Ignore:
Timestamp:
Dec 2, 2015 1:24:05 PM (7 years ago)
Author:
srkline
Message:

Filling in missing "dummy" functions when XML xop is not present.

Added new V_ procedures for the beginning of the reduction steps - initialization, main panel, preferences, and a menu. These are lifted directly from the SANS routines and much still needs to be modified.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Common/NIST_XML_v40.ipf

    r932 r971  
    343343 
    344344 
    345 function/S getXMLDataSetTitle(xmlDF,dsNum,[useFilename]) 
     345function/S GetXMLDataSetTitle(xmlDF,dsNum,[useFilename]) 
    346346        String xmlDF 
    347347        Variable dsNum 
    … …  
    393393 
    394394 
     395//Function to write NIST canSAS XML files 
     396//Minimalist XML file - AJJ Dec 2008 
     397Function WriteNISTXML(fileName, NISTfile) 
     398        String fileName 
     399        Struct NISTXMLfile &NISTfile 
     400 
     401        variable fileID 
     402         
     403        //create the sasXML file with SASroot 
     404        //no namespace, no prefix 
     405        fileID = xmlcreatefile(fileName,"SASroot","cansas1d/1.0","") 
     406 
     407        //create a version attribute for the root element 
     408        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot","","version","1.0") 
     409        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot","","xmlns:xsi","http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance") 
     410        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot","","xsi:schemaLocation","cansas1d/1.0 http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/cansas1d.xsd") 
     411 
     412 
     413        //create the SASentry node 
     414        xmladdnode(fileID,"/SASroot","","SASentry","",1) 
     415                 
     416        //create the Title node 
     417        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","Title",NISTfile.Title,1) 
     418 
     419        //create the Run node 
     420        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","Run",NISTfile.Run,1) 
     421         
     422        //create the SASdata node 
     423        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASdata","",1) 
     424 
     425        variable ii 
     426         
     427        if (WaveExists(NISTfile.dQl) == 1) 
     428                for(ii=0 ; ii<numpnts(NISTfile.Q) ; ii+=1) 
     429                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata","","Idata","",1) 
     430                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Q",num2str(NISTfile.Q[ii]),1) 
     431                        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Q","","unit",NISTfile.unitsQ) 
     432         
     433                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","I",num2str(NISTfile.I[ii]),1) 
     434                        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/I","","unit",NISTfile.unitsI) 
     435         
     436                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Idev",num2str(NISTfile.Idev[ii]),1) 
     437                        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Idev","","unit",NISTfile.unitsIdev)       
     438         
     439                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","dQl",num2str(NISTfile.dQl[ii]),1) 
     440                        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/dQl","","unit",NISTfile.unitsdQl)                 
     441                endfor 
     442        else 
     443                for(ii=0 ; ii<numpnts(NISTfile.Q) ; ii+=1) 
     444                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata","","Idata","",1) 
     445                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Q",num2str(NISTfile.Q[ii]),1) 
     446                        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Q","","unit",NISTfile.unitsQ) 
     447         
     448                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","I",num2str(NISTfile.I[ii]),1) 
     449                        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/I","","unit",NISTfile.unitsI) 
     450         
     451                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Idev",num2str(NISTfile.Idev[ii]),1) 
     452                        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Idev","","unit",NISTfile.unitsIdev) 
     453         
     454                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Qdev",num2str(NISTfile.Qdev[ii]),1) 
     455                        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Qdev","","unit",NISTfile.unitsQdev) 
     456         
     457                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Qmean",num2str(NISTfile.Qmean[ii]),1) 
     458                        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Qmean","","unit",NISTfile.unitsQmean) 
     459         
     460                        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Shadowfactor",num2str(NISTfile.shadowfactor[ii]),1) 
     461                endfor 
     462        endif 
     463 
     464        //SASsample node 
     465        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASsample","",1) 
     466        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASsample","","ID",NISTfile.sample_ID,1) 
     467 
     468        //SASInstrument node 
     469        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASinstrument","",1) 
     470        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument","","name",NISTfile.nameSASinstrument,1) 
     471         
     472        //SASsource 
     473        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument","","SASsource","",1) 
     474        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument/SASsource","","radiation",NISTfile.radiation,1) 
     475 
     476        //SAScollimation 
     477        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument","","SAScollimation","",1) 
     478 
     479        //SASdetector 
     480        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument","","SASdetector","",1) 
     481        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument/SASdetector","","name",NISTfile.detector_name,1) 
     482 
     483 
     484        //SASprocess 
     485        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASprocess","",1) 
     486        xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASprocess","","name",NISTfile.nameSASprocess)      
     487        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASprocess","","SASprocessnote",NISTfile.SASprocessnote,1) 
     488         
     489        //SASnote 
     490        xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASnote",NISTfile.SASnote,1) 
     491         
     492        xmlsavefile(fileID) 
     493        xmlclosefile(fileID,0) 
     494         
     495end 
     496 
     497// 
     498// !!! nf.Sample_ID is not set correctly here, since it's not read in from the NIST 6-col data file 
     499// and SASprocessnote does not get set either! 
     500// 
     501Function ConvertNISTtoNISTXML(fileStr) 
     502        String fileStr 
     503         
     504        Struct NISTXMLfile nf 
     505         
     506        Variable rr,gg,bb,refnum,dQv 
     507        SetDataFolder root:      
     508         
     509        if (cmpStr(fileStr,"") == 0) 
     510                //No filename given, open dialog 
     511                Open/D/R  refnum 
     512                if (cmpstr(S_filename,"") == 0) 
     513                        return 0 
     514                else 
     515                        fileStr = S_filename 
     516                endif 
     517        endif 
     518 
     519        //Load the waves, using default waveX names 
     520        //if no path or file is specified for LoadWave, the default Mac open dialog will appear 
     521        LoadWave/G/D/A/Q fileStr 
     522        String fileNamePath = S_Path+S_fileName 
     523        String basestr = CleanupName(ParseFilePath(3,ParseFilePath(5,fileNamePath,":",0,0),":",0,0),0) 
     524//      String baseStr = CleanupName(S_fileName,0) 
     525//              print "basestr :"+basestr 
     526        String fileName =  ParseFilePath(0,ParseFilePath(5,filestr,":",0,0),":",1,0) 
     527//              print "filename :"+filename 
     528        Variable numCols = V_flag 
     529        String outfileName = S_Path+basestr+".xml" 
     530 
     531         
     532        if(numCols==3)          //simple 3-column data with no resolution information 
     533                 
     534                Wave nf.Q = $(StringFromList(0, S_waveNames ,";" )) 
     535                Wave nf.I = $(StringFromList(1, S_waveNames ,";" )) 
     536                Wave nf.Idev = $(StringFromList(2, S_waveNames ,";" )) 
     537                                 
     538                //Set units 
     539                nf.unitsQ = "1/A" 
     540                nf.unitsI = "1/cm" 
     541                nf.unitsIdev = "1/cm" 
     542                                 
     543        endif           //3-col data 
     544         
     545        if(numCols == 6)                //6-column SANS or USANS data that has resolution information 
     546                 
     547                // put the names of the (default named) loaded waves into local names 
     548                Wave nf.Q = $(StringFromList(0, S_waveNames ,";" )) 
     549                Wave nf.I  = $(StringFromList(1, S_waveNames ,";" )) 
     550                Wave nf.Idev  = $(StringFromList(2, S_waveNames ,";" )) 
     551 
     552                //Set units 
     553                nf.unitsQ = "1/A" 
     554                nf.unitsI = "1/cm" 
     555                nf.unitsIdev = "1/cm" 
     556 
     557                WAVE resTest = $(StringFromList(3, S_waveNames ,";" )) 
     558 
     559                // need to switch based on SANS/USANS 
     560                if (isSANSResolution(resTest[0]))               //checks to see if the first point of the wave is <0] 
     561                        Wave nf.Qdev  = $(StringFromList(3, S_waveNames ,";" )) 
     562                        Wave nf.Qmean  = $(StringFromList(4, S_waveNames ,";" )) 
     563                        Wave nf.Shadowfactor  = $(StringFromList(5, S_waveNames ,";" )) 
     564                         
     565                        //Set units 
     566                        nf.unitsQdev = "1/A" 
     567                        nf.unitsQmean = "1/A" 
     568                else 
     569                        Wave nf.dQl = $(StringFromList(3, S_waveNames ,";" )) 
     570                        nf.dQl = abs(nf.dQl) 
     571                         
     572                        //Set units 
     573                        nf.unitsdQl = "1/A" 
     574                         
     575                endif 
     576         
     577        endif   //6-col data 
     578 
     579        //Get file header 
     580        setmetadataFromASCHeader(fileStr,nf) 
     581 
     582        //Set required metadata that we can't get from these files 
     583        nf.detector_name = "Ordela 128x128" 
     584        nf.nameSASinstrument = "NIST NG3/NG7 SANS" 
     585        nf.radiation = "neutron" 
     586        nf.sample_ID = nf.title 
     587        nf.nameSASProcess = "NIST Data Converter" 
     588        nf.sasnote = "Data converted from previous NIST format. SASProcessnote contains header from original text file." 
