Changeset 979 for sans/Dev


Ignore:
Timestamp:
Feb 10, 2016 3:19:54 PM (7 years ago)
Author:
srkline
Message:

more additions to start the work file flow of converting RAW folder to a WORK folder. Raw_to_Work will be the function that sequentially applies the corrections. All corrections can be turned on/off with preferences.

Location:
sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS
Files:
1 added
11 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/Nexus_VSANS_Write.ipf

    r963 r979  
    202202 
    203203////////////// fake DIV file tests 
    204  
     204// 
    205205// 
    206206//      Make/O/T/N=1    file_name       = "VSANS_DIV_test.h5" 
    … …  
    209209// file header. nothing more is needed (possibly) 
    210210// 
    211 // TODO -- I want to re-visit the propagation of errors in the DIV file. No errors are ever calculated/saved  
     211// TODO -- I want to re-visit the propogation of errors in the DIV file. No errors are ever calculated/saved  
    212212//   during the generation of the file, but there's no reason it couldn't. the idea is that the plex 
    213213//   is counted so long that the errors are insignificant compared to the data errors, but that may not 
    … …  
    215215// 
    216216// 
    217 // 
    218217// TODO -- make the number of pixels GLOBAL 
    219218// 
    … …  
    222221        NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file            
    223222 
    224         NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1             
    225                 Make/O/T/N=1    title   = "title of entry1" 
     223        NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry      
     224                Make/O/T/N=1    title   = "This is a fake DIV file for VSANS" 
    226225                Make/O/T/N=1    start_date      = "2015-02-28T08:15:30-5:00" 
    227                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:instrument          
    228                         Make/O/T/N=1    name    = "NGB30mSANS" 
    229                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:data_B              
    230                         Make/O/I/N=(320,320)    data    = trunc(abs(gnoise(p+q))) 
     226                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:instrument           
     227                        Make/O/T/N=1    name    = "NG3_VSANS" 
     228                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:data_B               
     229                        Make/O/D/N=(320,320)    data    = abs(gnoise(p+q)) 
    231230                        Make/O/D/N=(320,320)    error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
    232                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:data_MR             
    233                         Make/O/I/N=(48,256)     data    = trunc(abs(gnoise(p+q))) 
    234                         Make/O/D/N=(48,256)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
    235                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:data_ML             
    236                         Make/O/I/N=(48,256)     data    = trunc(abs(gnoise(p+q))) 
    237                         Make/O/D/N=(48,256)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
    238                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:data_MT             
    239                         Make/O/I/N=(128,48)     data    = trunc(abs(gnoise(p+q))) 
    240                         Make/O/D/N=(128,48)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
    241                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:data_MB             
    242                         Make/O/I/N=(128,48)     data    = trunc(abs(gnoise(p+q))) 
    243                         Make/O/D/N=(128,48)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
    244                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:data_FR             
    245                         Make/O/I/N=(48,256)     data    = trunc(abs(gnoise(p+q))) 
    246                         Make/O/D/N=(48,256)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
    247                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:data_FL             
    248                         Make/O/I/N=(48,256)     data    = trunc(abs(gnoise(p+q))) 
    249                         Make/O/D/N=(48,256)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
    250                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:data_FT             
    251                         Make/O/I/N=(128,48)     data    = trunc(abs(gnoise(p+q))) 
    252                         Make/O/D/N=(128,48)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
    253                 NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry1:data_FB             
    254                         Make/O/I/N=(128,48)     data    = trunc(abs(gnoise(p+q))) 
     231                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:data_MR              
     232                        Make/O/D/N=(48,256)     data    = abs(gnoise(p+q)) 
     233                        Make/O/D/N=(48,256)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
     234                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:data_ML              
     235                        Make/O/D/N=(48,256)     data    = abs(gnoise(p+q)) 
     236                        Make/O/D/N=(48,256)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
     237                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:data_MT              
     238                        Make/O/D/N=(128,48)     data    = abs(gnoise(p+q)) 
     239                        Make/O/D/N=(128,48)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
     240                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:data_MB              
     241                        Make/O/D/N=(128,48)     data    = abs(gnoise(p+q)) 
     242                        Make/O/D/N=(128,48)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
     243                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:data_FR              
     244                        Make/O/D/N=(48,256)     data    = abs(gnoise(p+q)) 
     245                        Make/O/D/N=(48,256)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
     246                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:data_FL              
     247                        Make/O/D/N=(48,256)     data    = abs(gnoise(p+q)) 
     248                        Make/O/D/N=(48,256)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
     249                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:data_FT              
     250                        Make/O/D/N=(128,48)     data    = abs(gnoise(p+q)) 
     251                        Make/O/D/N=(128,48)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
     252                NewDataFolder/O/S root:VSANS_DIV_file:entry:data_FB              
     253                        Make/O/D/N=(128,48)     data    = abs(gnoise(p+q)) 
    255254                        Make/O/D/N=(128,48)     error   = 0.01*abs(gnoise(p+q)) 
    256255                         

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/VC_VCALCPanel_MockUp.ipf

    r978 r979  
    692692         
    693693// detector resolution (xy for each bank!) 
    694         Variable/G gMiddle_L_pixelX = 0.8       4               // (cm)         these tubes are vertical 
     694        Variable/G gMiddle_L_pixelX = 0.84              // (cm)         these tubes are vertical 
    695695        Variable/G gMiddle_L_pixelY = 0.8               // (cm) 
    696         Variable/G gMiddle_R_pixelX = 0.8       4               // (cm) 
     696        Variable/G gMiddle_R_pixelX = 0.84              // (cm) 
    697697        Variable/G gMiddle_R_pixelY = 0.8               // (cm) 
    698698         
    … …  
    700700        Variable/G gMiddle_T_pixelY = 0.84                      // (cm) 
    701701        Variable/G gMiddle_B_pixelX = 0.4                       // (cm) 
    702         Variable/G gMiddle_B_pixelY = 0.8       4               // (cm) 
     702        Variable/G gMiddle_B_pixelY = 0.84              // (cm) 
    703703 
    704704// number of pixels in each bank (this can be modified at acquisition time, so it must be adjustable here) 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/VSANS_Includes.ipf

    r975 r979  
    3131// for fitting data to generate tube corrections 
    3232#include "V_TubeAdjustments" 
     33#include "V_DetectorCorrections" 
    3334 
    3435// for ISO time in Nexus files 
    … …  
    4950// start of raw data display panel 
    5051#include "V_Test_RAW_Panel"             // rename this later when it's done 
    51 //#include "V_WorkFileUtils"            // not ready to add yet 
     52#include "V_Utilities_General"          // 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_DetectorCorrections.ipf

