop the file menu 
    789         A_FIT_FilePopMenuProc("",1,"") 
    790 End 
     1277        FIT_FilePopMenuProc("",1,"") 
     1278End 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.