     589 
     590        writeNISTXML(outfileName, nf) 
     591 
     592        //Tidy up AFTER we're all done, since STRUCT points to wave0,wave1, etc. 
     593        Variable i = 0 
     594        do 
     595                WAVE/Z wv= $(StringFromList(i,S_waveNames,";")) 
     596                if( WaveExists(wv) == 0 ) 
     597                        break 
     598                endif 
     599                KillWaves wv 
     600                i += 1 
     601        while (1)       // exit is via break statement 
     602 
     603end 
     604 
     605function SetMetadataFromASCHeader(fileStr,NISTfile) 
     606        String fileStr 
     607        Struct NISTXMLfile &NISTfile 
     608 
     609        String hdr="",buffer="" 
     610        Variable lineNum = 0, fileref 
     611        Variable num 
     612         
     613        Open/R fileref as fileStr 
     614        do 
     615                FReadLine fileref, buffer 
     616                if (stringmatch(buffer,"*The 6 columns are*") == 1) 
     617                        break 
     618                endif 
     619                buffer = RemoveEnding(buffer) 
     620//              print buffer 
     621                //Get run value 
     622                if (stringmatch(buffer,"*file:*") == 1) 
     623                        NISTfile.run = TrimWS(StringFromList(0,StringFromList(1, buffer, ":"),"C")) 
     624                elseif (stringmatch(buffer,"combined file*") == 1) 
     625                        NISTfile.run = "Combined Data" 
     626                endif 
     627                 
     628                //Get title value 
     629                if (stringmatch(buffer,"*FIRST File LABEL:*") == 1) 
     630                        NISTfile.title = TrimWS(StringFromList(1,buffer, ":")) 
     631                endif 
     632                if(stringmatch(buffer,"*LABEL:*") == 1) 
     633                        NISTfile.title = TrimWS(StringFromList(1,buffer, ":")) 
     634                endif 
     635                if(stringmatch(buffer,"NSORT*") == 1) 
     636                        NISTfile.title = buffer 
     637                endif 
     638                 
     639                hdr += buffer+"\n" 
     640        while(strlen(buffer) > 0) 
     641         
     642        if (strlen(NISTfile.title) == 0) 
     643                NISTfile.title = CleanupName(ParseFilePath(3,ParseFilePath(5,fileStr,":",0,0),":",0,0),0) 
     644        endif 
     645        if (strlen(NISTfile.run) == 0) 
     646                NISTfile.run = "Unknown" 
     647        endif 
     648         
     649        NISTfile.sasprocessnote = RemoveEnding(hdr) 
     650         
     651end 
     652 
     653//for writing out data (q-i-s) from the "type" folder, and including reduction information 
     654//if fullpath is a complete HD path:filename, no dialog will be presented 
     655//if fullpath is just a filename, the save dialog will be presented 
     656//if dialog = 1, a dialog will always be presented 
     657// 
     658// root:myGlobals:Protocols:gProtoStr is the name of the currently active protocol 
     659// 
     660//AJJ Nov 2009 : This version of the function currently only works for Circular, Sector and Rectangular averages 
     661//i.e. anything that produces I vs Q. Need to add ability to handle Annular (I vs theta) but that requires namespace addition to XML format 
     662//and handling on load. 
     663Function WriteXMLWaves_W_Protocol(type,fullpath,dialog) 
     664        String type,fullpath 
     665        Variable dialog         //=1 will present dialog for name 
     666         
     667        Struct NISTXMLfile nf 
     668         
     669        String destStr="" 
     670        destStr = "root:Packages:NIST:"+type 
     671         
     672        Variable refNum 
     673//      String fname,ave="C",hdrStr1="",hdrStr2="" 
     674//      Variable step=1 
     675         
     676        //*****these waves MUST EXIST, or IGOR Pro will crash, with a type 2 error**** 
     677        WAVE intw=$(destStr + ":integersRead") 
     678        WAVE rw=$(destStr + ":realsRead") 
     679        WAVE/T textw=$(destStr + ":textRead") 
     680        WAVE qvals =$(destStr + ":qval") 
     681        WAVE inten=$(destStr + ":aveint") 
     682        WAVE sig=$(destStr + ":sigave") 
     683        WAVE qbar = $(destStr + ":QBar") 
     684        WAVE sigmaq = $(destStr + ":SigmaQ") 
     685        WAVE fsubs = $(destStr + ":fSubS") 
     686 
     687 
     688        SVAR gProtoStr = root:myGlobals:Protocols:gProtoStr 
     689        Wave/T proto=$("root:myGlobals:Protocols:"+gProtoStr) 
     690 
     691         
     692        //check each wave 
     693        If(!(WaveExists(intw))) 
     694                Abort "intw DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     695        Endif 
     696        If(!(WaveExists(rw))) 
     697                Abort "rw DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     698        Endif 
     699        If(!(WaveExists(textw))) 
     700                Abort "textw DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     701        Endif 
     702        If(!(WaveExists(qvals))) 
     703                Abort "qvals DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     704        Endif 
     705        If(!(WaveExists(inten))) 
     706                Abort "inten DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     707        Endif 
     708        If(!(WaveExists(sig))) 
     709                Abort "sig DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     710        Endif 
     711        If(!(WaveExists(qbar))) 
     712                Abort "qbar DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     713        Endif 
     714        If(!(WaveExists(sigmaq))) 
     715                Abort "sigmaq DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     716        Endif 
     717        If(!(WaveExists(fsubs))) 
     718                Abort "fsubs DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     719        Endif 
     720        If(!(WaveExists(proto))) 
     721                Abort "current protocol wave DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
     722        Endif 
     723         
     724        if(dialog) 
     725                PathInfo/S catPathName 
     726                fullPath = DoSaveFileDialog("Save data as") 
     727                If(cmpstr(fullPath,"")==0) 
     728                        //user cancel, don't write out a file 
     729                        Close/A 
     730                        Abort "no data file was written" 
     731                Endif 
     732                //Print "dialog fullpath = ",fullpath 
     733        Endif 
     734         
     735        SVAR samFiles = $("root:Packages:NIST:"+type+":fileList") 
     736        //actually open the file here 
     737        //Open refNum as fullpath 
     738         
     739        //Data 
     740        Wave nf.Q = qvals 
     741        nf.unitsQ = "1/A" 
     742        Wave nf.I = inten 
     743        nf.unitsI = "1/cm" 
     744        Wave nf.Idev = sig 
     745        nf.unitsIdev = "1/cm" 
     746        Wave nf.Qdev = sigmaq 
     747        nf.unitsQdev = "1/A" 
     748        Wave nf.Qmean = qbar 
     749        nf.unitsQmean = "1/A" 
     750        Wave nf.Shadowfactor = fSubS 
     751        nf.unitsShadowfactor = "none" 
     752         
     753         
     754        //write out the standard header information 
     755        //fprintf refnum,"FILE: %s\t\t CREATED: %s\r\n",textw[0],textw[1] 
     756         
     757        //AJJ to fix with sensible values 
     758        nf.run = "Test" 
     759        String acct = textw[3] 
     760        nf.nameSASinstrument = acct[1,3] 
     761        nf.SASnote = "" 
     762        // 
     763        nf.sample_ID = textw[6] 
     764        nf.title = textw[6] 
     765        nf.radiation = "neutron" 
     766        nf.wavelength = rw[26] 
     767        nf.unitswavelength = "A" 
     768        nf.offset_angle = rw[19] 
     769        nf.unitsoffset_angle = "cm" 
     770        nf.SDD = rw[18] 
     771        nf.unitsSDD = "m" 
     772        nf.sample_transmission = rw[4] 
     773        nf.sample_thickness = rw[5] 
     774        nf.unitssample_thickness = "mm" 
     775         
     776        nf.beamcenter_X = rw[16]   