    r975 r979  
    11#pragma rtGlobals=3             // Use modern global access method and strict wave access. 
    2  
    3  
     2#pragma version=1.0 
     3#pragma IgorVersion=6.1 
     4 
     5 
     6 
     7// 
    48// functions to apply corrections to the detector panels 
    5  
     9// 
     10// these are meant to be called by the procedures that convert "raw" data to  
     11// "adjusted" or corrected data sets 
     12// 
    613// may be relocated in the future 
    7  
     14// 
    815 
    916 
    … …  
    2835// -- calculate + return the error contribution? 
    2936// 
    30 Function DeadTimeCorrectionTubes(dataW,dtW,orientation,ctTime) 
    31         Wave dataW,dtW 
     37Function DeadTimeCorrectionTubes(dataW,data_errW,dtW,ctTime) 
     38        Wave dataW,data_errW,dtW 
     39        Variable ctTime 
     40         
     41        // do I count on the orientation as an input, or do I just figure it out on my own? 
    3242        String orientation 
    33         Variable ctTime 
    34          
    35         // do I count on the orientation as an input, or do I just figure it out on my own? 
     43        Variable dimX,dimY 
     44        dimX = DimSize(dataW,0) 
     45        dimY = DimSize(dataw,1) 
     46        if(dimX > dimY) 
     47                orientation = "horizontal" 
     48        else 
     49                orientation = "vertical" 
     50        endif 
    3651         
    3752        // sum the counts in each tube and divide by time for total cr per tube 
    … …  
    6580///// 
    6681// 
    67 // 
    6882// non-linear corrections to the tube pixels 
    6983// - returns the distance in mm (although this may change) 
    70 // 
    7184// 
    7285// c0,c1,c2,pix 
    … …  
    8598        return(dist) 
    8699End 
    87  
     100// 
    88101//// 
     102 
     103 
     104 
     105 
     106 
     107//////////// 
     108// TODO: all of below is untested code 
     109//   copied from SANS 
     110// 
     111// 
     112// TODO :  
     113//   -- DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     114// 
     115//performs solid angle and non-linear detector corrections to raw data as it is "added" to a work folder 
     116//function is called by Raw_to_work() and Add_raw_to_work() functions 
     117//works on the actual data array, assumes that is is already on LINEAR scale 
     118// 
     119Function DetCorr(data,data_err,realsread,doEfficiency,doTrans) 
     120        Wave data,data_err,realsread 
     121        Variable doEfficiency,doTrans 
     122 
     123        DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     124         
     125        Variable xcenter,ycenter,x0,y0,sx,sx3,sy,sy3,xx0,yy0 
     126        Variable ii,jj,dtdist,dtdis2 
     127        Variable xi,xd,yd,rad,ratio,domega,xy 
     128        Variable lambda,trans,trans_err,lat_err,tmp_err,lat_corr 
     129         
     130//      Print "...doing jacobian and non-linear corrections" 
     131 
     132        NVAR pixelsX = root:myGlobals:gNPixelsX 
     133        NVAR pixelsY = root:myGlobals:gNPixelsY 
     134         
     135        //set up values to send to auxiliary trig functions 
     136        xcenter = pixelsX/2 + 0.5               // == 64.5 for 128x128 Ordela 
     137        ycenter = pixelsY/2 + 0.5               // == 64.5 for 128x128 Ordela 
     138 
     139        x0 = realsread[16] 
     140        y0 = realsread[17] 
     141        sx = realsread[10] 
     142        sx3 = realsread[11] 
     143        sy = realsread[13] 
     144        sy3 = realsread[14] 
     145         
     146        dtdist = 1000*realsread[18]     //sdd in mm 
     147        dtdis2 = dtdist^2 
     148         
     149        lambda = realsRead[26] 
     150        trans = RealsRead[4] 
     151        trans_err = RealsRead[41]               //new, March 2011 
     152         
     153 
     154        //waves to contain repeated function calls 
     155        Make/O/N=(pixelsX) fyy,xx,yy            //Assumes square detector !!! 
     156        ii=0 
     157        do 
     158                xi = ii 
     159//              fyy[ii] = dc_fy(ii+1,sy,sy3,ycenter) 
     160//              xx[ii] = dc_fxn(ii+1,sx,sx3,xcenter) 
     161//              yy[ii] = dc_fym(ii+1,sy,sy3,ycenter) 
     162                ii+=1 
     163        while(ii<pixelsX) 
     164         
     165        Make/O/N=(pixelsX,pixelsY) SolidAngle           // testing only 
     166         
     167        ii=0 
     168        do 
     169                xi = ii 
     170//              xd = dc_fx(ii+1,sx,sx3,xcenter)-xx0 
     171                jj=0 
     172                do 
     173                        yd = fyy[jj]-yy0 
     174                        //rad is the distance of pixel ij from the sample 
     175                        //domega is the ratio of the solid angle of pixel ij versus center pixel 
     176                        // product xy = 1 for a detector with a linear spatial response (modern Ordela) 
     177                        // solid angle calculated, dW^3 >=1, so multiply data to raise measured values to correct values. 
     178                        rad = sqrt(dtdis2 + xd^2 + yd^2) 
     179                        domega = rad/dtdist 
     180                        ratio = domega^3 
     181                        xy = xx[ii]*yy[jj] 
     182                         
     183                        data[ii][jj] *= xy*ratio 
     184                         
     185                        solidAngle[ii][jj] = xy*ratio           //testing only   
     186                        data_err[ii][jj] *= xy*ratio                    //error propagation assumes that SA and Jacobian are exact, so simply scale error 
     187                         
     188                         
     189                        // correction factor for detector efficiency JBG memo det_eff_cor2.doc 3/20/07 
     190                        // correction inserted 11/2007 SRK 
     191                        // large angle detector efficiency is >= 1 and will "bump up" the measured value at the highest angles 
     192                        // so divide here to get the correct answer (5/22/08 SRK) 
     193                        if(doEfficiency) 
     194                                data[ii][jj] /= DetEffCorr(lambda,dtdist,xd,yd) 
     195                                data_err[ii][jj] /= DetEffCorr(lambda,dtdist,xd,yd) 
     196//                              solidAngle[ii][jj] /= DetEffCorr(lambda,dtdist,xd,yd)           //testing only 
     197                        endif 
     198                         
     199                        // large angle transmission calculation is <= 1 and will "bump down" the measured value at the highest angles 
     200                        // so divide here to get the correct answer 
     201                        if(doTrans) 
     202                         
     203                                if(trans<0.1 && ii==0 && jj==0) 
     204                                        Print "***transmission is less than 0.1*** and is a significant correction" 
     205                                endif 
     206                                 
     207                                if(trans==0) 
     208                                        if(ii==0 && jj==0) 
     209                                                Print "***transmission is ZERO*** and has been reset to 1.0 for the averaging calculation" 
     210                                        endif 
     211                                        trans = 1 
     212                                endif 
     213                                 
     214                                // pass in the transmission error, and the error in the correction is returned as the last parameter 
     215                                lat_corr = LargeAngleTransmissionCorr(trans,dtdist,xd,yd,trans_err,lat_err)             //moved from 1D avg SRK 11/2007 
     216                                data[ii][jj] /= lat_corr                        //divide by the correction factor 
     217                                // 
     218                                // 
     219                                // 
     220                                // relative errors add in quadrature 
     221                                tmp_err = (data_err[ii][jj]/lat_corr)^2 + (lat_err/lat_corr)^2*data[ii][jj]*data[ii][jj]/lat_corr^2 
     222                                tmp_err = sqrt(tmp_err) 
     223                                 
     224                                data_err[ii][jj] = tmp_err 
     225                                 
     226//                              solidAngle[ii][jj] = lat_err 
     227 
     228                                 
     229                                //solidAngle[ii][jj] = LargeAngleTransmissionCorr(trans,dtdist,xd,yd)           //testing only 
     230                        endif 
     231                         
     232                        jj+=1 
     233                while(jj<pixelsX) 
     234                ii+=1 
     235        while(ii<pixelsX) 
     236         
     237        //clean up waves 
     238         
     239        Return(0) 
     240End 
     241 
     242 
     243 
     244//distances passed in are in mm 
     245// dtdist is SDD 
     246// xd and yd are distances from the beam center to the current pixel 
     247// 
     248// TODO: 
     249//   --         DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     250// 
     251Function DetEffCorr(lambda,dtdist,xd,yd) 
     252        Variable lambda,dtdist,xd,yd 
     253 
     254        DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     255         
     256        Variable theta,cosT,ff,stAl,stHe 
     257         
     258        theta = atan( (sqrt(xd^2 + yd^2))/dtdist ) 
     259        cosT = cos(theta) 
     260         
     261        stAl = 0.00967*lambda*0.8               //dimensionless, constants from JGB memo 
     262        stHe = 0.146*lambda*2.5 
     263         
     264        ff = exp(-stAl/cosT)*(1-exp(-stHe/cosT)) / ( exp(-stAl)*(1-exp(-stHe)) ) 
     265                 
     266        return(ff) 
     267End 
     268 
     269// DIVIDE the intensity by this correction to get the right answer 
     270// TODO: 
     271//   --         DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     272// 
     273// 
     274Function LargeAngleTransmissionCorr(trans,dtdist,xd,yd,trans_err,err) 
     275        Variable trans,dtdist,xd,yd,trans_err,&err 
     276 
     277        DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     278         
     279        //angle dependent transmission correction  
     280        Variable uval,arg,cos_th,correction,theta 
     281         
     282        ////this section is the trans_correct() VAX routine 
     283//      if(trans<0.1) 
     284//              Print "***transmission is less than 0.1*** and is a significant correction" 
     285//      endif 
     286//      if(trans==0) 
     287//              Print "***transmission is ZERO*** and has been reset to 1.0 for the averaging calculation" 
     288//              trans = 1 
     289//      endif 
     290         
     291        theta = atan( (sqrt(xd^2 + yd^2))/dtdist )              //theta at the input pixel 
     292         
     293        //optical thickness 
     294        uval = -ln(trans)               //use natural logarithm 
     295        cos_th = cos(theta) 
     296        arg = (1-cos_th)/cos_th 
     297         
     298        // a Taylor series around uval*arg=0 only needs about 4 terms for very good accuracy 
     299        //                      correction= 1 - 0.5*uval*arg + (uval*arg)^2/6 - (uval*arg)^3/24 + (uval*arg)^4/120 
     300        // OR 
     301        if((uval<0.01) || (cos_th>0.99))         
     302                //small arg, approx correction 
     303                correction= 1-0.5*uval*arg 
     304        else 
     305                //large arg, exact correction 
     306                correction = (1-exp(-uval*arg))/(uval*arg) 
     307        endif 
     308 
     309        Variable tmp 
     310         
     311        if(trans == 1) 
     312                err = 0         //no correction, no error 
     313        else 
     314                //sigT, calculated from the Taylor expansion 
     315                tmp = (1/trans)*(arg/2-arg^2/3*uval+arg^3/8*uval^2-arg^4/30*uval^3) 
     316                tmp *= tmp 
     317                tmp *= trans_err^2 
     318                tmp = sqrt(tmp)         //sigT 
     319                 
     320                err = tmp 
     321        endif 
     322         
     323//      Printf "trans error = %g\r",trans_err 
     324//      Printf "correction = %g +/- %g\r", correction, err 
     325         
     326        //end of transmission/pathlength correction 
     327 
     328        return(correction) 
     329end 
     330 
     331 
     332// 
     333// TODO: 
     334//   --         DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     335// 
     336//test procedure, not called anymore 
     337Proc AbsoluteScaling(type,c0,c1,c2,c3,c4,c5) 
     338        String type 
     339        Variable c0=1,c1=0.1,c2=0.95,c3=0.1,c4=1,c5=32.0 
     340        Prompt type,"WORK data type",popup,"CAL;COR;SAM" 
     341        Prompt c0, "Sample Transmission" 
     342        Prompt c1, "Sample Thickness (cm)" 
     343        Prompt c2, "Standard Transmission" 
     344        Prompt c3, "Standard Thickness (cm)" 
     345        Prompt c4, "I(0) from standard fit (normalized to 1E8 monitor cts)" 
     346        Prompt c5, "Standard Cross-Section (cm-1)" 
     347 
     348        Variable err 
     349        //call the function to do the math 
     350        //data from "type" will be scaled and deposited in ABS 
     351        err = Absolute_Scale(type,c0,c1,c2,c3,c4,c5) 
     352         
     353        if(err) 
     354                Abort "Error in Absolute_Scale()" 
     355        endif 
     356         
     357        //contents are always dumped to ABS 
     358        type = "ABS" 
     359         
     360        String newTitle = "WORK_"+type 
     361        DoWindow/F SANS_Data 
     362        DoWindow/T SANS_Data, newTitle 
     363        KillStrings/Z newTitle 
     364         
     365        //need to update the display with "data" from the correct dataFolder 
     366        //reset the current displaytype to "type" 
     367        String/G root:myGlobals:gDataDisplayType=Type 
     368         
     369        fRawWindowHook() 
     370         
     371End 
     372 
     373// 
     374// TODO: 
     375//   --         DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     376// 
     377//s_ is the standard 
     378//w_ is the "work" file 
     379//both are work files and should already be normalized to 10^8 monitor counts 
     380Function Absolute_Scale(type,w_trans,w_thick,s_trans,s_thick,s_izero,s_cross,kappa_err) 
     381        String type 
     382        Variable w_trans,w_thick,s_trans,s_thick,s_izero,s_cross,kappa_err 
     383 
     384        DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     385                 
     386        //convert the "type" data to absolute scale using the given standard information 
     387        //copying the "type" waves to ABS 
     388         
     389        //check for existence of data, rescale to linear if needed 
     390        String destPath 
     391        //check for "type" 
     392        if(WaveExists($("root:Packages:NIST:"+Type + ":data")) == 0) 
     393                Print "There is no work file in "+type+"--Aborting" 
     394                Return(1)               //error condition 
     395        Endif 
     396        //check for log-scaling of the "type" data and adjust if necessary 
     397        destPath = "root:Packages:NIST:"+Type 
     398        NVAR gIsLogScale = $(destPath + ":gIsLogScale") 
     399        if(gIsLogScale) 
     400                Duplicate/O $(destPath + ":linear_data") $(destPath + ":data")//back to linear scale 
     401                Variable/G $(destPath + ":gIsLogScale")=0       //the "type" data is not logscale anymore 
     402        endif 
     403         
     404        //copy "oldtype" information to ABS 
     405        //overwriting out the old contents of the ABS folder (/O option in Duplicate) 
     406        //copy over the waves data,vlegend,text,integers,reals(read) 
     407 
     408        String oldType= "root:Packages:NIST:"+type              //this is where the data to be absoluted is  
     409        //copy from current dir (type) to ABS, defined by destPath 
     410        Duplicate/O $(oldType + ":data"),$"root:Packages:NIST:ABS:data" 
     411        Duplicate/O $(oldType + ":linear_data"),$"root:Packages:NIST:ABS:linear_data" 
     412        Duplicate/O $(oldType + ":linear_data_error"),$"root:Packages:NIST:ABS:linear_data_error" 
     413//      Duplicate/O $(oldType + ":vlegend"),$"root:Packages:NIST:ABS:vlegend" 
     414        Duplicate/O $(oldType + ":textread"),$"root:Packages:NIST:ABS:textread" 
     415        Duplicate/O $(oldType + ":integersread"),$"root:Packages:NIST:ABS:integersread" 
     416        Duplicate/O $(oldType + ":realsread"),$"root:Packages:NIST:ABS:realsread" 
     417        //need to save a copy of filelist string too (from the current type folder) 
     418        SVAR oldFileList = $(oldType + ":fileList") 
     419        //need to copy filelist string too 
     420        String/G $"root:Packages:NIST:ABS:fileList" = oldFileList 
     421         
     422        //now switch to ABS folder 
     423        //make appropriate wave references 
     424        WAVE data=$"root:Packages:NIST:ABS:linear_data"                                 // these wave references point to the "type" data in ABS 
     425        WAVE data_err=$"root:Packages:NIST:ABS:linear_data_error"                                       // these wave references point to the "type" data in ABS 
     426        WAVE data_copy=$"root:Packages:NIST:ABS:data"                                   // just for display 
     427        WAVE/T textread=$"root:Packages:NIST:ABS:textread"                      //that are to be directly operated on 
     428        WAVE integersread=$"root:Packages:NIST:ABS:integersread" 
     429        WAVE realsread=$"root:Packages:NIST:ABS:realsread" 
     430        Variable/G $"root:Packages:NIST:ABS:gIsLogscale"=0                      //make new flag in ABS folder, data is linear scale 
     431         
     432        //do the actual absolute scaling here, modifying the data in ABS 
     433        Variable defmon = 1e8,w_moncount,s1,s2,s3,s4 
     434         
     435        w_moncount = realsread[0]               //monitor count in "type" 
     436        if(w_moncount == 0) 
     437                //zero monitor counts will give divide by zero --- 
     438                DoAlert 0,"Total monitor count in data file is zero. No rescaling of data" 
     439                Return(1)               //report error 
     440        Endif 
     441         
     442        //calculate scale factor 
     443        Variable scale,trans_err 
     444        s1 = defmon/realsread[0]                //[0] is monitor count (s1 should be 1) 
     445        s2 = s_thick/w_thick 
     446        s3 = s_trans/w_trans 
     447        s4 = s_cross/s_izero 
     448         
     449        // kappa comes in as s_izero, so be sure to use 1/kappa_err 
     450         
     451        data *= s1*s2*s3*s4 
     452         
     453        scale = s1*s2*s3*s4 
     454        trans_err = realsRead[41] 
     455         
     456//      print scale 
     457//      print data[0][0] 
     458         
     459        data_err = sqrt(scale^2*data_err^2 + scale^2*data^2*(kappa_err^2/s_izero^2 +trans_err^2/w_trans^2)) 
     460 
     461//      print data_err[0][0] 
     462         
     463// keep "data" in sync with linear_data  
     464        data_copy = data 
     465         
     466        //********* 15APR02 
     467        // DO NOt correct for atenuators here - the COR step already does this, putting all of the data one equal 
     468        // footing (zero atten) before doing the subtraction. 
     469        // 
     470        //Print "ABS data multiplied by  ",s1*s2*s3*s4/attenFactor 
     471         
     472        //update the ABS header information 
     473        textread[1] = date() + " " + time()             //date + time stamp 
     474         
     475        Return (0) //no error 
     476End 
     477 
     478 
     479// 
     480// TODO: 
     481//   --         DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     482// 
     483// 
     484// match the attenuation of the RAW data to the "type" data 
     485// so that they can be properly added 
     486// 
     487// are the attenuator numbers the same? if so exit 
     488// 
     489// if not, find the attenuator number for type 
     490// - find both attenuation factors 
     491// 
     492// rescale the raw data to match the ratio of the two attenuation factors 
     493// -- adjust the detector count (rw) 
     494// -- the linear data 
     495// 
     496// 
     497Function Adjust_RAW_Attenuation(type) 
     498        String type 
     499 
     500        DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     501         
     502        WAVE rw=$("root:Packages:NIST:RAW:realsread") 
     503        WAVE linear_data=$("root:Packages:NIST:RAW:linear_data") 
     504        WAVE data=$("root:Packages:NIST:RAW:data") 
     505        WAVE data_err=$("root:Packages:NIST:RAW:linear_data_error") 
     506        WAVE/T tw = $("root:Packages:NIST:RAW:textRead") 
     507         
     508        WAVE dest_reals=$("root:Packages:NIST:"+type+":realsread") 
     509 
     510        Variable dest_atten,raw_atten,tol 
     511        Variable lambda,raw_atten_err,raw_AttenFactor,dest_attenFactor,dest_atten_err 
     512        String fileStr 
     513 
     514        dest_atten = dest_reals[3] 
     515        raw_atten = rw[3] 
     516         
     517        tol = 0.1               // within 0.1 atten units is OK 
     518        if(abs(dest_atten - raw_atten) < tol ) 
     519                return(0) 
     520        endif 
     521 
     522        fileStr = tw[3] 
     523        lambda = rw[26] 
     524        // TODO access correct values 
     525        raw_AttenFactor = 1//AttenuationFactor(fileStr,lambda,raw_atten,raw_atten_err) 
     526        dest_AttenFactor = 1//AttenuationFactor(fileStr,lambda,dest_atten,dest_atten_err) 
     527                 
     528        rw[2] *= dest_AttenFactor/raw_AttenFactor 
     529        linear_data *= dest_AttenFactor/raw_AttenFactor 
     530         
     531        // to keep "data" and linear_data in sync 
     532        data = linear_data 
     533         
     534        return(0) 
     535End 
     536 
     537// 
     538// TODO: 
     539//   --         DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     540// 
     541//************************ 
     542//unused testing procedure, may not be up-to-date with other procedures 
     543//check before re-implementing 
     544// 
     545Proc DIV_a_Workfile(type) 
     546        String type 
     547        Prompt type,"WORK data type",popup,"COR;SAM;EMP;BGD" 
     548         
     549        //macro will take whatever is in SELECTED folder and DIVide it by the current 
     550        //contents of the DIV folder - the function will check for existence  
     551        //before proceeding 
     552         
     553        Variable err 
     554        err = Divide_work(type)         //returns err = 1 if data doesn't exist in specified folders 
     555         
     556        if(err) 
     557                Abort "error in Divide_work" 
     558        endif 
     559         
     560        //contents are always dumped to CAL 
     561        type = "CAL" 
     562         
     563        String newTitle = "WORK_"+type 
     564        DoWindow/F SANS_Data 
     565        DoWindow/T SANS_Data, newTitle 
     566        KillStrings/Z newTitle 
     567         
     568        //need to update the display with "data" from the correct dataFolder 
     569        //reset the current displaytype to "type" 
     570        String/G root:myGlobals:gDataDisplayType=Type 
     571         
     572        fRawWindowHook() 
     573         
     574End 
     575 
     576// 
     577// TODO: 
     578//   --         DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     579// 
     580//function will divide the contents of "type" folder with the contents of  
     581//the DIV folder 
     582// all data is converted to linear scale for the calculation 
     583// 
     584Function Divide_work(type) 
     585        String type 
     586 
     587        DoAlert 0,"This has not yet been updated for VSANS" 
     588         
     589        //check for existence of data in type and DIV 
     590        // if the desired workfile doesn't exist, let the user know, and abort 
     591        String destPath="" 
     592 
     593        if(WaveExists($("root:Packages:NIST:"+Type + ":data")) == 0) 
     594                Print "There is no work file in "+type+"--Aborting" 
     595                Return(1)               //error condition 
     596        Endif 
     597        //check for DIV 
     598        // if the DIV workfile doesn't exist, let the user know,and abort 
     599 
     600        if(WaveExists($"root:Packages:NIST:DIV:data") == 0) 
     601                Print "There is no work file in DIV --Aborting" 
     602                Return(1)               //error condition 
     603        Endif 
     604        //files exist, proceed 
     605         
     606        //check for log-scaling of the "DIV" data and adjust if necessary 
     607        // should not be needed now - using display flag instead 
     608//      ConvertFolderToLinearScale("DIV") 
     609         
     610        //copy type information to CAL, wiping out the old contents of the CAL folder first 
     611         
     612        //destPath = "root:Packages:NIST:CAL" 
     613        //SetDataFolder destPath 
     614        //KillWaves/A/Z                 //get rid of the old data in CAL folder 
     615 
     616        //check for log-scaling of the "type" data and adjust if necessary 
     617        // should not be needed now - using display flag instead 
     618//      ConvertFolderToLinearScale(type) 
     619        //then continue 
     620 
     621        //copy from current dir (type)=destPath to CAL, overwriting CAL contents 
     622        destPath = "root:Packages:NIST:" + type 
     623        Duplicate/O $(destPath + ":data"),$"root:Packages:NIST:CAL:data" 
     624        Duplicate/O $(destPath + ":linear_data"),$"root:Packages:NIST:CAL:linear_data" 
     625        Duplicate/O $(destPath + ":linear_data_error"),$"root:Packages:NIST:CAL:linear_data_error" 
     626//      Duplicate/O $(destPath + ":vlegend"),$"root:Packages:NIST:CAL:vlegend" 
     627        Duplicate/O $(destPath + ":textread"),$"root:Packages:NIST:CAL:textread" 
     628        Duplicate/O $(destPath + ":integersread"),$"root:Packages:NIST:CAL:integersread" 
     629        Duplicate/O $(destPath + ":realsread"),$"root:Packages:NIST:CAL:realsread" 
     630        //need to save a copy of filelist string too (from the current type folder) 
     631        SVAR oldFileList = $(destPath + ":fileList") 
     632 
     633        //now switch to reference waves in CAL folder 
     634        destPath = "root:Packages:NIST:CAL" 
     635        //make appropriate wave references 
     636        Wave data=$(destPath + ":linear_data")                                  // these wave references point to the data in CAL 
     637//      Wave data_err=$(destPath + ":linear_data_err")                                  // these wave references point to the data in CAL 
     638        Wave data_copy=$(destPath + ":data")                                    // these wave references point to the data in CAL 
     639        Wave/t textread=$(destPath + ":textread")                       //that are to be directly operated on 
     640        Wave integersread=$(destPath + ":integersread") 
     641        Wave realsread=$(destPath + ":realsread") 
     642        Variable/G $(destPath + ":gIsLogScale")=0                       //make new flag in CAL folder, data is linear scale 
     643        //need to copy filelist string too 
     644        String/G $(destPath + ":fileList") = oldFileList 
     645 
     646        Wave div_data = $"root:Packages:NIST:DIV:data"          //hard-wired in.... 
     647        //do the division, changing data in CAL 
     648        data /= div_data 
     649         
     650//      data_err /= div_data 
     651         
     652        // keep "data" in sync with linear_data 
     653        data_copy = data 
     654         
     655        //update CAL header 
     656        textread[1] = date() + " " + time()             //date + time stamp 
     657         
     658        Return(0) 
     659End 
     660 
     661 
     662////////////////////////// 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_HDF5_RW_Utils.ipf