     777        nf.beamcenter_Y = rw[17] 
     778        nf.unitsbeamcenter_X = "pixels" 
     779        nf.unitsbeamcenter_Y = "pixels" 
     780        nf.source_aperture = rw[23] 
     781        nf.typesource_aperture = "pinhole" 
     782        nf.unitssource_aperture = "mm" 
     783        nf.sample_aperture = rw[24] 
     784        nf.typesample_aperture = "pinhole" 
     785        nf.unitssample_aperture = "mm" 
     786        //nf.collimation_length = total length - rw[25] 
     787        nf.wavelength_spread = rw[27] 
     788        nf.unitswavelength_spread = "percent" 
     789        //Do something with beamstop (rw[21]) 
     790        nf.detector_name = textW[9] 
     791//      fprintf refnum,"MON CNT   LAMBDA   DET ANG   DET DIST   TRANS   THICK   AVE   STEP\r\n" 
     792//      fprintf refnum,hdrStr1 
     793 
     794//      fprintf refnum,"BCENT(X,Y)   A1(mm)   A2(mm)   A1A2DIST(m)   DL/L   BSTOP(mm)   DET_TYP \r\n" 
     795//      fprintf refnum,hdrStr2 
     796 
     797        //insert protocol information here 
     798        //-1 list of sample files 
     799        //0 - bkg 
     800        //1 - emp 
     801        //2 - div 
     802        //3 - mask 
     803        //4 - abs params c2-c5 
     804        //5 - average params 
     805        nf.SASprocessnote =  "SAM: "+samFiles+"\n" 
     806        nf.SASprocessnote += "BGD: "+proto[0]+"\n" 
     807        nf.SASprocessnote += "EMP: "+Proto[1]+"\n" 
     808        nf.SASprocessnote += "DIV: "+Proto[2]+"\n" 
     809        nf.SASprocessnote += "MASK: "+Proto[3]+"\n" 
     810        nf.SASprocessnote += "ABS Parameters (3-6): "+Proto[4]+"\n" 
     811        nf.SASprocessnote += "Average Choices: "+Proto[5]+"\n" 
     812         
     813        nf.nameSASProcess = "NIST IGOR" 
     814 
     815        //Close refnum 
     816         
     817        writeNISTXML(fullpath, nf) 
     818         
     819        SetDataFolder root:             //(redundant) 
     820         
     821        //write confirmation of write operation to history area 
     822        Print "Averaged XML File written: ", GetFileNameFromPathNoSemi(fullPath) 
     823        KillWaves/Z tempShortProto 
     824        Return(0) 
     825End 
     826 
     827Function WriteNSORTedXMLFile(qw,iw,sw,firstFileName,secondFileName,thirdFileName,normTo,norm12,norm23,[res]) 
     828        Wave qw,iw,sw,res 
     829        String firstFileName,secondFileName,thirdFileName,normTo 
     830        Variable norm12,norm23 
     831 
     832        Variable err=0,refNum,numCols,dialog=1 
     833        String fullPath="",formatStr="",str2 
     834        //check each wave - else REALLY FATAL error when writing file 
     835        If(!(WaveExists(qw))) 
     836                err = 1 
     837                return err 
     838        Endif 
     839        If(!(WaveExists(iw))) 
     840                err = 1 
     841                return err 
     842        Endif 
     843        If(!(WaveExists(sw))) 
     844                err = 1 
     845                return err 
     846        Endif 
     847         
     848        if(WaveExists(res)) 
     849                numCols = 6 
     850        else 
     851                numCols = 3 
     852        endif 
     853         
     854// 05SEP05 SRK -- added to automatically combine files from a table - see the end of NSORT.ipf for details 
     855// - use the flag set in DoCombineFiles() to decide if the table entries should be used 
     856//Ê Êroot:myGlobals:CombineTable:useTable= (1) (0) 
     857//if(exists("root:myGlobals:CombineTable:SaveName")) 
     858        NVAR/Z useTable = root:myGlobals:CombineTable:useTable 
     859        if(NVAR_Exists(useTable) && useTable==1) 
     860                SVAR str=root:myGlobals:CombineTable:SaveNameStr        //messy, but pass in as a global 
     861                fullPath = str 
     862//              str2 = "Is the file name "+str+" correct?" 
     863//              DoAlert 1,str2 
     864//              if(V_flag==1) 
     865                        dialog=0                //bypass the dialog if the name is good (assumed, since DoAlert is bypassed) 
     866//              endif 
     867        endif 
     868 
     869        if(dialog) 
     870                PathInfo/S catPathName 
     871                fullPath = DoSaveFileDialog("Save XML data as",fname="",suffix=".ABSx")         //won't actually open the file 
     872                If(cmpstr(fullPath,"")==0) 
     873                        //user cancel, don't write out a file 
     874                        Close/A 
     875                        Abort "no data file was written" 
     876                Endif 
     877                //Print "dialog fullpath = ",fullpath 
     878        Endif 
     879 
     880        Struct NISTxmlfile nf 
     881         
     882        //Data 
     883        Wave nf.Q = qw 
     884        nf.unitsQ = "1/A" 
     885        Wave nf.I = iw 
     886        nf.unitsI = "1/cm" 
     887        Wave nf.Idev = sw 
     888        nf.unitsIdev = "1/cm" 
     889 
     890        //write out the standard header information 
     891        //fprintf refnum,"FILE: %s\t\t CREATED: %s\r\n",textw[0],textw[1] 
     892         
     893        //AJJ to fix with sensible values 
     894        nf.run = "" 
     895        nf.nameSASinstrument = "NIST IGOR" 
     896        nf.SASnote = "" 
     897        // 
     898        nf.sample_ID = ParseFilePath(3, fullPath, ":", 0, 0) 
     899        nf.title = ParseFilePath(3, fullPath, ":", 0, 0) 
     900        nf.radiation = "neutron" 
     901        //Do something with beamstop (rw[21]) 
     902        nf.detector_name = "NSORTed Data"        
     903        nf.nameSASProcess = "NIST IGOR" 
     904         
     905        nf.sasProcessNote = "COMBINED FILE CREATED: "+date()+"\n" 
     906        nf.sasProcessNote += "NSORT-ed : " +firstFileName+";"+secondFileName+";"+thirdFileName+"\n" 
     907        nf.sasProcessNote += "normalized to  "+normTo+"\n" 
     908        fprintf refNum, "multiplicative factor 1-2 = "+num2str(norm12)+" multiplicative factor 2-3 = "+num2str(norm23)+"\n" 
     909 
     910        if (numCols == 3) 
     911                writeNISTXML(fullpath,nf) 
     912        elseif (numCols == 6) 
     913                Make/O/N=(dimsize(res,0)) sigq = res[p][0] 
     914                Make/O/N=(dimsize(res,0)) qbar = res[p][1] 
     915                Make/O/N=(dimsize(res,0)) fs = res[p][2] 
     916         
     917                Wave nf.Qdev = sigQ 
     918                nf.unitsQdev = "1/A" 
     919                Wave nf.Qmean = qbar 
     920                nf.unitsQmean = "1/A" 
     921                Wave nf.Shadowfactor = fs 
     922                nf.unitsShadowfactor = "none" 
     923         
     924                writeNISTXML(fullpath,nf) 
     925         
     926                Killwaves/Z sigq,qbar,fs 
     927        endif 
     928 
     929        Return err 
     930End 
     931 
     932 
     933 
     934/// See WriteModelData_v40.ipf for 6 column equivalent 
     935// 
     936// will abort if resolution wave is missing 
     937// switches for USANS data if the proper global is found, otheriwse treats as SANS data 
     938// 
     939Function ReWrite1DXMLData(folderStr) 
     940        String folderStr 
     941 
     942        String fullpath="" 
     943        Variable dialog=1 
     944        String dataSetFolderParent,basestr,fullBase 
     945         
     946        Struct NISTXMLfile nf 
     947 
     948        //Abuse ParseFilePath to get path without folder name 
     949        dataSetFolderParent = ParseFilePath(1,folderStr,":",1,0) 
     950        //Abuse ParseFilePath to get basestr 
     951        basestr = ParseFilePath(0,folderStr,":",1,0) 
     952 
     953        SetDataFolder $(dataSetFolderParent+basestr) 
     954        WAVE/Z qw = $(baseStr+"_q") 
     955        WAVE/Z iw = $(baseStr+"_i") 
     956        WAVE/Z sw = $(baseStr+"_s") 
     957        WAVE/Z resw = $(baseStr+"_res") 
     958         
     959        if(WaveExists(qw) == 0) 
     960                Abort "q is missing" 
     961        endif 
     962        if(WaveExists(iw) == 0) 
     963                Abort "i is missing" 
     964        endif 
     965        if(WaveExists(sw) == 0) 
     966                Abort "s is missing" 
     967        endif 
     968        if(WaveExists(resw) == 0) 