    r978 r979  
    9494//              det_mt[][20] = 50 
    9595        det_MT *= 10 
     96        det_MT += 2 
    9697 
    9798                SetDataFolder root:Packages:NIST:VSANS:RAW:entry:entry:instrument:detector_MB 
    … …  
    101102                SetScale/I y -ctr,-ctr-48,"",det_MB 
    102103        det_MB *= 5 
     104        det_MB += 2 
    103105                 
    104106                ctr=30 
    … …  
    109111                SetScale/I y -npix/2,npix/2,"",det_ML 
    110112        det_ML *= 2 
    111                  
     113        det_ML += 2 
     114         
    112115                SetDataFolder root:Packages:NIST:VSANS:RAW:entry:entry:instrument:detector_MR 
    113116                Wave det_MR=data 
    … …  
    115118                SetScale/I x ctr,ctr+48,"",det_MR 
    116119                SetScale/I y -npix/2,npix/2,"",det_MR 
     120        det_MR +=2 
    117121                 
    118122                ctr=30 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_HDF5_Read.ipf

    r970 r979  
    10551055End 
    10561056 
    1057 //                      converging_slits (data folder) 
    1058 Function/S V_getConvSlitStatus(fname) 
    1059         String fname 
    1060  
    1061         String path = "entry:instrument:converging_slits:status" 
    1062         Variable num=60 
    1063         return(V_getStringFromHDF5(fname,path,num)) 
    1064 End 
    1065  
     1057//                      converging_slits (not used) 
    10661058 
    10671059////// INSTRUMENT/DETECTORS 
    … …  
    11761168// TODO -- write this function to return a WAVE with the data 
    11771169// either as a wave reference, or as an input parameter 
    1178 Function V_getDetectorData(fname,detStr,outW) 
    1179         String fname,detStr 
    1180         Wave outW 
     1170Function/WAVE V_getDetectorDataW(fname,detStr) 
     1171        String fname,detStr 
    11811172 
    11821173        String path = "entry:instrument:detector_"+detStr+":data" 
    11831174        WAVE w = V_getRealWaveFromHDF5(fname,path) 
    11841175 
    1185         outW = w 
    1186         return(0) 
    1187 End 
    1188  
     1176        return w 
     1177End 
     1178 
     1179// TODO -- write this function to return a WAVE with the data 
     1180// either as a wave reference, or as an input parameter 
     1181Function/WAVE V_getDetectorDataErrW(fname,detStr) 
     1182        String fname,detStr 
     1183 
     1184        String path = "entry:instrument:detector_"+detStr+":linear_data_error" 
     1185        WAVE w = V_getRealWaveFromHDF5(fname,path) 
     1186 
     1187        return w 
     1188End 
    11891189 
    11901190// TODO -- write this function to return a WAVE with the data 
    … …  
    11921192// ALSO -- the "B" deadtime will be a single value (probably) 
    11931193//  but the tube banks will be 1D arrays of values, one per tube 
    1194 Function V_getDetector_deadtime(fname,detStr,outW) 
    1195         String fname,detStr 
    1196         Wave outW 
     1194Function/WAVE V_getDetector_deadtime(fname,detStr) 
     1195        String fname,detStr 
    11971196 
    11981197        String path = "entry:instrument:detector_"+detStr+":dead_time" 
    11991198        WAVE w = V_getRealWaveFromHDF5(fname,path) 
    12001199 
    1201         outW = w 
    1202         return(0) 
     1200        return w 
    12031201End 
    12041202 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_HDF5_Write.ipf

    r970 r979  
    27402740        Make/O/D/N=1 wTmpWrite 
    27412741//      Make/O/R/N=1 wTmpWrite 
    2742         String groupName = "/entry/instrument/beam_monitor_norm"         
     2742        String groupName = "/entry/instrument/beam_stop"         
    27432743        String varName = "distance_to_detector" 
    27442744        wTmpWrite[0] = val 
    … …  
    29132913End 
    29142914 
    2915 //                      converging_slits (data folder) 
    2916 Function V_writeConvSlitStatus(fname,str) 
    2917         String fname,str 
    2918  
    2919 //      String path = "entry:instrument:converging_slits:status" 
    2920  
    2921         Make/O/T/N=1 tmpTW 
    2922         String groupName = "/entry/instrument/converging_slits" //       
    2923         String varName = "status" 
    2924         tmpTW[0] = str // 
    2925  
    2926         variable err 
    2927         err = V_WriteTextWaveToHDF(fname, groupName, varName, tmpTW) 
    2928         if(err) 
    2929                 Print "HDF write err = ",err 
    2930         endif 
    2931          
    2932         // now be sure to kill the data folder to force a re-read of the data next time this file is read in 
    2933         err = V_KillNamedDataFolder(fname) 
    2934         if(err) 
    2935                 Print "DataFolder kill err = ",err 
    2936         endif 
    2937                  
    2938         return(err) 
    2939 End 
     2915//                      converging_slits (not used) 
     2916 
    29402917 
    29412918 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_MainPanel.ipf