     969                Abort "Resolution information is missing." 
     970        endif 
     971         
     972         
     973        // if (USANS) 
     974        // else (SANS is assumed) 
     975        // endif 
     976        NVAR/Z dQv = USANS_dQv          // in current DF 
     977        if (NVAR_Exists(dQv)) 
     978                //USANS data, proceed 
     979                //Use the evil extra column for the resolution "information". Should probably switch to using slit_length in collimation. 
     980                Duplicate/O qw,dumWave 
     981                dumWave = dQv                   //written out as a positive value, since the column is identified by its label, dQl 
     982                 
     983                //Data 
     984                Wave nf.Q = qw 
     985                nf.unitsQ = "1/A" 
     986                Wave nf.I = iw 
     987                nf.unitsI = "1/cm" 
     988                Wave nf.Idev = sw 
     989                nf.unitsIdev = "1/cm" 
     990                // for slit-smeared USANS, set only a 4th column to  -dQv 
     991                Wave nf.dQl = dumWave 
     992                nf.unitsdQl= "1/A" 
     993         
     994                //AJJ to fix with sensible values 
     995                nf.run = "" 
     996                nf.nameSASinstrument = "NIST IGOR Procedures" 
     997                nf.SASnote = "" 
     998                // 
     999                nf.sample_ID = baseStr 
     1000                nf.title = baseStr 
     1001                nf.radiation = "neutron" 
     1002                //Do something with beamstop (rw[21]) 
     1003                nf.detector_name = "Re-written USANS data" 
     1004         
     1005                nf.SASprocessnote =  "Modified data written from folder "+baseStr+" on "+(date()+" "+time()) 
     1006                 
     1007                nf.nameSASProcess = "NIST IGOR" 
     1008                 
     1009        else 
     1010                //assume SANS data 
     1011                Duplicate/O qw qbar,sigQ,fs 
     1012                sigq = resw[p][0] 
     1013                qbar = resw[p][1] 
     1014                fs = resw[p][2] 
     1015         
     1016                         
     1017                //Data 
     1018                Wave nf.Q = qw 
     1019                nf.unitsQ = "1/A" 
     1020                Wave nf.I = iw 
     1021                nf.unitsI = "1/cm" 
     1022                Wave nf.Idev = sw 
     1023                nf.unitsIdev = "1/cm" 
     1024                Wave nf.Qdev = sigQ 
     1025                nf.unitsQdev = "1/A" 
     1026                Wave nf.Qmean = qbar 
     1027                nf.unitsQmean = "1/A" 
     1028                Wave nf.Shadowfactor = fs 
     1029                nf.unitsShadowfactor = "none" 
     1030                 
     1031                 
     1032                //write out the standard header information 
     1033                //fprintf refnum,"FILE: %s\t\t CREATED: %s\r\n",textw[0],textw[1] 
     1034                 
     1035                //AJJ to fix with sensible values 
     1036                nf.run = "" 
     1037                nf.nameSASinstrument = "NIST IGOR Procedures" 
     1038                nf.SASnote = "" 
     1039                // 
     1040                nf.sample_ID = baseStr 
     1041                nf.title = baseStr 
     1042                nf.radiation = "neutron" 
     1043                //Do something with beamstop (rw[21]) 
     1044                nf.detector_name = "Re-written data" 
     1045         
     1046                nf.SASprocessnote =  "Modified data written from folder "+baseStr+" on "+(date()+" "+time()) 
     1047                 
     1048                nf.nameSASProcess = "NIST IGOR" 
     1049 
     1050        endif 
     1051 
     1052         
     1053        if(dialog) 
     1054                PathInfo/S catPathName 
     1055                fullPath = DoSaveFileDialog("Save data as",fname=baseStr+".xml") 
     1056                If(cmpstr(fullPath,"")==0) 
     1057                        //user cancel, don't write out a file 
     1058                        Close/A 
     1059                        Abort "no data file was written" 
     1060                Endif 
     1061                //Print "dialog fullpath = ",fullpath 
     1062        Endif 
     1063         
     1064         
     1065        writeNISTXML(fullpath,nf) 
     1066        //write confirmation of write operation to history area 
     1067        Print "XML File written: ", GetFileNameFromPathNoSemi(fullPath) 
     1068        KillWaves/Z tempShortProto 
     1069         
     1070        SetDataFolder root: 
     1071 
     1072        Return(0) 
     1073End 
     1074 
     1075 
     1076 
     1077 
     1078#else   // if( Exists("XmlOpenFile") ) 
     1079        // No XMLutils XOP: provide dummy function so that IgorPro can compile dependent support code 
     1080//      FUNCTION LoadNISTXMLData(fileName,doPlot) 
     1081//          String fileName 
     1082//          Variable doPlot 
     1083//          Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
     1084//          RETURN(-6) 
     1085//      END 
     1086 
     1087 
     1088        Function LoadNISTXMLData(filestr,outStr,doPlot,forceOverwrite) 
     1089                String filestr,outStr 
     1090                Variable doPlot,forceOverwrite 
     1091                 
     1092           Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
     1093                return(-6) 
     1094        end              
     1095 
     1096        Function/S GetXMLDataSetTitle(xmlDF,dsNum,[useFilename]) 
     1097                String xmlDF 
     1098                Variable dsNum 
     1099                Variable useFilename 
     1100                 
     1101           Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
     1102                return("") 
     1103        end              
     1104 
     1105        Function WriteNISTXML(fileName, NISTfile) 
     1106                String fileName, NISTfile 
     1107                Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
     1108                RETURN(-6) 
     1109        End 
     1110         
     1111        Function WriteXMLWaves_W_Protocol(type,fullpath,dialog) 
     1112                String type,fullpath 
     1113                Variable dialog         //=1 will present dialog for name 
     1114         
     1115            Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
     1116                return(-6) 
     1117        end 
     1118         
     1119        Function WriteNSORTedXMLFile(q3,i3,sig3,firstFileName,secondFileName,thirdFileName,normTo,norm12,norm23,[res]) 
     1120                Wave q3,i3,sig3,res 
     1121                String firstFileName,secondFileName,thirdFileName,normTo 
     1122                Variable norm12,norm23 
     1123 
     1124                 Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
     1125                return(-6) 
     1126        End 
     1127 
     1128        Function ReWrite1DXMLData(folderStr) 
     1129                String folderStr 
     1130         
     1131                 Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
     1132                return(-6) 
     1133        end 
     1134         
     1135        Function SetMetadataFromASCHeader(fileStr,NISTfile) 
     1136                String fileStr 
     1137                Struct NISTXMLfile &NISTfile 
     1138                          
     1139                Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
     1140                return(-6) 
     1141        end 
     1142                 
     1143        Function ConvertNISTtoNISTXML(fileStr) 
     1144                String fileStr 
     1145                 
     1146                Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
     1147                return(-6) 
     1148        end      
     1149         
     1150         
     1151#endif 
     1152 
    3951153//AJJ 12/5/08 
    3961154 
    … …  
    4701228Endstructure 
    4711229 
    472  
    473 //Function to write NIST canSAS XML files 
    474 //Minimalist XML file - AJJ Dec 2008 
    475 function writeNISTXML(fileName, NISTfile) 
    476         String fileName 
    477         Struct NISTXMLfile &NISTfile 
    478  
    479         variable fileID 
    480          
    481         //create the sasXML file with SASroot 
    482         //no namespace, no prefix 
    483         fileID = xmlcreatefile(fileName,"SASroot","cansas1d/1.0","") 
    484  
    485         //create a version attribute for the root element 
    486         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot","","version","1.0") 
    487         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot","","xmlns:xsi","http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance") 
    488         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot","","xsi:schemaLocation","cansas1d/1.0 http://svn.smallangles.net/svn/canSAS/1dwg/trunk/cansas1d.xsd") 
    489  
    490  
    491         //create the SASentry node 
    492         xmladdnode(fileID,"/SASroot","","SASentry","",1) 
    493                  
    494         //create the Title node 
    495         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","Title",NISTfile.Title,1) 
    496  
    497         //create the Run node 
    498         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","Run",NISTfile.Run,1) 
    499          
    500         //create the SASdata node 
    501         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASdata","",1) 
    502  
    503         variable ii 
    504          
    505         if (WaveExists(NISTfile.dQl) == 1) 
    506                 for(ii=0 ; ii<numpnts(NISTfile.Q) ; ii+=1) 
    507                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata","","Idata","",1) 
    508                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Q",num2str(NISTfile.Q[ii]),1) 
    509                         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Q","","unit",NISTfile.unitsQ) 
    510          
    511                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","I",num2str(NISTfile.I[ii]),1) 
    512                         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/I","","unit",NISTfile.unitsI) 
    513          
    514                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Idev",num2str(NISTfile.Idev[ii]),1) 
    515                         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Idev","","unit",NISTfile.unitsIdev)       
    516          
    517                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","dQl",num2str(NISTfile.dQl[ii]),1) 
    518                         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/dQl","","unit",NISTfile.unitsdQl)                 
    519                 endfor 
    520         else 
    521                 for(ii=0 ; ii<numpnts(NISTfile.Q) ; ii+=1) 
    522                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata","","Idata","",1) 
    523                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Q",num2str(NISTfile.Q[ii]),1) 
    524                         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Q","","unit",NISTfile.unitsQ) 
    525          
    526                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","I",num2str(NISTfile.I[ii]),1) 
    527                         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/I","","unit",NISTfile.unitsI) 
    528          
    529                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Idev",num2str(NISTfile.Idev[ii]),1) 
    530                         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Idev","","unit",NISTfile.unitsIdev) 
    531          
    532                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Qdev",num2str(NISTfile.Qdev[ii]),1) 
    533                         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Qdev","","unit",NISTfile.unitsQdev) 
    534          
    535                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Qmean",num2str(NISTfile.Qmean[ii]),1) 
    536                         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]/Qmean","","unit",NISTfile.unitsQmean) 
    537          
    538                         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASdata/Idata["+num2istr(ii+1)+"]","","Shadowfactor",num2str(NISTfile.shadowfactor[ii]),1) 
    539                 endfor 
    540         endif 
    541  
    542         //SASsample node 
    543         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASsample","",1) 
    544         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASsample","","ID",NISTfile.sample_ID,1) 
    545  
    546         //SASInstrument node 
    547         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASinstrument","",1) 
    548         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument","","name",NISTfile.nameSASinstrument,1) 
    549          
    550         //SASsource 
    551         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument","","SASsource","",1) 
    552         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument/SASsource","","radiation",NISTfile.radiation,1) 
    553  
    554         //SAScollimation 
    555         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument","","SAScollimation","",1) 
    556  
    557         //SASdetector 
    558         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument","","SASdetector","",1) 
    559         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASinstrument/SASdetector","","name",NISTfile.detector_name,1) 
    560  
    561  
    562         //SASprocess 
    563         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASprocess","",1) 
    564         xmlsetAttr(fileID,"/SASroot/SASentry/SASprocess","","name",NISTfile.nameSASprocess)      
    565         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry/SASprocess","","SASprocessnote",NISTfile.SASprocessnote,1) 
    566          
    567         //SASnote 
    568         xmladdnode(fileID,"/SASroot/SASentry","","SASnote",NISTfile.SASnote,1) 
    569          
    570         xmlsavefile(fileID) 
    571         xmlclosefile(fileID,0) 
    572          
    573 end 
    574  
    575 // 
    576 // !!! nf.Sample_ID is not set correctly here, since it's not read in from the NIST 6-col data file 
    577 // and SASprocessnote does not get set either! 
    578 // 
    579 Function convertNISTtoNISTXML(fileStr) 
    580         String fileStr 
    581          
    582         Struct NISTXMLfile nf 
    583          
    584         Variable rr,gg,bb,refnum,dQv 
    585         SetDataFolder root:      
    586          
    587         if (cmpStr(fileStr,"") == 0) 
    588                 //No filename given, open dialog 
    589                 Open/D/R  refnum 
    590                 if (cmpstr(S_filename,"") == 0) 
    591                         return 0 
    592                 else 
    593                         fileStr = S_filename 
    594                 endif 
    595         endif 
    596  
    597         //Load the waves, using default waveX names 
    598         //if no path or file is specified for LoadWave, the default Mac open dialog will appear 
    599         LoadWave/G/D/A/Q fileStr 
    600         String fileNamePath = S_Path+S_fileName 
    601         String basestr = CleanupName(ParseFilePath(3,ParseFilePath(5,fileNamePath,":",0,0),":",0,0),0) 
    602 //      String baseStr = CleanupName(S_fileName,0) 
    603 //              print "basestr :"+basestr 
    604         String fileName =  ParseFilePath(0,ParseFilePath(5,filestr,":",0,0),":",1,0) 
    605 //              print "filename :"+filename 
    606         Variable numCols = V_flag 
    607         String outfileName = S_Path+basestr+".xml" 
    608  
    609          
    610         if(numCols==3)          //simple 3-column data with no resolution information 
    611                  
    612                 Wave nf.Q = $(StringFromList(0, S_waveNames ,";" )) 
    613                 Wave nf.I = $(StringFromList(1, S_waveNames ,";" )) 
    614                 Wave nf.Idev = $(StringFromList(2, S_waveNames ,";" )) 
    615                                  
    616                 //Set units 
    617                 nf.unitsQ = "1/A" 
    618                 nf.unitsI = "1/cm" 
    619                 nf.unitsIdev = "1/cm" 
    620                                  
    621         endif           //3-col data 
    622          
    623         if(numCols == 6)                //6-column SANS or USANS data that has resolution information 
    624                  
    625                 // put the names of the (default named) loaded waves into local names 
    626                 Wave nf.Q = $(StringFromList(0, S_waveNames ,";" )) 
    627                 Wave nf.I  = $(StringFromList(1, S_waveNames ,";" )) 
    628                 Wave nf.Idev  = $(StringFromList(2, S_waveNames ,";" )) 
    629  
    630                 //Set units 
    631                 nf.unitsQ = "1/A" 
    632                 nf.unitsI = "1/cm" 
    633                 nf.unitsIdev = "1/cm" 
    634  
    635                 WAVE resTest = $(StringFromList(3, S_waveNames ,";" )) 
    636  
    637                 // need to switch based on SANS/USANS 
    638                 if (isSANSResolution(resTest[0]))               //checks to see if the first point of the wave is <0] 
    639                         Wave nf.Qdev  = $(StringFromList(3, S_waveNames ,";" )) 
    640                         Wave nf.Qmean  = $(StringFromList(4, S_waveNames ,";" )) 
    641                         Wave nf.Shadowfactor  = $(StringFromList(5, S_waveNames ,";" )) 
    642                          
    643                         //Set units 
    644                         nf.unitsQdev = "1/A" 
    645                         nf.unitsQmean = "1/A" 
    646                 else 
    647                         Wave nf.dQl = $(StringFromList(3, S_waveNames ,";" )) 
    648                         nf.dQl = abs(nf.dQl) 
    649                          
    650                         //Set units 
    651                         nf.unitsdQl = "1/A" 
    652                          
    653                 endif 
    654          
    655         endif   //6-col data 
    656  
    657         //Get file header 
    658         setmetadataFromASCHeader(fileStr,nf) 
    659  
    660         //Set required metadata that we can't get from these files 
    661         nf.detector_name = "Ordela 128x128" 
    662         nf.nameSASinstrument = "NIST NG3/NG7 SANS" 
    663         nf.radiation = "neutron" 
    664         nf.sample_ID = nf.title 
    665         nf.nameSASProcess = "NIST Data Converter" 
    666         nf.sasnote = "Data converted from previous NIST format. SASProcessnote contains header from original text file." 