    r976 r979  
    2424        String ctrlName 
    2525         
    26         PickPath() 
     26        V_PickPath() 
    2727        // read in DEFAULT.MASK, if it exists, otherwise, do nothing 
    2828        // 
    29         PathInfo catPathName 
    30         if(V_flag==1) 
    31                 String str = S_Path + "DEFAULT.MASK" 
    32                 Variable refnum 
    33                 Open/R/Z=1 refnum as str 
    34                 if(strlen(S_filename) != 0) 
    35                         Close refnum            //file can be found OK 
    36                         ReadMCID_MASK(str) 
    37                 else 
    38                         // file not found, close just in case 
    39                         Close/A 
    40                 endif 
    41         endif 
     29//      PathInfo catPathName 
     30//      if(V_flag==1) 
     31//              String str = S_Path + "DEFAULT.MASK" 
     32//              Variable refnum 
     33//              Open/R/Z=1 refnum as str 
     34//              if(strlen(S_filename) != 0) 
     35//                      Close refnum            //file can be found OK 
     36//                      ReadMCID_MASK(str) 
     37//              else 
     38//                      // file not found, close just in case 
     39//                      Close/A 
     40//              endif 
     41//      endif 
    4242End 
    4343 
    … …  
    5555 
    5656        Variable err=   V_LoadHDF5Data("","RAW")                        // load the data into RawVSANS storage folder (why am I doing this?) 
     57        Print "Load err = "+num2str(err) 
    5758        if(!err) 
    5859                String hdfDF = root:file_name                   // last file loaded, may not be the safest way to pass 
    … …  
    301302        PauseUpdate; Silent 1           // building window... 
    302303        NewPanel /W=(500,60,924,320) /K=2 as "VSANS Reduction Controls" 
    303         ModifyPanel cbRGB=(47748,57192,54093) 
     304        ModifyPanel cbRGB=(49694,61514,27679) 
    304305        ModifyPanel fixedSize=1 
    305306////// 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_Test_RAW_Panel.ipf

    r978 r979  
    3333        String type  
    3434         
    35         DoWindow VSANS_Data 
     35        DoWindow/F VSANS_Data 
     36        Print V_flag 
    3637        if(V_flag==0) 
    3738         
    … …  
    4849        // what isn't automatically picked up? What is "stale" on the display? 
    4950        String/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gCurDispType = type 
    50         DoWindow/T VSANS_Data,type + " VSANS_Data" 
     51//      DoWindow/T VSANS_Data,type + " VSANS_Data" 
    5152end 
    5253 
    … …  
    8081        NewPanel /W=(37,45,1038,719) /N=VSANS_Data 
    8182        ShowTools/A 
    82          
     83        ModifyPanel cbRGB=(65535,60076,49151) 
     84 
    8385        String curFolder = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gCurDispType 
    8486        DoWindow/T VSANS_Data,curFolder + " VSANS_Data" 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_VSANS_Preferences.ipf

    r977 r979  
    6666         
    6767        // flags to turn detector corrections on/off for testing (you should leave these ON) 
    68         val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDetectorEffCorr", 1 ) 
    69         Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDetectorEffCorr = 1 
    70          
    71         val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTransmissionCorr", 1 ) 
    72         Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTransmissionCorr = 1 
     68        val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDetectorEffCor", 1 ) 
     69        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDetectorEffCor = 1 
     70         
     71        val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTransmissionCor", 1 ) 
     72        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTransmissionCor = 1 
     73 
     74        val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDIVCor", 1 ) 
     75        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDIVCor = 1 
     76         
     77        val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDeadTimeCor", 1 ) 
     78        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDeadTimeCor = 1 
     79 
     80        val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoSolidAngleCor", 1 ) 
     81        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoSolidAngleCor = 1 
     82 
     83        val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoNonLinearCor", 1 ) 
     84        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoNonLinearCor = 1 
     85 
     86        val = NumVarOrDefault("root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTubeShadowCor", 1 ) 
     87        Variable/G root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTubeShadowCor = 1 
     88         
     89 
    7390 
    7491// flag to allow adding raw data files with different attenuation (normally not done)    
    … …  
    141158End 
    142159 
     160Function V_DoDIVCorPref(ctrlName,checked) : CheckBoxControl 
     161        String ctrlName 
     162        Variable checked 
     163         
     164        NVAR gVal = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDIVCor 
     165        gVal = checked 
     166End 
     167 
     168Function V_DoDeadTimeCorPref(ctrlName,checked) : CheckBoxControl 
     169        String ctrlName 
     170        Variable checked 
     171         
     172        NVAR gVal = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDeadTimeCor 
     173        gVal = checked 
     174End 
     175 
     176Function V_DoSolidAngleCorPref(ctrlName,checked) : CheckBoxControl 
     177        String ctrlName 
     178        Variable checked 
     179         
     180        NVAR gVal = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoSolidAngleCor 
     181        gVal = checked 
     182End 
     183 
     184Function V_DoNonLinearCorPref(ctrlName,checked) : CheckBoxControl 
     185        String ctrlName 
     186        Variable checked 
     187         
     188        NVAR gVal = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoNonLinearCor 
     189        gVal = checked 
     190End 
     191 
     192Function V_DoTubeShadowCorPref(ctrlName,checked) : CheckBoxControl 
     193        String ctrlName 
     194        Variable checked 
     195         
     196        NVAR gVal = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTubeShadowCor 
     197        gVal = checked 
     198End 
     199 
    143200Function V_PrefDoneButtonProc(ctrlName) : ButtonControl 
    144201        String ctrlName 
    … …  
    146203        DoWindow/K VSANSPref_Panel 
    147204End 
     205 
    148206 
    149207Proc VSANSPref_Panel() 
    … …  
    151209        NewPanel /W=(646,208,1070,468)/K=2 as "VSANS Preference Panel" 
    152210        DoWindow/C VSANSPref_Panel 
    153         ModifyPanel cbRGB=(49694,61514,27679) 
     211        ModifyPanel cbRGB=(47748,57192,54093) 
    154212        SetDrawLayer UserBack 
    155213        ModifyPanel fixedSize=1 
    … …  
    161219        TabControl PrefTab,tabLabel(1)="VSANS",tabLabel(2)="Analysis" 
    162220        TabControl PrefTab,value=1 
    163         TabControl PrefTab labelBack=(49694,61514,27679) 
     221        TabControl PrefTab labelBack=(47748,57192,54093) 
    164222         
    165223//on tab(0) - General 
    … …  
    185243        SetVariable PrefCtrl_1e,pos={21,195},size={200,15},title="# Phi Steps (annular avg)" 
    186244        SetVariable PrefCtrl_1e,limits={1,360,1},value= root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gNPhiSteps 
    187         CheckBox PrefCtrl_1f title="Do Transmssion Correction?",size={140,14},value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTransmissionCorr,proc=V_DoTransCorrPref 
     245        CheckBox PrefCtrl_1f title="Do Transmssion Correction?",size={140,14},value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTransmissionCor,proc=V_DoTransCorrPref 
    188246        CheckBox PrefCtrl_1f pos={255,100},help={"TURN OFF ONLY FOR DEBUGGING. This corrects the data for angle dependent transmssion."} 
    189247        CheckBox PrefCtrl_1g title="Do Efficiency Correction?",size={140,14},proc=V_DoEfficiencyCorrPref 
    190         CheckBox PrefCtrl_1g value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDetectorEffCorr,pos={255,120},help={"TURN OFF ONLY FOR DEBUGGING. This corrects the data for angle dependent detector efficiency."} 
     248        CheckBox PrefCtrl_1g value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDetectorEffCor,pos={255,120},help={"TURN OFF ONLY FOR DEBUGGING. This corrects the data for angle dependent detector efficiency."} 
    191249//      CheckBox PrefCtrl_1h title="Adjust RAW attenuation?",size={140,14},proc=V_DoRawAttenAdjPref 
    192250//      CheckBox PrefCtrl_1h value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoAdjustRAW_Atten,pos={255,140},help={"This is normally not done"} 
    193251 
     252        CheckBox PrefCtrl_1i title="Do DIV Correction?",size={140,14},proc=V_DoDIVCorPref 
     253        CheckBox PrefCtrl_1i value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDIVCor,pos={255,140},help={"TURN OFF ONLY FOR DEBUGGING."} 
     254        CheckBox PrefCtrl_1j title="Do DeadTime Correction?",size={140,14},proc=V_DoDeadTimeCorPref 
     255        CheckBox PrefCtrl_1j value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDeadTimeCor,pos={255,160},help={"TURN OFF ONLY FOR DEBUGGING."}   
     256        CheckBox PrefCtrl_1k title="Do Solid Angle Correction?",size={140,14},proc=V_DoSolidAngleCorPref 
     257        CheckBox PrefCtrl_1k value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoSolidAngleCor,pos={255,180},help={"TURN OFF ONLY FOR DEBUGGING."} 
     258        CheckBox PrefCtrl_1l title="Do Non-linear Correction?",size={140,14},proc=V_DoNonLinearCorPref 
     259        CheckBox PrefCtrl_1l value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoNonLinearCor,pos={255,200},help={"TURN OFF ONLY FOR DEBUGGING."} 
     260        CheckBox PrefCtrl_1m title="Do Tube Shadow Correction?",size={140,14},proc=V_DoTubeShadowCorPref 
     261        CheckBox PrefCtrl_1m value=root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTubeShadowCor,pos={255,220},help={"TURN OFF ONLY FOR DEBUGGING."} 
     262         
    194263//      CheckBox PrefCtrl_1a,disable=1 
    195264//      CheckBox PrefCtrl_1b,disable=1 