    667  
    668         writeNISTXML(outfileName, nf) 
    669  
    670         //Tidy up AFTER we're all done, since STRUCT points to wave0,wave1, etc. 
    671         Variable i = 0 
    672         do 
    673                 WAVE/Z wv= $(StringFromList(i,S_waveNames,";")) 
    674                 if( WaveExists(wv) == 0 ) 
    675                         break 
    676                 endif 
    677                 KillWaves wv 
    678                 i += 1 
    679         while (1)       // exit is via break statement 
    680  
    681 end 
    682  
    683 function setmetadataFromASCHeader(fileStr,NISTfile) 
    684         String fileStr 
    685         Struct NISTXMLfile &NISTfile 
    686  
    687         String hdr="",buffer="" 
    688         Variable lineNum = 0, fileref 
    689         Variable num 
    690          
    691         Open/R fileref as fileStr 
    692         do 
    693                 FReadLine fileref, buffer 
    694                 if (stringmatch(buffer,"*The 6 columns are*") == 1) 
    695                         break 
    696                 endif 
    697                 buffer = RemoveEnding(buffer) 
    698 //              print buffer 
    699                 //Get run value 
    700                 if (stringmatch(buffer,"*file:*") == 1) 
    701                         NISTfile.run = TrimWS(StringFromList(0,StringFromList(1, buffer, ":"),"C")) 
    702                 elseif (stringmatch(buffer,"combined file*") == 1) 
    703                         NISTfile.run = "Combined Data" 
    704                 endif 
    705                  
    706                 //Get title value 
    707                 if (stringmatch(buffer,"*FIRST File LABEL:*") == 1) 
    708                         NISTfile.title = TrimWS(StringFromList(1,buffer, ":")) 
    709                 endif 
    710                 if(stringmatch(buffer,"*LABEL:*") == 1) 
    711                         NISTfile.title = TrimWS(StringFromList(1,buffer, ":")) 
    712                 endif 
    713                 if(stringmatch(buffer,"NSORT*") == 1) 
    714                         NISTfile.title = buffer 
    715                 endif 
    716                  
    717                 hdr += buffer+"\n" 
    718         while(strlen(buffer) > 0) 
    719          
    720         if (strlen(NISTfile.title) == 0) 
    721                 NISTfile.title = CleanupName(ParseFilePath(3,ParseFilePath(5,fileStr,":",0,0),":",0,0),0) 
    722         endif 
    723         if (strlen(NISTfile.run) == 0) 
    724                 NISTfile.run = "Unknown" 
    725         endif 
    726          
    727         NISTfile.sasprocessnote = RemoveEnding(hdr) 
    728          
    729 end 
    730  
    731 //for writing out data (q-i-s) from the "type" folder, and including reduction information 
    732 //if fullpath is a complete HD path:filename, no dialog will be presented 
    733 //if fullpath is just a filename, the save dialog will be presented 
    734 //if dialog = 1, a dialog will always be presented 
    735 // 
    736 // root:myGlobals:Protocols:gProtoStr is the name of the currently active protocol 
    737 // 
    738 //AJJ Nov 2009 : This version of the function currently only works for Circular, Sector and Rectangular averages 
    739 //i.e. anything that produces I vs Q. Need to add ability to handle Annular (I vs theta) but that requires namespace addition to XML format 
    740 //and handling on load. 
    741 Function WriteXMLWaves_W_Protocol(type,fullpath,dialog) 
    742         String type,fullpath 
    743         Variable dialog         //=1 will present dialog for name 
    744          
    745         Struct NISTXMLfile nf 
    746          
    747         String destStr="" 
    748         destStr = "root:Packages:NIST:"+type 
    749          
    750         Variable refNum 
    751 //      String fname,ave="C",hdrStr1="",hdrStr2="" 
    752 //      Variable step=1 
    753          
    754         //*****these waves MUST EXIST, or IGOR Pro will crash, with a type 2 error**** 
    755         WAVE intw=$(destStr + ":integersRead") 
    756         WAVE rw=$(destStr + ":realsRead") 
    757         WAVE/T textw=$(destStr + ":textRead") 
    758         WAVE qvals =$(destStr + ":qval") 
    759         WAVE inten=$(destStr + ":aveint") 
    760         WAVE sig=$(destStr + ":sigave") 
    761         WAVE qbar = $(destStr + ":QBar") 
    762         WAVE sigmaq = $(destStr + ":SigmaQ") 
    763         WAVE fsubs = $(destStr + ":fSubS") 
    764  
    765  
    766         SVAR gProtoStr = root:myGlobals:Protocols:gProtoStr 
    767         Wave/T proto=$("root:myGlobals:Protocols:"+gProtoStr) 
    768  
    769          
    770         //check each wave 
    771         If(!(WaveExists(intw))) 
    772                 Abort "intw DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    773         Endif 
    774         If(!(WaveExists(rw))) 
    775                 Abort "rw DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    776         Endif 
    777         If(!(WaveExists(textw))) 
    778                 Abort "textw DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    779         Endif 
    780         If(!(WaveExists(qvals))) 
    781                 Abort "qvals DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    782         Endif 
    783         If(!(WaveExists(inten))) 
    784                 Abort "inten DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    785         Endif 
    786         If(!(WaveExists(sig))) 
    787                 Abort "sig DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    788         Endif 
    789         If(!(WaveExists(qbar))) 
    790                 Abort "qbar DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    791         Endif 
    792         If(!(WaveExists(sigmaq))) 
    793                 Abort "sigmaq DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    794         Endif 
    795         If(!(WaveExists(fsubs))) 
    796                 Abort "fsubs DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    797         Endif 
    798         If(!(WaveExists(proto))) 
    799                 Abort "current protocol wave DNExist BinaryWrite_W_Protocol()" 
    800         Endif 
    801          
    802         if(dialog) 
    803                 PathInfo/S catPathName 
    804                 fullPath = DoSaveFileDialog("Save data as") 
    805                 If(cmpstr(fullPath,"")==0) 
    806                         //user cancel, don't write out a file 
    807                         Close/A 
    808                         Abort "no data file was written" 
    809                 Endif 
    810                 //Print "dialog fullpath = ",fullpath 
    811         Endif 
    812          
    813         SVAR samFiles = $("root:Packages:NIST:"+type+":fileList") 
    814         //actually open the file here 
    815         //Open refNum as fullpath 
    816          
    817         //Data 
    818         Wave nf.Q = qvals 
    819         nf.unitsQ = "1/A" 
    820         Wave nf.I = inten 
    821         nf.unitsI = "1/cm" 
    822         Wave nf.Idev = sig 
    823         nf.unitsIdev = "1/cm" 
    824         Wave nf.Qdev = sigmaq 
    825         nf.unitsQdev = "1/A" 
    826         Wave nf.Qmean = qbar 
    827         nf.unitsQmean = "1/A" 
    828         Wave nf.Shadowfactor = fSubS 
    829         nf.unitsShadowfactor = "none" 
    830          
    831          
    832         //write out the standard header information 
    833         //fprintf refnum,"FILE: %s\t\t CREATED: %s\r\n",textw[0],textw[1] 
    834          
    835         //AJJ to fix with sensible values 
    836         nf.run = "Test" 
    837         String acct = textw[3] 
    838         nf.nameSASinstrument = acct[1,3] 
    839         nf.SASnote = "" 
    840         // 
    841         nf.sample_ID = textw[6] 
    842         nf.title = textw[6] 
    843         nf.radiation = "neutron" 
    844         nf.wavelength = rw[26] 
    845         nf.unitswavelength = "A" 
    846         nf.offset_angle = rw[19] 
    847         nf.unitsoffset_angle = "cm" 
    848         nf.SDD = rw[18] 
    849         nf.unitsSDD = "m" 
    850         nf.sample_transmission = rw[4] 
    851         nf.sample_thickness = rw[5] 
    852         nf.unitssample_thickness = "mm" 
    853          
    854         nf.beamcenter_X = rw[16]   
    855         nf.beamcenter_Y = rw[17] 
    856         nf.unitsbeamcenter_X = "pixels" 
    857         nf.unitsbeamcenter_Y = "pixels" 
    858         nf.source_aperture = rw[23] 
    859         nf.typesource_aperture = "pinhole" 
    860         nf.unitssource_aperture = "mm" 
    861         nf.sample_aperture = rw[24] 
    862         nf.typesample_aperture = "pinhole" 
    863         nf.unitssample_aperture = "mm" 
    864         //nf.collimation_length = total length - rw[25] 
    865         nf.wavelength_spread = rw[27] 
    866         nf.unitswavelength_spread = "percent" 
    867         //Do something with beamstop (rw[21]) 
    868         nf.detector_name = textW[9] 
    869 //      fprintf refnum,"MON CNT   LAMBDA   DET ANG   DET DIST   TRANS   THICK   AVE   STEP\r\n" 
    870 //      fprintf refnum,hdrStr1 
    871  
    872 //      fprintf refnum,"BCENT(X,Y)   A1(mm)   A2(mm)   A1A2DIST(m)   DL/L   BSTOP(mm)   DET_TYP \r\n" 
    873 //      fprintf refnum,hdrStr2 
    874  
    875         //insert protocol information here 
    876         //-1 list of sample files 
    877         //0 - bkg 
    878         //1 - emp 
    879         //2 - div 
    880         //3 - mask 
    881         //4 - abs params c2-c5 
    882         //5 - average params 
    883         nf.SASprocessnote =  "SAM: "+samFiles+"\n" 
    884         nf.SASprocessnote += "BGD: "+proto[0]+"\n" 
    885         nf.SASprocessnote += "EMP: "+Proto[1]+"\n" 
    886         nf.SASprocessnote += "DIV: "+Proto[2]+"\n" 
    887         nf.SASprocessnote += "MASK: "+Proto[3]+"\n" 
    888         nf.SASprocessnote += "ABS Parameters (3-6): "+Proto[4]+"\n" 
    889         nf.SASprocessnote += "Average Choices: "+Proto[5]+"\n" 
    890          
    891         nf.nameSASProcess = "NIST IGOR" 
    892  
    893         //Close refnum 
    894          
    895         writeNISTXML(fullpath, nf) 
    896          
    897         SetDataFolder root:             //(redundant) 
    898          
    899         //write confirmation of write operation to history area 
    900         Print "Averaged XML File written: ", GetFileNameFromPathNoSemi(fullPath) 
    901         KillWaves/Z tempShortProto 
    902         Return(0) 
    903 End 
    904  
    905 Function WriteNSORTedXMLFile(qw,iw,sw,firstFileName,secondFileName,thirdFileName,normTo,norm12,norm23,[res]) 
    906         Wave qw,iw,sw,res 
    907         String firstFileName,secondFileName,thirdFileName,normTo 
    908         Variable norm12,norm23 
    909  
    910         Variable err=0,refNum,numCols,dialog=1 
    911         String fullPath="",formatStr="",str2 
    912         //check each wave - else REALLY FATAL error when writing file 
    913         If(!(WaveExists(qw))) 
    914                 err = 1 
    915                 return err 
    916         Endif 
    917         If(!(WaveExists(iw))) 
    918                 err = 1 
    919                 return err 
    920         Endif 
    921         If(!(WaveExists(sw))) 
    922                 err = 1 
    923                 return err 
    924         Endif 
    925          
    926         if(WaveExists(res)) 
    927                 numCols = 6 
    928         else 
    929                 numCols = 3 
    930         endif 
    931          
    932 // 05SEP05 SRK -- added to automatically combine files from a table - see the end of NSORT.ipf for details 
    933 // - use the flag set in DoCombineFiles() to decide if the table entries should be used 
    934 //Ê Êroot:myGlobals:CombineTable:useTable= (1) (0) 
    935 //if(exists("root:myGlobals:CombineTable:SaveName")) 
    936         NVAR/Z useTable = root:myGlobals:CombineTable:useTable 
    937         if(NVAR_Exists(useTable) && useTable==1) 
    938                 SVAR str=root:myGlobals:CombineTable:SaveNameStr        //messy, but pass in as a global 
    939                 fullPath = str 
    940 //              str2 = "Is the file name "+str+" correct?" 
    941 //              DoAlert 1,str2 
    942 //              if(V_flag==1) 
    943                         dialog=0                //bypass the dialog if the name is good (assumed, since DoAlert is bypassed) 
    944 //              endif 
    945         endif 
    946  
    947         if(dialog) 
    948                 PathInfo/S catPathName 
    949                 fullPath = DoSaveFileDialog("Save XML data as",fname="",suffix=".ABSx")         //won't actually open the file 
    950                 If(cmpstr(fullPath,"")==0) 
    951                         //user cancel, don't write out a file 
    952                         Close/A 
    953                         Abort "no data file was written" 
    954                 Endif 
    955                 //Print "dialog fullpath = ",fullpath 
    956         Endif 
    957  
    958         Struct NISTxmlfile nf 
    959          
    960         //Data 
    961         Wave nf.Q = qw 
    962         nf.unitsQ = "1/A" 
    963         Wave nf.I = iw 
    964         nf.unitsI = "1/cm" 
    965         Wave nf.Idev = sw 
    966         nf.unitsIdev = "1/cm" 
    967  
    968         //write out the standard header information 
    969         //fprintf refnum,"FILE: %s\t\t CREATED: %s\r\n",textw[0],textw[1] 
    970          
    971         //AJJ to fix with sensible values 
    972         nf.run = "" 
    973         nf.nameSASinstrument = "NIST IGOR" 
    974         nf.SASnote = "" 
    975         // 
    976         nf.sample_ID = ParseFilePath(3, fullPath, ":", 0, 0) 
    977         nf.title = ParseFilePath(3, fullPath, ":", 0, 0) 
    978         nf.radiation = "neutron" 
    979         //Do something with beamstop (rw[21]) 
    980         nf.detector_name = "NSORTed Data"        
    981         nf.nameSASProcess = "NIST IGOR" 
    982          
    983         nf.sasProcessNote = "COMBINED FILE CREATED: "+date()+"\n" 
    984         nf.sasProcessNote += "NSORT-ed : " +firstFileName+";"+secondFileName+";"+thirdFileName+"\n" 
    985         nf.sasProcessNote += "normalized to  "+normTo+"\n" 
    986         fprintf refNum, "multiplicative factor 1-2 = "+num2str(norm12)+" multiplicative factor 2-3 = "+num2str(norm23)+"\n" 
    987  
    988         if (numCols == 3) 
    989                 writeNISTXML(fullpath,nf) 
    990         elseif (numCols == 6) 
    991                 Make/O/N=(dimsize(res,0)) sigq = res[p][0] 
    992                 Make/O/N=(dimsize(res,0)) qbar = res[p][1] 
    993                 Make/O/N=(dimsize(res,0)) fs = res[p][2] 
    994          
    995                 Wave nf.Qdev = sigQ 
    996                 nf.unitsQdev = "1/A" 
    997                 Wave nf.Qmean = qbar 
    998                 nf.unitsQmean = "1/A" 
    999                 Wave nf.Shadowfactor = fs 
    1000                 nf.unitsShadowfactor = "none" 
    1001          
    1002                 writeNISTXML(fullpath,nf) 
    1003          
    1004                 Killwaves/Z sigq,qbar,fs 
    1005         endif 
    1006  
    1007         Return err 
    1008 End 
    1009  
    1010  
    1011  
    1012 /// See WriteModelData_v40.ipf for 6 column equivalent 
    1013 // 
    1014 // will abort if resolution wave is missing 
    1015 // switches for USANS data if the proper global is found, otheriwse treats as SANS data 
    1016 // 
    1017 Function ReWrite1DXMLData(folderStr) 
    1018         String folderStr 
    1019  
    1020         String fullpath="" 
    1021         Variable dialog=1 
    1022         String dataSetFolderParent,basestr,fullBase 
    1023          
    1024         Struct NISTXMLfile nf 
    1025  
    1026         //Abuse ParseFilePath to get path without folder name 
    1027         dataSetFolderParent = ParseFilePath(1,folderStr,":",1,0) 
    1028         //Abuse ParseFilePath to get basestr 
    1029         basestr = ParseFilePath(0,folderStr,":",1,0) 
    1030  
    1031         SetDataFolder $(dataSetFolderParent+basestr) 
    1032         WAVE/Z qw = $(baseStr+"_q") 
    1033         WAVE/Z iw = $(baseStr+"_i") 
    1034         WAVE/Z sw = $(baseStr+"_s") 
    1035         WAVE/Z resw = $(baseStr+"_res") 
    1036          
    1037         if(WaveExists(qw) == 0) 
    1038                 Abort "q is missing" 
    1039         endif 
    1040         if(WaveExists(iw) == 0) 
    1041                 Abort "i is missing" 
    1042         endif 
    1043         if(WaveExists(sw) == 0) 
    1044                 Abort "s is missing" 
    1045         endif 
    1046         if(WaveExists(resw) == 0) 