  • sans/Dev/trunk/NCNR_User_Procedures/Reduction/VSANS/V_WorkFolderUtils.ipf

    r976 r979  
    11#pragma rtGlobals=3             // Use modern global access method and strict wave access. 
     2#pragma version=1.0 
     3#pragma IgorVersion=6.1 
     4 
     5//******************* 
     6// Vers 1.0 JAN2016 
     7// 
     8//******************* 
     9//  VSANS Utility procedures for handling of workfiles (each is housed in a separate datafolder) 
     10// 
     11// - adding RAW data to a workfile 
     12// -- this conversion applies the detector corrections 
     13// 
     14// - copying workfiles to another folder 
     15// 
     16// - absolute scaling 
     17// 
     18// - (no) the WorkFile Math panel for simple image math (not done - maybe in the future?) 
     19// -  
     20// - (no) adding work.drk data without normalizing to monitor counts (the case not currently handled) 
     21//*************************** 
    222 
    323// 
    … …  
    626// 
    727// 
    8  
     28Strconstant ksDetectorListNoB = "FT;FB;FL;FR;MT;MB;ML;MR;" 
     29Strconstant ksDetectorListAll = "FT;FB;FL;FR;MT;MB;ML;MR;B;" 
    930 
    1031 
    … …  
    1637        Prompt oldType,"Source WORK data type",popup,"SAM;EMP;BGD;DIV;COR;CAL;RAW;ABS;STO;SUB;DRK;" 
    1738        Prompt newType,"Destination WORK data type",popup,"SAM;EMP;BGD;DIV;COR;CAL;RAW;ABS;STO;SUB;DRK;" 
    18 //      Prompt oldType,"Source WORK data type",popup,"AAA;BBB;CCC;DDD;EEE;FFF;GGG;" 
    19 //      Prompt newType,"Destination WORK data type",popup,"AAA;BBB;CCC;DDD;EEE;FFF;GGG;" 
    20  
    21         // data folder "old" will be copied to "new" (and will overwrite) 
     39 
     40        // data folder "old" will be copied to "new" (either kills/copies or will overwrite) 
    2241        CopyHDFToWorkFolder(oldtype,newtype) 
    2342End 
    … …  
    5877         
    5978        // copy the folders 
    60         KillDataFolder/Z toDF                   //DuplicateDataFolder will not overwrite, so Kill 
     79        KillDataFolder/Z $toDF                  //DuplicateDataFolder will not overwrite, so Kill 
    6180         
    6281        if(V_flag == 0)         // kill DF was OK 
    63                 DuplicateDataFolder $fromDF,$toDF 
     82                DuplicateDataFolder $("root:Packages:NIST:VSANS:"+fromStr),$("root:Packages:NIST:VSANS:"+toStr) 
    6483                 
    6584                // I can delete these if they came along with RAW 
    … …  
    112131// 
    113132// 
    114 Proc V_CopyToWorkFolder(dataFolderStr, fromStr, toStr, level, sNBName, recurse) 
     133Proc V_CopyWorkFolderTest(dataFolderStr, fromStr, toStr, level, sNBName, recurse) 
    115134        String dataFolderStr="root:Packages:NIST:VSANS:RAW" 
    116135        String fromStr = "RAW" 
    … …  
    266285        return(0) 
    267286End 
     287 
     288 
     289 
     290 
     291 
     292///////////////////// 
     293 
     294 
     295 
     296 
     297// 
     298//Entry procedure from main panel 
     299// 
     300Proc AddFolder(oldType,newType) 
     301        String oldType,newType 
     302        Prompt oldType,"Source WORK data type",popup,"SAM;EMP;BGD;DIV;COR;CAL;RAW;ABS;STO;SUB;DRK;" 
     303        Prompt newType,"Destination WORK data type",popup,"SAM;EMP;BGD;DIV;COR;CAL;RAW;ABS;STO;SUB;DRK;" 
     304 
     305        // data folder "RAW" will be copied to "new" (either kills/copies or will overwrite) 
     306        Variable        err = Raw_to_work(newType) 
     307//      CopyHDFToWorkFolder(oldtype,newtype) 
     308End 
     309 
     310 
     311 
     312//testing procedure 
     313Proc Add_to_Workfile(newtype, doadd) 
     314        String newtype,doadd 
     315        Prompt newtype,"WORK data type",popup,"SAM;EMP;BGD;ADJ;" 
     316        Prompt doadd,"Add to current WORK contents?",popup,"No;Yes;" 
     317         
     318        //macro will take whatever is in RAW folder and "ADD" it to the folder specified 
     319        //in the popup menu 
     320         
     321        //"add" = yes/no, don't add to previous runs 
     322        //switch here - two separate functions to avoid (my) confusion 
     323        Variable err// = Raw_to_work(newtype) 
     324        if(cmpstr(doadd,"No")==0) 
     325                //don't add to prev work contents, copy RAW contents to work and convert 
     326                err = Raw_to_work(newtype) 
     327        else 
     328                //yes, add RAW to the current work folder contents 
     329                err = Add_raw_to_work(newtype) 
     330        endif 
     331         
     332        String newTitle = "WORK_"+newtype 
     333        DoWindow/F VSANS_Data 
     334        DoWindow/T VSANS_Data, newTitle 
     335        KillStrings/Z newTitle 
     336         
     337        //need to update the display with "data" from the correct dataFolder 
     338        UpdateDisplayInformation(newtype) 
     339         
     340End 
     341 
     342 
     343// 
     344//will copy the current contents of the RAW folder to the newType work folder 
     345//and do the geometric corrections and normalization to monitor counts 
     346//(the function Add_Raw_to_work(type) adds multiple runs together) 
     347// 
     348//the current display type is updated to newType (global) 
     349// 
     350Function Raw_to_work(newType) 
     351        String newType 
     352         
     353        Variable deadTime,defmon,total_mon,total_det,total_trn,total_numruns,total_rtime 
     354        Variable ii,jj,itim,cntrate,dscale,scale,uscale 
     355        String destPath 
     356         
     357        String fname = newType 
     358        String detStr 
     359        Variable ctTime 
     360 
     361        //initialize values before normalization 
     362        total_mon=0 
     363        total_det=0 
     364        total_trn=0 
     365        total_numruns=0 
     366        total_rtime=0 
     367         
     368        //Not adding multiple runs, so wipe out the old contents of the work folder and  
     369        // replace with the contents of raw 
     370 
     371        destPath = "root:Packages:NIST:VSANS:" + newType 
     372         
     373        //copy from current dir (RAW) to work, defined by newType 
     374        CopyHDFToWorkFolder("RAW",newType) 
     375         
     376        // now work with the waves from the destination folder.  
     377        Variable/G $(destPath + ":gIsLogscale")=0                       //overwite flag in newType folder, data converted (above) to linear scale 
     378//      String/G $(destPath + ":fileList") = textread[0]                        //a list of names of the files in the work file (1)             //02JUL13 
     379         
     380        // apply corrections --- 
     381        // switches to control what is done, don't do the transmission correction for the BGD measurement 
     382        // start with the DIV correction, before conversion to mm 
     383        // then do all of the other corrections, order doesn't matter. 
     384        // rescaling to default monitor counts however, must be LAST. 
     385 
     386// each correction must loop over each detector. tedious. 
     387         
     388        // (1) DIV correction 
     389        // do this in terms of pixels.  
     390        // TODO : This must also exist at the time the first work folder is generated. 
     391        //   So it must be in the user folder at the start of the experiment, and defined. 
     392        NVAR gDoDIVCor = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDIVCor 
     393        if (gDoDIVCor == 1) 
     394                // need extra check here for file existence 
     395                // if not in DIV folder, load. 
     396                // if unable to load, skip correction and report error (Alert?) 
     397                for(ii=0;ii<8;ii+=1) 
     398                        detStr = StringFromList(ii, ksDetectorListNoB, ";") 
     399                        Wave w = V_getDetectorDataW(fname,detStr) 
     400                        Wave w_err = V_getDetectorDataErrW(fname,detStr) 
     401                        Wave w_dt = V_getDetector_deadtime(fname,detStr) 
     402                        Print "Doing DIV correction for "+ detStr 
     403//                      DIVCorrection(fill this in) 
     404                         
     405                endfor 
     406        else 
     407                Print "DIV correction not done"         // not an error since correction was unchecked 
     408        endif 
     409         
     410        // (2) non-linear correction     
     411        NVAR gDoNonLinearCor = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoNonLinearCor 
     412        // generate a distance matrix for each of the detectors 
     413        if (gDoNonLinearCor == 1) 
     414                for(ii=0;ii<8;ii+=1) 
     415                        detStr = StringFromList(ii, ksDetectorListNoB, ";") 
     416                        Wave w = V_getDetectorDataW(fname,detStr) 
     417                        Wave w_err = V_getDetectorDataErrW(fname,detStr) 
     418                        Wave w_dt = V_getDetector_deadtime(fname,detStr) 
     419                        Print "Doing Non-linear correction for "+ detStr 
     420//                      NonLinearCorrection(fill this in) 
     421                         
     422                endfor 
     423        else 
     424                Print "Non-linear correction not done" 
     425        endif 
     426         
     427        // (3) solid angle correction 
     428        NVAR gDoSolidAngleCor = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoSolidAngleCor 
     429        if (gDoSolidAngleCor == 1) 
     430                for(ii=0;ii<8;ii+=1) 
     431                        detStr = StringFromList(ii, ksDetectorListNoB, ";") 