    1047                 Abort "Resolution information is missing." 
    1048         endif 
    1049          
    1050          
    1051         // if (USANS) 
    1052         // else (SANS is assumed) 
    1053         // endif 
    1054         NVAR/Z dQv = USANS_dQv          // in current DF 
    1055         if (NVAR_Exists(dQv)) 
    1056                 //USANS data, proceed 
    1057                 //Use the evil extra column for the resolution "information". Should probably switch to using slit_length in collimation. 
    1058                 Duplicate/O qw,dumWave 
    1059                 dumWave = dQv                   //written out as a positive value, since the column is identified by its label, dQl 
    1060                  
    1061                 //Data 
    1062                 Wave nf.Q = qw 
    1063                 nf.unitsQ = "1/A" 
    1064                 Wave nf.I = iw 
    1065                 nf.unitsI = "1/cm" 
    1066                 Wave nf.Idev = sw 
    1067                 nf.unitsIdev = "1/cm" 
    1068                 // for slit-smeared USANS, set only a 4th column to  -dQv 
    1069                 Wave nf.dQl = dumWave 
    1070                 nf.unitsdQl= "1/A" 
    1071          
    1072                 //AJJ to fix with sensible values 
    1073                 nf.run = "" 
    1074                 nf.nameSASinstrument = "NIST IGOR Procedures" 
    1075                 nf.SASnote = "" 
    1076                 // 
    1077                 nf.sample_ID = baseStr 
    1078                 nf.title = baseStr 
    1079                 nf.radiation = "neutron" 
    1080                 //Do something with beamstop (rw[21]) 
    1081                 nf.detector_name = "Re-written USANS data" 
    1082          
    1083                 nf.SASprocessnote =  "Modified data written from folder "+baseStr+" on "+(date()+" "+time()) 
    1084                  
    1085                 nf.nameSASProcess = "NIST IGOR" 
    1086                  
    1087         else 
    1088                 //assume SANS data 
    1089                 Duplicate/O qw qbar,sigQ,fs 
    1090                 sigq = resw[p][0] 
    1091                 qbar = resw[p][1] 
    1092                 fs = resw[p][2] 
    1093          
    1094                          
    1095                 //Data 
    1096                 Wave nf.Q = qw 
    1097                 nf.unitsQ = "1/A" 
    1098                 Wave nf.I = iw 
    1099                 nf.unitsI = "1/cm" 
    1100                 Wave nf.Idev = sw 
    1101                 nf.unitsIdev = "1/cm" 
    1102                 Wave nf.Qdev = sigQ 
    1103                 nf.unitsQdev = "1/A" 
    1104                 Wave nf.Qmean = qbar 
    1105                 nf.unitsQmean = "1/A" 
    1106                 Wave nf.Shadowfactor = fs 
    1107                 nf.unitsShadowfactor = "none" 
    1108                  
    1109                  
    1110                 //write out the standard header information 
    1111                 //fprintf refnum,"FILE: %s\t\t CREATED: %s\r\n",textw[0],textw[1] 
    1112                  
    1113                 //AJJ to fix with sensible values 
    1114                 nf.run = "" 
    1115                 nf.nameSASinstrument = "NIST IGOR Procedures" 
    1116                 nf.SASnote = "" 
    1117                 // 
    1118                 nf.sample_ID = baseStr 
    1119                 nf.title = baseStr 
    1120                 nf.radiation = "neutron" 
    1121                 //Do something with beamstop (rw[21]) 
    1122                 nf.detector_name = "Re-written data" 
    1123          
    1124                 nf.SASprocessnote =  "Modified data written from folder "+baseStr+" on "+(date()+" "+time()) 
    1125                  
    1126                 nf.nameSASProcess = "NIST IGOR" 
    1127  
    1128         endif 
    1129  
    1130          
    1131         if(dialog) 
    1132                 PathInfo/S catPathName 
    1133                 fullPath = DoSaveFileDialog("Save data as",fname=baseStr+".xml") 
    1134                 If(cmpstr(fullPath,"")==0) 
    1135                         //user cancel, don't write out a file 
    1136                         Close/A 
    1137                         Abort "no data file was written" 
    1138                 Endif 
    1139                 //Print "dialog fullpath = ",fullpath 
    1140         Endif 
    1141          
    1142          
    1143         writeNISTXML(fullpath,nf) 
    1144         //write confirmation of write operation to history area 
    1145         Print "XML File written: ", GetFileNameFromPathNoSemi(fullPath) 
    1146         KillWaves/Z tempShortProto 
    1147          
    1148         SetDataFolder root: 
    1149  
    1150         Return(0) 
    1151 End 
    1152  
    1153  
    1154  
    1155  
    1156 #else   // if( Exists("XmlOpenFile") ) 
    1157         // No XMLutils XOP: provide dummy function so that IgorPro can compile dependent support code 
    1158         FUNCTION LoadNISTXMLData(fileName,doPlot) 
    1159             String fileName 
    1160             Variable doPlot 
    1161             Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
    1162             RETURN(-6) 
    1163         END 
    1164          
    1165  
    1166         Function writeNISTXML(fileName, NISTfile) 
    1167                 String fileName, NISTfile 
    1168                 Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
    1169                 RETURN(-6) 
    1170         End 
    1171          
    1172         Function WriteXMLWaves_W_Protocol(type,fullpath,dialog) 
    1173                 String type,fullpath 
    1174                 Variable dialog         //=1 will present dialog for name 
    1175          
    1176             Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
    1177                 return(-6) 
    1178         end 
    1179          
    1180         Function WriteNSORTedXMLFile(q3,i3,sig3,firstFileName,secondFileName,thirdFileName,normTo,norm12,norm23,[res]) 
    1181                 Wave q3,i3,sig3,res 
    1182                 String firstFileName,secondFileName,thirdFileName,normTo 
    1183                 Variable norm12,norm23 
    1184  
    1185                  Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
    1186                 return(-6) 
    1187         End 
    1188  
    1189         Function ReWrite1DXMLData(folderStr) 
    1190                 String folderStr 
    1191          
    1192                  Abort  "XML function provided by XMLutils XOP is not available, get the XOP from : http://www.igorexchange.com/project/XMLutils (see http://www.smallangles.net/wgwiki/index.php/cansas1d_binding_IgorPro for details)" 
    1193                 return(-6) 
    1194         end 
    1195 #endif 
    1196  
    11971230        // if( Exists("XmlOpenFile")  
    11981231//Needed to test whether file is XML. The load routine will then either give an error if XMLutils is not present or load the file if it is. 
    1199 function isXML(filestr) 
     1232Function isXML(filestr) 
    12001233        String filestr 
    12011234         
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.