     432                        Wave w = V_getDetectorDataW(fname,detStr) 
     433                        Wave w_err = V_getDetectorDataErrW(fname,detStr) 
     434                        Wave w_dt = V_getDetector_deadtime(fname,detStr) 
     435                        Print "Doing Solid Angle correction for "+ detStr 
     436//                      SolidAngleCorrection(fill this in) 
     437                         
     438                endfor 
     439        else 
     440                Print "Solid Angle correction not done" 
     441        endif    
     442         
     443        // (4) dead time correction 
     444        // TODO: -- remove the hard-wired test 
     445        // -- test for correct operation 
     446        // -- loop over all of the detectors 
     447        // -- B detector is a special case 
     448        NVAR gDoDeadTimeCor = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDeadTimeCor 
     449        ctTime = V_getCount_time(fname) 
     450        if (gDoDeadTimeCor == 1) 
     451                for(ii=0;ii<8;ii+=1) 
     452                        detStr = StringFromList(ii, ksDetectorListNoB, ";") 
     453                        Wave w = V_getDetectorDataW(fname,detStr) 
     454                        Wave w_err = V_getDetectorDataErrW(fname,detStr) 
     455                        Wave w_dt = V_getDetector_deadtime(fname,detStr) 
     456                        Print "Doing DeadTime correction for "+ detStr 
     457//                      DeadTimeCorrectionTubes(w,w_err,w_dt,ctTime) 
     458                                //deadtime corrections 
     459//      itim = integersread[2] 
     460//      cntrate = sum(data,-inf,inf)/itim               //use sum of detector counts rather than scaler value 
     461//      //TODO - do correct dead time correction for tubes 
     462//      deadtime = 1//DetectorDeadtime(textread[3],textread[9],dateAndTimeStr=textRead[1],dtime=realsRead[48])  //pick the correct deadtime 
     463//      dscale = 1/(1-deadTime*cntrate) 
     464//       
     465         
     466// dead time correction 
     467//      data *= dscale          //deadtime correction for everyone else, including NCNR 
     468//      data_err *= dscale 
     469 
     470                endfor 
     471        else 
     472                Print "Dead Time correction not done" 
     473        endif    
     474         
     475        // (5) angle-dependent tube shadowing 
     476        NVAR gDoTubeShadowCor = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTubeShadowCor 
     477        if (gDoTubeShadowCor == 1) 
     478         
     479        else 
     480                Print "Tube shadowing correction not done" 
     481        endif    
     482                 
     483        // (6) angle dependent transmission correction 
     484        NVAR gDoTrans = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoTransmissionCor 
     485        if (gDoTrans == 1) 
     486                for(ii=0;ii<8;ii+=1) 
     487                        detStr = StringFromList(ii, ksDetectorListNoB, ";") 
     488                        Wave w = V_getDetectorDataW(fname,detStr) 
     489                        Wave w_err = V_getDetectorDataErrW(fname,detStr) 
     490                        Wave w_dt = V_getDetector_deadtime(fname,detStr) 
     491                        Print "Doing Large-angle transmission correction for "+ detStr 
     492//                      TransmissionCorrection(fill this in) 
     493                         
     494                endfor 
     495        else 
     496                Print "Sample Transmission correction not done" 
     497        endif    
     498         
     499        // (7) normalize to default monitor counts 
     500        // TODO -- each detector is rescaled separately, but the rescaling factor is global (only one monitor!) 
     501        // TODO -- but there are TWO monitors - so how to switch? 
     502        // TODO -- what do I really need to save? 
     503        defmon=1e8                      //default monitor counts 
     504        for(ii=0;ii<8;ii+=1) 
     505                detStr = StringFromList(ii, ksDetectorListNoB, ";") 
     506                Wave w = V_getDetectorDataW(fname,detStr) 
     507                Wave w_err = V_getDetectorDataErrW(fname,detStr) 
     508                Variable monCt = V_getBeamMonNormData(fname) 
     509                Print "Doing monitor normalization for "+ detStr 
     510//                      MonitorNormalization(fill this in) 
     511        //scale the data to the default montor counts 
     512                scale = defmon/monCt 
     513                w *= scale 
     514                w_err *= scale          //assumes total monitor count is so large there is essentially no error 
     515                 
     516                // V_getBeamMonNormSaved_count() 
     517                // save the true monitor counts? save the scaling factor? 
     518                String path = "entry:instrument:beam_monitor_norm:saved_count" 
     519                Wave/Z savW = $("root:Packages:NIST:VSANS:"+fname+":entry:"+path) 
     520                savW[0] = scale 
     521        endfor 
     522         
     523         
     524        // (not done) angle dependent efficiency correction 
     525        NVAR doEfficiency = root:Packages:NIST:VSANS:Globals:gDoDetectorEffCor 
     526 
     527         
     528// this function, in the past did the non-linear, solid angle, transmission, and efficiency corrections all at once 
     529//      DetCorr(data,data_err,realsread,doEfficiency,doTrans)           //the parameters are waves, and will be changed by the function 
     530 
     531 
     532         
     533        //update totals to put in the work header (at the end of the function) 
     534//      total_mon += realsread[0] 
     535// 
     536//      total_det += dscale*realsread[2] 
     537// 
     538//      total_trn += realsread[39] 
     539//      total_rtime += integersread[2] 
     540//      total_numruns +=1 
     541//       
     542 
     543        //all is done, except for the bookkeeping, updating the header information in the work folder 
     544 
     545//      integersread[3] = total_numruns                                         //numruns = 1 
     546//      realsread[1] = total_mon                        //save the true monitor count 
     547//      realsread[0] = defmon                                   //monitor ct = defmon 
     548//      realsread[2] = scale*total_det                  //scaled detector counts 
     549//       
     550        //reset the current displaytype to "newtype" 
     551        String/G root:myGlobals:gDataDisplayType=newType 
     552         
     553        //return to root folder (redundant) 
     554        SetDataFolder root: 
     555         
     556        Return(0) 
     557End 
     558 
     559 
     560//will "ADD" the current contents of the RAW folder to the newType work folder 
     561//and will ADD the RAW contents to the existing content of the newType folder 
     562// - used when adding multiple runs together 
     563//(the function Raw_to_work(type) makes a fresh workfile) 
     564// 
     565//the current display type is updated to newType (global) 
     566Function Add_raw_to_work(newType) 
     567        String newType 
     568         
     569        // NEW OCT 2014 
     570        // this corrects for adding raw data files with different attenuation    
     571        // does nothing if the attenuation of RAW and destination are the same 
     572        NVAR doAdjustRAW_Atten = root:Packages:NIST:gDoAdjustRAW_Atten 
     573        if(doAdjustRAW_Atten) 
     574                Adjust_RAW_Attenuation(newType) 
     575        endif 
     576         
     577        String destPath="" 
     578         
     579        // if the desired workfile doesn't exist, let the user know, and just make a new one 
     580        if(WaveExists($("root:Packages:NIST:"+newType + ":data")) == 0) 
     581                Print "There is no old work file to add to - a new one will be created" 
     582                //call Raw_to_work(), then return from this function 
     583                Raw_to_Work(newType) 
     584                Return(0)               //does not generate an error - a single file was converted to work.newtype 
     585        Endif 
     586         
     587        NVAR pixelsX = root:myGlobals:gNPixelsX 
     588        NVAR pixelsY = root:myGlobals:gNPixelsY 
     589         
     590        //now make references to data in newType folder 
     591        DestPath="root:Packages:NIST:"+newType   
     592        WAVE data=$(destPath +":linear_data")                   // these wave references point to the EXISTING work data 
     593        WAVE data_copy=$(destPath +":data")                     // these wave references point to the EXISTING work data 
     594        WAVE dest_data_err=$(destPath +":linear_data_error")                    // these wave references point to the EXISTING work data 
     595        WAVE/T textread=$(destPath + ":textread") 
     596        WAVE integersread=$(destPath + ":integersread") 
     597        WAVE realsread=$(destPath + ":realsread") 
     598         
     599        Variable deadTime,defmon,total_mon,total_det,total_trn,total_numruns,total_rtime 
     600        Variable ii,jj,itim,cntrate,dscale,scale,uscale,wrk_beamx,wrk_beamy,xshift,yshift 
     601 
     602 
     603        defmon=1e8                      //default monitor counts 
     604         
     605        //Yes, add to previous run(s) in work, that does exist 
     606        //use the actual monitor count run.savmon rather than the normalized monitor count 
     607        //in run.moncnt and unscale the work data 
     608         
     609        total_mon = realsread[1]        //saved monitor count 
     610        uscale = total_mon/defmon               //unscaling factor 
     611        total_det = uscale*realsread[2]         //unscaled detector count 
     612        total_trn = uscale*realsread[39]        //unscaled trans det count 
     613        total_numruns = integersread[3] //number of runs in workfile 
     614        total_rtime = integersread[2]           //total counting time in workfile 
     615        //retrieve workfile beamcenter 
     616        wrk_beamx = realsread[16] 
     617        wrk_beamy = realsread[17] 
     618        //unscale the workfile data in "newType" 
     619        // 
     620        //check for log-scaling and adjust if necessary 
     621        // should not be needed now - using display flag instead 
     622//      ConvertFolderToLinearScale(newType) 
     623        // 
     624        //then unscale the data array 
     625        data *= uscale 
     626        dest_data_err *= uscale 
     627         
     628        //DetCorr() has not been applied to the data in RAW , do it now in a local reference to the raw data 
     629        WAVE raw_data = $"root:Packages:NIST:RAW:linear_data" 
     630        WAVE raw_data_err = $"root:Packages:NIST:RAW:linear_data_error" 
     631        WAVE raw_reals =  $"root:Packages:NIST:RAW:realsread" 
     632        WAVE/T raw_text = $"root:Packages:NIST:RAW:textread" 
     633        WAVE raw_ints = $"root:Packages:NIST:RAW:integersread" 
     634         
     635        //check for log-scaling of the raw data - make sure it's linear 
     636        // should not be needed now - using display flag instead 
     637//      ConvertFolderToLinearScale("RAW") 
     638         
     639        // switches to control what is done, don't do the transmission correction for the BGD measurement 
     640        NVAR doEfficiency = root:Packages:NIST:gDoDetectorEffCorr 
     641        NVAR gDoTrans = root:Packages:NIST:gDoTransmissionCorr 
     642        Variable doTrans = gDoTrans 
     643        if(cmpstr("BGD",newtype) == 0) 
     644                doTrans = 0             //skip the trans correction for the BGD file but don't change the value of the global 
     645        endif    
     646         
     647        DetCorr(raw_data,raw_data_err,raw_reals,doEfficiency,doTrans)   //applies correction to raw_data, and overwrites it 
     648         
     649        //deadtime corrections to raw data 
     650        // TODO - do the tube correction for dead time now 
     651        deadTime = 1//DetectorDeadtime(raw_text[3],raw_text[9],dateAndTimeStr=raw_text[1],dtime=raw_reals[48])          //pick the correct detector deadtime, switch on date too 
     652        itim = raw_ints[2] 
     653        cntrate = sum(raw_data,-inf,inf)/itim           //080802 use data sum, rather than scaler value 
     654        dscale = 1/(1-deadTime*cntrate) 
     655 
     656#if (exists("ILL_D22")==6) 
     657        Variable tubeSum 
     658        // for D22 detector might need to use cntrate/128 as it is the tube response 
     659        for(ii=0;ii<pixelsX;ii+=1) 
     660                //sum the counts in each tube 
     661                tubeSum = 0 
     662                for(jj=0;jj<pixelsY;jj+=1) 
     663                        tubeSum += data[jj][ii] 
     664                endfor 
     665                // countrate in tube ii 
     666                cntrate = tubeSum/itim 
     667                // deadtime scaling in tube ii 
     668                dscale = 1/(1-deadTime*cntrate) 
     669                // multiply data[ii][] by the dead time 
     670                raw_data[][ii] *= dscale 
     671                raw_data_err[][ii] *= dscale 
     672        endfor 
     673#else 
     674        // dead time correction on all other RAW data, including NCNR 
     675        raw_data *= dscale 
     676        raw_data_err *= dscale 
     677#endif 
     678 
     679        //update totals by adding RAW values to the local ones (write to work header at end of function) 
     680        total_mon += raw_reals[0] 
     681 
     682        total_det += dscale*raw_reals[2] 
     683 
     684        total_trn += raw_reals[39] 
     685        total_rtime += raw_ints[2] 
     686        total_numruns +=1 
     687         
     688        //do the beamcenter shifting if there is a mismatch 
     689        //and then add the two data sets together, changing "data" since it is the workfile data 
     690        xshift = raw_reals[16] - wrk_beamx 
     691        yshift = raw_reals[17] - wrk_beamy 
     692         
     693        If((xshift != 0) || (yshift != 0)) 
     694                DoAlert 1,"Do you want to ignore the beam center mismatch?" 
     695                if(V_flag==1) 
     696                        xshift=0 
     697                        yshift=0 
     698                endif 
     699        endif 
     700         
     701        If((xshift == 0) && (yshift == 0))              //no shift, just add them 
     702                data += raw_data                //deadtime correction has already been done to the raw data 
     703                dest_data_err = sqrt(dest_data_err^2 + raw_data_err^2)                  // error of the sum 
     704        Endif 
     705         
     706        //scale the data to the default montor counts 
     707        scale = defmon/total_mon 
     708        data *= scale 
     709        dest_data_err *= scale 
     710         
     711        // keep "data" and linear_data in sync in the destination folder 
     712        data_copy = data 
     713         
     714        //all is done, except for the bookkeeping of updating the header info in the work folder 
     715        textread[1] = date() + " " + time()             //date + time stamp 
     716        integersread[3] = total_numruns                                         //numruns = more than one 
     717        realsread[1] = total_mon                        //save the true monitor count 
     718        realsread[0] = defmon                                   //monitor ct = defmon 
     719        integersread[2] = total_rtime                   // total counting time 
     720        realsread[2] = scale*total_det                  //scaled detector counts 
     721        realsread[39] = scale*total_trn                 //scaled transmission counts 
     722         
     723        //Add the added raw filename to the list of files in the workfile 
     724        String newfile = ";" + raw_text[0] 
     725        SVAR oldList = $(destPath + ":fileList") 
     726        String/G $(destPath + ":fileList") = oldList + newfile 
     727         
     728        //reset the current displaytype to "newtype" 
     729        String/G root:myGlobals:gDataDisplayType=newType 
     730         
     731        //return to root folder (redundant) 
     732        SetDataFolder root: 
     733         
     734        Return(0) 
     735End 
     736 
     737 
     738//used for adding DRK (beam shutter CLOSED) data to a workfile 
     739//force the monitor count to 1, since it's irrelevant 
     740// run data through normal "add" step, then unscale default monitor counts 
     741//to get the data back on a simple time basis 
     742// 
     743Function Raw_to_Work_NoNorm(type) 
     744        String type 
     745         
     746        WAVE reals=$("root:Packages:NIST:RAW:realsread") 
     747        reals[1]=1              //true monitor counts, still in raw 
     748        Raw_to_work(type) 
     749        //data is now in "type" folder 
     750        WAVE data=$("root:Packages:NIST:"+type+":linear_data") 
     751        WAVE data_copy=$("root:Packages:NIST:"+type+":data") 
     752        WAVE data_err=$("root:Packages:NIST:"+type+":linear_data_error") 
     753        WAVE new_reals=$("root:Packages:NIST:"+type+":realsread") 
     754         
     755        Variable norm_mon,tot_mon,scale 
     756         
     757        norm_mon = new_reals[0]         //should be 1e8 
     758        tot_mon = new_reals[1]          //should be 1 
     759        scale= norm_mon/tot_mon 
     760         
     761        data /= scale           //unscale the data 
     762        data_err /= scale 
     763         
     764        // to keep "data" and linear_data in sync 
     765        data_copy = data 
     766         
     767        return(0) 
     768End 
     769 
     770//used for adding DRK (beam shutter CLOSED) data to a workfile 
     771//force the monitor count to 1, since it's irrelevant 
     772// run data through normal "add" step, then unscale default monitor counts 
     773//to get the data back on a simple time basis 
     774// 
     775Function Add_Raw_to_Work_NoNorm(type) 
     776        String type 
     777         
     778        WAVE reals=$("root:Packages:NIST:RAW:realsread") 
     779        reals[1]=1              //true monitor counts, still in raw 
     780        Add_Raw_to_work(type) 
     781        //data is now in "type" folder 
     782        WAVE data=$("root:Packages:NIST:"+type+":linear_data") 
     783        WAVE data_copy=$("root:Packages:NIST:"+type+":data") 
     784        WAVE data_err=$("root:Packages:NIST:"+type+":linear_data_error") 
     785        WAVE new_reals=$("root:Packages:NIST:"+type+":realsread") 
     786         
     787        Variable norm_mon,tot_mon,scale 
     788         
     789        norm_mon = new_reals[0]         //should be 1e8 
     790        tot_mon = new_reals[1]          //should be equal to the number of runs (1 count per run) 
     791        scale= norm_mon/tot_mon 
     792         
     793        data /= scale           //unscale the data 
     794        data_err /= scale 
     795         
     796        // to keep "data" and linear_data in sync 
     797        data_copy = data 
     798         
     799        return(0) 
     800End 
     801 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.